[日本語] English
- PDB-4pln: Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) complexed with mou... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pln
タイトルCrystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) complexed with mouse Neogenin (FN4-5)
要素
  • Neogenin
  • Netrin-1
キーワードPROTEIN BINDING / elongated / cysteine rich / glycoprotein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / motor neuron migration / co-receptor binding / negative regulation of axon extension / BMP receptor binding ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / negative regulation of axon regeneration / motor neuron migration / co-receptor binding / negative regulation of axon extension / BMP receptor binding / substrate-dependent cell migration, cell extension / regulation of axon regeneration / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / positive regulation of cell motility / inner ear morphogenesis / nuclear migration / regulation of synapse assembly / intracellular vesicle / basement membrane / protein secretion / negative regulation of protein secretion / glial cell proliferation / positive regulation of axon extension / positive regulation of glial cell proliferation / cell periphery / postsynaptic density membrane / cell-cell adhesion / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / actin cytoskeleton / signaling receptor activity / growth cone / Ras protein signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / cell adhesion / cadherin binding / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / : / Laminin/attractin EGF domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / : / Laminin/attractin EGF domain / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Immunoglobulin domain / Galactose-binding domain-like / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neogenin / Netrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xu, K. / Nikolov, D.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Science / : 2014
タイトル: Neural migration. Structures of netrin-1 bound to two receptors provide insight into its axon guidance mechanism.
著者: Xu, K. / Wu, Z. / Renier, N. / Antipenko, A. / Tzvetkova-Robev, D. / Xu, Y. / Minchenko, M. / Nardi-Dei, V. / Rajashankar, K.R. / Himanen, J. / Tessier-Lavigne, M. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2014年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
B: Netrin-1
C: Neogenin
D: Neogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,01412
ポリマ-142,6074
非ポリマー1,4078
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area62650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.070, 130.211, 126.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROILEILEchain AAA40 - 45615 - 431
21PROPROILEILEchain BBB40 - 45615 - 431
12GLYGLYGLYGLYchain CCC763 - 9671 - 205
22GLYGLYSERSERchain DDD763 - 9661 - 204

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Netrin-1


分子量: 48545.699 Da / 分子数: 2 / 断片: LN-LE3 (UNP residues 26-457) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: NTN1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q90922
#2: タンパク質 Neogenin


分子量: 22757.711 Da / 分子数: 2 / 断片: FN4-5 (UNP residues 765-964) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P97798
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 40756 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 60.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Χ2: 0.571 / Net I/av σ(I): 4.538 / Net I/σ(I): 2.6 / Num. measured all: 154909
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.2-3.313.50.89640880.43897.8
3.31-3.453.70.69640540.4798.4
3.45-3.63.80.51740800.48798.3
3.6-3.793.60.38939890.54296.2
3.79-4.033.90.30940920.53998.4
4.03-4.3440.21540980.57198.8
4.34-4.783.90.15440770.62498.1
4.78-5.473.90.13840260.58596.5
5.47-6.893.90.13341290.60198.6
6.89-503.80.07141230.82296.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.949 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 2000 4.91 %
Rwork0.196 --
obs0.1981 40730 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9740 0 86 0 9826
Biso mean--63.92 --
残基数----1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17313705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3743731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071787
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A3663X-RAY DIFFRACTION15.828TORSIONAL
12B3663X-RAY DIFFRACTION15.828TORSIONAL
21C1795X-RAY DIFFRACTION15.828TORSIONAL
22D1795X-RAY DIFFRACTION15.828TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.27190.36851310.32662539X-RAY DIFFRACTION90
3.2719-3.36030.38861450.28492802X-RAY DIFFRACTION98
3.3603-3.45920.3021430.25952782X-RAY DIFFRACTION98
3.4592-3.57080.31291430.24632771X-RAY DIFFRACTION98
3.5708-3.69840.28371440.22972787X-RAY DIFFRACTION98
3.6984-3.84640.30021390.21052683X-RAY DIFFRACTION95
3.8464-4.02140.23231450.19812822X-RAY DIFFRACTION99
4.0214-4.23330.19761440.17282775X-RAY DIFFRACTION99
4.2333-4.49840.19631460.15352831X-RAY DIFFRACTION99
4.4984-4.84550.17851420.13872760X-RAY DIFFRACTION98
4.8455-5.33260.19121420.15472737X-RAY DIFFRACTION96
5.3326-6.10310.22221460.17052829X-RAY DIFFRACTION99
6.1031-7.68470.20971420.19112765X-RAY DIFFRACTION97
7.6847-49.95520.21681480.19312847X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る