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- PDB-4plo: Crystal Structure of chicken Netrin-1 (LN-LE3) in complex with mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4plo
タイトルCrystal Structure of chicken Netrin-1 (LN-LE3) in complex with mouse DCC (FN4-5)
要素
  • Netrin receptor DCC
  • Netrin-1
キーワードPROTEIN BINDING / elongated / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / regulation of glial cell migration / dorsal/ventral axon guidance / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration ...Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / regulation of glial cell migration / dorsal/ventral axon guidance / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / inner ear morphogenesis / nuclear migration / positive regulation of cell motility / regulation of synapse assembly / basement membrane / positive regulation of axon extension / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / cell periphery / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cell-cell adhesion / neuron migration / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / axon / apoptotic process / glutamatergic synapse / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Immunoglobulin domain / Galactose-binding domain-like / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin receptor DCC / Netrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Xu, K. / Nikolov, D.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Neural migration. Structures of netrin-1 bound to two receptors provide insight into its axon guidance mechanism.
著者: Xu, K. / Wu, Z. / Renier, N. / Antipenko, A. / Tzvetkova-Robev, D. / Xu, Y. / Minchenko, M. / Nardi-Dei, V. / Rajashankar, K.R. / Himanen, J. / Tessier-Lavigne, M. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2014年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Netrin receptor DCC
A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,49611
ポリマ－71,3122
非ポリマー1,1849
水1,29772
1
B: Netrin receptor DCC
A: Netrin-1
ヘテロ分子

B: Netrin receptor DCC
A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,99222
ポリマ－142,6244
非ポリマー2,36818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.478, 72.939, 285.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Netrin receptor DCC / Tumor suppressor protein DCC


分子量: 22766.400 Da / 分子数: 1 / 断片: FN4-4 (UNP residues 721-922) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P70211
#2: タンパク質 Netrin-1


分子量: 48545.699 Da / 分子数: 1 / 断片: LN-LE3 (UNP residues 26-457) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: NTN1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q90922

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糖 , 1種, 3分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Pentaerythritol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 22875 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 68.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.042 / Net I/av σ(I): 12.417 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 93328
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-2.953.10.8829750.70785.5
2.95-33.30.89210030.77587.4
3-3.063.50.73110920.75292.7
3.06-3.123.80.66210760.77292.7
3.12-3.1940.61110980.80995.4
3.19-3.274.10.44211170.83994.3
3.27-3.354.10.40811210.83795.8
3.35-3.443.90.34410830.85694.2
3.44-3.544.10.24511580.92996.4
3.54-3.654.50.22511570.95599.3
3.65-3.784.50.18911760.91999.5
3.78-3.944.40.16311691.05299.8
3.94-4.114.30.12711991.074100
4.11-4.334.30.09911691.15799.6
4.33-4.63.90.07911751.36397.1
4.6-4.964.50.07611931.32199.5
4.96-5.464.50.07312081.23499.6
5.46-6.244.30.06912021.20599.3
6.24-7.864.10.05612031.22197.1
7.86-5040.03813011.54595.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.901→48.75 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2876 1995 8.76 %
Rwork0.2235 --
obs0.2291 22776 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 68 72 4868
Biso mean--51.65 31.12 -
残基数----604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4146665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.341804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.901-2.97390.38571170.37271227X-RAY DIFFRACTION82
2.9739-3.05430.46771320.32841387X-RAY DIFFRACTION90
3.0543-3.14420.36621380.30481422X-RAY DIFFRACTION93
3.1442-3.24560.34211360.28641419X-RAY DIFFRACTION94
3.2456-3.36160.36061390.24781447X-RAY DIFFRACTION95
3.3616-3.49620.32291390.22911448X-RAY DIFFRACTION94
3.4962-3.65520.27621450.21251510X-RAY DIFFRACTION99
3.6552-3.84790.29531480.21571549X-RAY DIFFRACTION99
3.8479-4.08880.29081470.20481528X-RAY DIFFRACTION100
4.0888-4.40440.26011470.18661535X-RAY DIFFRACTION99
4.4044-4.84720.21821470.16861532X-RAY DIFFRACTION98
4.8472-5.54780.26251510.20341571X-RAY DIFFRACTION99
5.5478-6.98630.27881500.23271555X-RAY DIFFRACTION98
6.9863-48.75650.2771590.23271651X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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