+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ram | ||||||
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Title | Crystal structure of HmrA | ||||||
Components | HmrA protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / two-domain / catalytic (alpha-beta-alpha) motif / tetramerisation (alpha / beta / alpha) / endoprotease | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Botelho, T. / Guevara, T. / Marrero, A. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Structural and Functional Analyses Reveal That Staphylococcus aureus Antibiotic Resistance Factor HmrA Is a Zinc-dependent Endopeptidase. Authors: Botelho, T.O. / Guevara, T. / Marrero, A. / Arede, P. / Fluxa, V.S. / Reymond, J.L. / Oliveira, D.C. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ram.cif.gz | 623.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ram.ent.gz | 537.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ram.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3ram ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3ram | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43205.559 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: N315 / Gene: hmrA, SA1935 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q99Q45, UniProt: A0A0H3JVA7*PLUS #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.29 Å3/Da / Density % sol: 71.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 49% MPD, 100mM Tris, 0.1mM ATP, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97925 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97925 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→48.52 Å / Num. obs: 83170 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→48.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 24.366 / SU ML: 0.208 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.232 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.906 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→48.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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