PDB-4phq: ClyA CC6/264 ox (6-303)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4phq

タイトル

ClyA CC6/264 ox (6-303)

要素

Hemolysin E, chromosomal

キーワード

TOXIN / alpha pore-forming toxin / intramolecular disulfide bond

機能・相同性

機能・相同性情報

hemolysis in another organism / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Roderer, D.J.A. / Glockshuber, R. / Ban, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Characterization of Variants of the Pore-Forming Toxin ClyA from Escherichia coli Controlled by a Redox Switch.
著者: Roderer, D. / Benke, S. / Muller, M. / Fah-Rechsteiner, H. / Ban, N. / Schuler, B. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2014年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4phq.cif.gz	474.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4phq.ent.gz	392.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4phq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4phq_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4phq_full_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示
XML形式データ	4phq_validation.xml.gz	46.9 KB	表示
CIF形式データ	4phq_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/4phq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4phoC 1qoyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pho-1 5le9-d 7bbp-2 1gnk-d 1hvv-d 4w80-d 7bbp-1 3dyj-2 3gld-2 6js9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemolysin E, chromosomal

B: Hemolysin E, chromosomal

C: Hemolysin E, chromosomal

D: Hemolysin E, chromosomal

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemolysin E, chromosomal

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hemolysin E, chromosomal

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Hemolysin E, chromosomal

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Hemolysin E, chromosomal

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.880, 48.440, 152.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.330, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Hemolysin E, chromosomal / Cytotoxin ClyA / Hemolysis-inducing protein / Latent pore-forming 34 kDa hemolysin / Silent hemolysin SheA 分子量: 33193.664 Da / 分子数: 4 / 変異: delta 1-5, A6C, V264C, C87A, C285A / 由来タイプ: 組換発現詳細: 5 Quick-change PCRs to introduce point mutations and delete N-terminal residues, TEV cleavage of N-terminal His(6)-tag 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hlyE, clyA, hpr, sheA, ycgD, b1182, JW5181 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: P77335
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.1 M Tris-Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→40 Å / Num. obs: 86049 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.23 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 14.53 / Num. measured all: 511121

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.94-2.06		0.867	0.527	3.27	78598	15307	13824	0.579	90.3
2.06-2.2		0.947	0.335	5.25	80326	14031	13271	0.366	94.6
2.2-2.37		0.972	0.21	8.01	71630	12783	11925	0.23	93.3
2.37-2.6		0.986	0.133	11.53	62298	12519	10917	0.146	87.2
2.6-2.9		0.993	0.097	16.02	64725	10900	10444	0.106	95.8
2.9-3.35		0.996	0.068	21.32	56040	9919	9214	0.074	92.9
3.35-4.1		0.998	0.046	28.93	41243	8409	7335	0.05	87.2
4.1-5.76		0.998	0.038	35.58	36869	6500	6037	0.042	92.9
	5.76	0.999	0.032	40.07	19392	3810	3082	0.035	80.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.58 Å	39.55 Å
Translation	2.58 Å	39.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QOY

1qoy

解像度: 1.94→38.54 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1917	2.32 %
R_work	0.1721	80705	-
obs	0.1731	82622	87.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.24 Å² / B_iso mean: 32.1716 Å² / B_iso min: 5.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9085	0	82	630	9797
B_iso mean	-	-	40.43	34.33	-
残基数	-	-	-	-	1158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	12688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.195	3507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9398-1.9883	0.332	114	0.2456	4698	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9883-2.042	0.3253	145	0.2269	5472	X-RAY DIFFRACTION	84
2.042-2.1021	0.291	154	0.2155	5697	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1021-2.17	0.2564	144	0.1923	5750	X-RAY DIFFRACTION	89
2.17-2.2475	0.2654	124	0.1756	5836	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2475-2.3375	0.2185	127	0.1769	5904	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3375-2.4438	0.2259	125	0.1683	5779	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4438-2.5727	0.1973	132	0.1739	5336	X-RAY DIFFRACTION	82
2.5727-2.7338	0.2425	155	0.176	6214	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7338-2.9448	0.2189	132	0.1737	6223	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9448-3.241	0.1926	138	0.1718	6134	X-RAY DIFFRACTION	93
3.241-3.7097	0.2092	140	0.1663	5510	X-RAY DIFFRACTION	83
3.7097-4.6725	0.178	156	0.1457	6300	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1458	0.1549	0.0525	0.5105	0.0175	0.8374	0.1317	0.081	0.0336	-0.0386	-0.0453	0.0154	-0.3304	-0.23	0.0132	0.1625	0.0676	-0.0347	0.1007	0.0084	0.1369	-20.5988	78.3328	191.2279
2	0.1353	0.2403	-0.1791	0.3523	-0.044	1.2866	0.1235	-0.0186	0.1589	-0.1028	-0.0595	0.0869	-0.294	-0.5568	-0.0792	0.2366	0.2478	-0.0291	-0.0317	0.009	0.1447	-24.7671	80.6534	185.9603
3	0.2269	-0.0194	0.4836	0.6709	0.0457	1.0772	-0.1058	0.0046	-0.011	-0.1148	0.0754	-0.0471	0.2627	0.2997	-0.0067	0.0865	0.0668	-0.0416	0.1075	-0.0035	0.1209	16.5262	98.703	183.0854
4	0.7855	0.3556	-0.3362	1.1069	-0.3124	0.2991	0.0018	-0.318	-0.0978	0.3935	-0.0735	-0.0495	0.0613	0.2598	0.0407	0.2919	0.1144	0.0291	0.2245	0.0741	0.1833	9.6306	87.7463	209.0793
5	0.9133	-0.2416	-0.4759	0.9305	0.0656	1.1434	-0.2121	0.0111	-0.1757	0.0891	0.0088	0.1219	0.3697	-0.2679	-0.0615	0.0875	0.0022	-0.0299	0.0171	-0.0247	0.1396	-13.9712	106.0517	187.3832
6	0.7004	-0.0338	-0.5127	0.5424	0.2295	1.3116	0.0348	0.5179	0.0412	-0.7017	0.0424	0.0447	-0.295	-0.3819	0.2087	0.3668	-0.0468	-0.0161	0.3574	-0.0841	0.2022	-10.0646	104.8399	157.2666
7	0.9504	0.2521	-0.1056	0.5861	0.1101	0.8148	0.0702	0.3318	0.3485	-0.0486	0.0209	-0.0195	-0.335	0.2687	0.0069	0.143	-0.0231	-0.0471	0.4067	0.1154	0.2395	-50.7209	88.9701	183.3834
8	0.0695	0.0868	-0.014	0.1577	0.0289	0.0419	-0.0439	-0.463	0.1491	0.6049	-0.1383	0.4209	-0.0337	-0.2527	-0.0009	0.4226	0.0147	0.0847	0.4768	-0.1021	0.3555	-80.2047	84.7534	217.8494
9	0.3456	0.028	0.1924	0.2091	-0.0304	0.1396	0.0339	-0.1203	0.5672	-0.1536	0.0936	-0.1666	-0.2037	0.6304	-0.0149	0.3033	-0.1589	0.0359	0.5781	0.0771	0.3715	-41.982	92.7246	183.3028
10	0.1417	-0.0514	-0.1888	0.025	0.0483	0.3092	0.0282	0.1983	-0.3462	-0.0248	0.0435	0.0946	0.0569	0.3268	-0.027	0.0428	0.0325	0.0013	0.5899	0.0807	0.3193	-35.6618	77.9284	177.191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:181)	A	6 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 182:296)	A	182 - 298
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 6:260)	B	6 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 261:297)	B	261 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 6:260)	C	6 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 261:298)	C	261 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 6:167)	D	6 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 168:214)	D	168 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain D and resid 215:268)	D	215 - 268
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 269:290)	D	269 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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