PDB-3ram: Crystal structure of HmrA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ram

タイトル

Crystal structure of HmrA

要素

HmrA protein

キーワード

HYDROLASE / two-domain / catalytic (alpha-beta-alpha) motif / tetramerisation (alpha / beta / alpha) / endoprotease

機能・相同性

機能・相同性情報

para-aminobenzoyl-glutamate hydrolase activity / folic acid catabolic process / dipeptidase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Botelho, T. / Guevara, T. / Marrero, A. / Gomis-Ruth, F.X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Analyses Reveal That Staphylococcus aureus Antibiotic Resistance Factor HmrA Is a Zinc-dependent Endopeptidase.
著者: Botelho, T.O. / Guevara, T. / Marrero, A. / Arede, P. / Fluxa, V.S. / Reymond, J.L. / Oliveira, D.C. / Gomis-Ruth, F.X.

履歴

登録	2011年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ram.cif.gz	627.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ram.ent.gz	525.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ram.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3ram ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3ram	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3io1-1 4eco-d 1a99-d 4pln-d 4z7w-d 2if7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: HmrA protein

B: HmrA protein

C: HmrA protein

D: HmrA protein

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.730, 132.730, 336.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	HmrA protein 分子量: 43205.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: hmrA, SA1935 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q99Q45, UniProt: A0A0H3JVA7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.33 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 49% MPD, 100mM Tris, 0.1mM ATP, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97925 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.52 Å / Num. obs: 83170 / % possible obs: 99.6 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 24.366 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21768	1396	1.7 %	RANDOM
R_work	0.1905	-	-	-
obs	0.19103	81664	99.55 %	-
all	-	83170	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11980	0	201	366	12547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	12380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.959	16668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.861	3	20091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.854	5	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.849	25.034	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.251	15	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.266	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.369	1.5	7683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.054	1.5	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.763	2	12294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.395	3	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.241	4.5	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.303	5980	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	98.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0222	-0.9017	-0.1684	4.3606	0.2124	2.585	-0.084	-0.4077	-0.2329	0.4428	0.0488	0.3147	0.3729	-0.0913	0.0352	0.3441	-0.0291	-0.0355	0.342	0.011	0.2825	11.265	33.264	28.959
2	1.871	-0.7989	0.3195	2.0094	-0.8962	2.3206	0.0484	-0.0902	-0.0285	0.0814	0.0415	-0.0964	-0.0323	0.1415	-0.0899	0.2545	-0.0772	0	0.2326	-0.0291	0.2433	10.074	62.828	8.277
3	3.9333	0.9054	-0.0964	5.3843	0.2198	4.2409	0.2387	-0.3818	0.5565	0.3552	-0.2554	0.4577	-0.9928	0.2181	0.0167	0.6222	-0.1244	0.1887	0.2645	-0.0884	0.4266	-11.308	105.145	25.492
4	1.644	-0.613	0.0377	2.9374	0.7358	2.254	0.0037	-0.0119	0.0541	0.015	0.0208	0.1281	-0.1658	-0.086	-0.0244	0.3051	-0.0537	0.0346	0.1929	-0.0123	0.2284	-8.54	74.065	7.354
5	4.0912	-0.2788	-0.2892	5.7285	1.2957	4.4192	0.1062	0.6789	0.0772	-0.3412	-0.4777	0.5286	-0.3377	-0.4097	0.3714	0.3765	0.0101	0.079	0.4418	-0.0451	0.4301	13.388	103.3	-32.209
6	1.698	0.7204	-0.1584	3.1561	-0.4544	2.7698	0.0446	-0.0131	0.0707	-0.4449	0.098	-0.2225	-0.2843	0.1897	-0.1426	0.3568	-0.0852	0.0788	0.2546	-0.0286	0.2618	10.426	73.457	-11.366
7	2.8986	0.525	0.105	2.9435	-0.1132	3.0634	0.0098	0.2734	-0.2673	-0.2054	-0.0487	-0.1738	0.3377	0.0201	0.0389	0.3388	-0.0075	-0.0274	0.2426	-0.0426	0.2284	-7.759	30.309	-28.988
8	1.4734	1.2107	0.1848	3.2774	1.9977	2.2215	-0.0206	0.0455	-0.0056	-0.2554	0.0509	0.0334	-0.1524	-0.0696	-0.0303	0.2956	-0.0106	-0.0169	0.21	-0.0043	0.2103	-7.874	61.668	-11.247
9	0.0412	-0.0199	-0.0614	0.1644	-0.0277	0.1176	0.0038	-0.0207	0.0206	0.0005	0.0494	-0.0363	-0.0192	0.06	-0.0532	0.4097	-0.0407	-0.0134	0.3682	-0.0191	0.406	2.258	62.61	0.194

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 167
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	284 - 391
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	998 - 999
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	168 - 283
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	284 - 390
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	998 - 999
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	168 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	284 - 390
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	998 - 999
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	168 - 283
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 167
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	284 - 391
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	998 - 999
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	168 - 283
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	501 - 520
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	508 - 531
19	X-RAY DIFFRACTION	9	B	503 - 533
20	X-RAY DIFFRACTION	9	D	502 - 529

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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