PDB-4pix: Unliganded Cysteine Dioxygenase C93A variant at pH 6.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pix

タイトル

Unliganded Cysteine Dioxygenase C93A variant at pH 6.2

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / cysteine to cysteine sulfinic acid catalysis / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK-056649	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-98CH10886	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pix.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pix.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pix_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pix_full_validation.pdf.gz	416.2 KB	表示
XML形式データ	4pix_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4pix_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4pix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4ieo 4iep 4ieq 4ier 4ies 4iet 4ieu 4iev 4iew 4iex 4iey 4iez 4jtn 4jto C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xf4-d 5i0s-d 4piz-d 5i0u-d 4xfb-d 2gh2-d 4xfg-d 4iev-d 4xf9-d 4ies-d 4z82-d 5ezw-d 4piy-d 4ubh-d 4xf0-d 6u4l-d 4ieo-d 4iez-d 4xf1-d 4xfh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23026.822 Da / 分子数: 1 / 変異: C93A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of protein solution was added to each well and mixed with an equivalent volume of reservoir solution., pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) LIQUID N2 COOLED プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→39 Å / Num. all: 40379 / Num. obs: 40379 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 23.4 % / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.35→33.907 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	3880	9.81 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.176	39568	85.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	2	254	1761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1627
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.306	2213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.288	613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3665	0.349	79	0.373	661	X-RAY DIFFRACTION	62
1.3665-1.3838	0.3477	79	0.3509	780	X-RAY DIFFRACTION	81
1.3838-1.402	0.3509	153	0.3434	1440	X-RAY DIFFRACTION	98
1.402-1.4212	0.3414	141	0.3201	1446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4212-1.4415	0.2953	101	0.3165	905	X-RAY DIFFRACTION	81
1.4415-1.463	0.3679	133	0.3013	1272	X-RAY DIFFRACTION	89
1.463-1.4859	0.277	91	0.2604	856	X-RAY DIFFRACTION	59
1.4859-1.5102	0.3303	153	0.2408	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5102-1.5363	0.2353	112	0.2292	915	X-RAY DIFFRACTION	63
1.5363-1.5642	0.2266	160	0.1982	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5642-1.5943	0.218	167	0.1911	1454	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5943-1.6268	0.2024	159	0.1903	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6268-1.6622	0.2105	171	0.1815	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6622-1.7009	0.222	163	0.1802	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7434	0.1974	127	0.1794	1113	X-RAY DIFFRACTION	76
1.7434-1.7905	0.2065	157	0.1808	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7905-1.8432	0.2367	146	0.1661	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8432-1.9027	0.2092	129	0.1722	1227	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9027-1.9707	0.2169	96	0.1657	854	X-RAY DIFFRACTION	58
1.9707-2.0496	0.1928	178	0.1596	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0496-2.1429	0.1905	132	0.16	1162	X-RAY DIFFRACTION	78
2.1429-2.2558	0.2217	117	0.1537	1139	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2558-2.3971	0.1966	148	0.1624	1518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3971-2.5822	0.225	167	0.1688	1495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5822-2.8419	0.2297	138	0.1709	1253	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8419-3.2528	0.1871	171	0.168	1529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2528-4.0971	0.1851	131	0.1439	1227	X-RAY DIFFRACTION	78
4.0971-33.9176	0.1667	181	0.1509	1663	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.3382 Å / Origin y: 3.0623 Å / Origin z: -49.8696 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0864 Å²	0.0029 Å²	-0.0063 Å²	-	0.1093 Å²	0.0109 Å²	-	-	0.1015 Å²
L	1.3773 °²	0.4698 °²	-0.2293 °²	-	1.7586 °²	0.1982 °²	-	-	1.5883 °²
S	-0.002 Å °	-0.0138 Å °	-0.0387 Å °	0.056 Å °	-0.002 Å °	0.036 Å °	0.0941 Å °	-0.0549 Å °	-0.002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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