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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pjy | |||||||||
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タイトル | Azide bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.2 | |||||||||
要素 | Cysteine dioxygenase type 1 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cupin fold / catalyzes oxidation / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / Cytosol | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / : / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.501 Å | |||||||||
データ登録者 | Driggers, C.M. / Karplus, P.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016 タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase. 著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pjy.cif.gz | 99.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pjy.ent.gz | 74.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4pixC 4piyC 4pizC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23058.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-AZI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of protein solution was added to each well and mixed with an equivalent volume of reservoir solution, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→34 Å / Num. obs: 33827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.501→33.294 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→33.294 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.168 Å / Origin y: 3.0605 Å / Origin z: -49.8865 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190 |