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- PDB-4po4: Crystal Structure of Lampetra planeri VLRC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4po4
タイトルCrystal Structure of Lampetra planeri VLRC
要素Lampetra planeri VLRC
キーワードIMMUNE SYSTEM / Jawless Vertebrate / VLRC / Leucine Rich Repeat / Variable Lymphocyte Receptor / Antigen Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lampetra planeri (魚類)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gao, M.M. / Mariuzza, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Selection of the lamprey VLRC antigen receptor repertoire.
著者: Holland, S.J. / Gao, M. / Hirano, M. / Iyer, L.M. / Luo, M. / Schorpp, M. / Cooper, M.D. / Aravind, L. / Mariuzza, R.A. / Boehm, T.
履歴
登録2014年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lampetra planeri VLRC
B: Lampetra planeri VLRC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3082
ポリマ－49,3082
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Lampetra planeri VLRC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6541
ポリマ－24,6541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lampetra planeri VLRC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6541
ポリマ－24,6541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.319, 59.542, 66.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lampetra planeri VLRC


分子量: 24654.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lampetra planeri (魚類) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A088STQ5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M SPG pH9, 20% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.57 Å / Num. all: 15329 / Num. obs: 15329 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 21.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 16.1 / Scaling rejects: 858
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.597.350.1769.41116315081.1699.2
2.59-2.697.380.1649.61145415411.0799.8
2.69-2.827.390.14810.91118315041.0499.7
2.82-2.967.380.13511.9114771540199.7
2.96-3.157.440.12612.61122915010.9999.7
3.15-3.397.460.10515.21144315180.9499.5
3.39-3.737.440.09217.71160815490.999.8
3.73-4.277.460.07821.21153515350.8799.9
4.27-5.387.440.06823.81157415440.8599.7
5.38-38.577.280.05627.91164015890.8499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.8.6 W9RSSIデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化解像度: 2.5→38.57 Å / FOM work R set: 0.8068 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 765 5 %
Rwork0.2108 14548 -
obs0.2127 15313 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.09 Å2 / Biso mean: 14.34 Å2 / Biso min: 1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 0 201 3653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0213522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.864778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.143568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.161322
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.6930.33411370.256929123049100
2.693-2.96390.29721510.255128933044100
2.9639-3.39260.27771600.23928593019100
3.3926-4.27340.22311670.182329153082100
4.2734-38.57440.19651500.17932969311999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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