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- PDB-4pna: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pna
タイトルA de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept
要素CC-Hept
キーワードDE NOVO PROTEIN / Alpha-helical barrel / coiled coil / protein design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Burton, A.J. / Wood, C.W. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council340764 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J001430/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J008990/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Computational design of water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Thomson, A.R. / Wood, C.W. / Burton, A.J. / Bartlett, G.J. / Sessions, R.B. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hept
B: CC-Hept
C: CC-Hept
D: CC-Hept
E: CC-Hept
F: CC-Hept
G: CC-Hept
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,02611
ポリマ－22,6587
非ポリマー3684
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13130 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.530, 48.740, 129.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-215-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hept


分子量: 3236.863 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium malonate, 0.1 M bis-tris propane, 20 % w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.53 Å / Num. obs: 14928 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→36.926 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 754 5.08 %
Rwork0.1789 --
obs0.1816 14850 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 24 75 1687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7992178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.585624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.26220.28391580.20132761X-RAY DIFFRACTION100
2.2622-2.48980.22791490.18242766X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.84990.23861580.18182777X-RAY DIFFRACTION100
2.8499-3.59010.24241320.17722849X-RAY DIFFRACTION100
3.5901-36.93130.21631570.17062943X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9223-0.0108-0.79211.82260.52895.1342-0.0273-0.13110.19340.23870.0662-0.0724-1.493-0.00560.07550.3282-0.0133-0.03370.1212-0.03550.20785.378432.934323.6095
21.54990.7415-2.12071.7251-2.61177.4129-0.27820.1221-0.2242-0.0995-0.13110.04341.0737-0.23050.37560.2224-0.00890.00150.07580.00170.233883.617312.905322.0088
30.73430.2282-0.61041.14310.73765.2151-0.1067-0.00570.08660.2083-0.0676-0.2025-0.81620.69490.12440.235-0.0966-0.06690.16920.00940.233793.747130.278823.0524
41.1994-0.08470.60683.7061-4.78546.8706-0.00190.0305-0.05770.1588-0.3348-0.3034-0.32421.54890.42310.1379-0.01-0.05530.23850.01650.201596.856221.81922.5658
50.98320.0049-0.05692.9552-3.05073.2293-0.1645-0.0915-0.14020.0437-0.2034-0.2460.57840.92460.34020.17440.0538-0.03150.14740.00850.221692.406414.236821.7999
60.9404-0.1431-0.98372.5720.73043.60350.04940.0063-0.01220.18940.00730.0104-0.4562-0.7563-0.02730.1570.02330.01240.1236-0.00870.180177.680227.634522.8373
71.0288-0.12-0.09771.3494-0.25164.12620.1309-0.0122-0.06010.19830.12370.07920.4302-1.1027-0.21440.1648-0.0247-0.0140.2022-0.00190.225677.111919.03522.2849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 31 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 1 through 31 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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