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- PDB-4pmq: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pmq
タイトルCrystal structure of the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c in complex with L-tartrate (orthorhombic crystal form)
要素Tat-secreted protein Rv2525c
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Rv2525c-like, glycoside hydrolase-like domain / Rv2525c-like, glycoside hydrolase-like domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Rv2525c-like glycoside hydrolase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Haouz, A. / Shepard, W. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
著者: Bellinzoni, M. / Haouz, A. / Miras, I. / Magnet, S. / Andre-Leroux, G. / Mukherjee, R. / Shepard, W. / Cole, S.T. / Alzari, P.M.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tat-secreted protein Rv2525c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5865
ポリマ－22,0441
非ポリマー5424
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.270, 56.770, 57.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-481-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tat-secreted protein Rv2525c


分子量: 22043.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: MT2601 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P95028
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.3 M di-ammonium tartrate, 100 mM bis-tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→40.4 Å / Num. obs: 24286 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.61→1.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.204 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PMN

4pmn


解像度: 1.61→18.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9507 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9349 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.086
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 1226 5.1 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.1675 24057 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0827 Å20 Å20 Å2
2--0.9795 Å20 Å2
3----2.0622 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.159 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→18.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 36 163 1763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011643HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952240HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d725SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes35HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes260HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1643HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion206SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2054SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.68 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 143 4.94 %
Rwork0.2147 2753 -
all0.2156 2896 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.6233 Å / Origin y: 13.9861 Å / Origin z: -15.8108 Å
111213212223313233
T-0.0393 Å20.0057 Å20.0043 Å2--0.0561 Å2-0.0049 Å2---0.0092 Å2
L0.3422 °20.0687 °20.0496 °2-0.3129 °20.0061 °2--0.4568 °2
S0.0136 Å °-0.0117 Å °0.0095 Å °0.0256 Å °-0.0103 Å °0.0215 Å °-0.0203 Å °-0.0118 Å °-0.0033 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|37 - A|240 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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