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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pml | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Tankyrase 2 in complex with 3-amino-benzamide. | ||||||
![]() | Tankyrase-2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PARP-inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, W. / Lam, R. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the binding of PARP inhibitors to the catalytic domain of human tankyrase-2. 著者: Qiu, W. / Lam, R. / Voytyuk, O. / Romanov, V. / Gordon, R. / Gebremeskel, S. / Vodsedalek, J. / Thompson, C. / Beletskaya, I. / Battaile, K.P. / Pai, E.F. / Rottapel, R. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 517.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 523.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4pnlC ![]() 4pnmC ![]() 4pnnC ![]() 4pnqC ![]() 4pnrC ![]() 4pnsC ![]() 4pntC ![]() 4tjuC ![]() 4tjwC ![]() 4tjyC ![]() 4tk0C ![]() 4tk5C ![]() 4tkfC ![]() 4tkgC ![]() 4tkiC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25986.291 Da / 分子数: 4 / 断片: PARP catalytic doain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3-amino-benzamide / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 705分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3AB.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-3AB / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-IPA / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Sodium, Hepes buffer at pH7.5, 12-15% iso-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→44.34 Å / Num. obs: 72922 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.42 % / Biso Wilson estimate: 24.64 Å2 / Net I/σ(I): 14.83 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 77.8 |
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解析
ソフトウェア | 名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.87→44.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9278 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.248 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.87→44.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.87→1.92 Å / Total num. of bins used: 20
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