PDB-4ped: Mitochondrial ADCK3 employs an atypical protein kinase-like fold ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ped

タイトル

Mitochondrial ADCK3 employs an atypical protein kinase-like fold to enable coenzyme Q biosynthes

要素

Chaperone activity of bc1 complex-like, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Protein Kinase-like / Coenzyme Q biosynthesis / Mitochondrial / Membrane associated / Structural Genomics / PSI-Biology / Mitochondrial Protein Partnership / MPP

機能・相同性

機能・相同性情報

Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / phosphorylation / ADP binding / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Smith, R. / Joshi, S. / Stefely, J.A. / Reidenbach, A.G. / Ulbrich, A. / Oruganty, O. / Floyd, B.J. / Jochem, A. / Saunders, J.M. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Mitochondrial ADCK3 Employs an Atypical Protein Kinase-like Fold to Enable Coenzyme Q Biosynthesis.
著者: Stefely, J.A. / Reidenbach, A.G. / Ulbrich, A. / Oruganty, K. / Floyd, B.J. / Jochem, A. / Saunders, J.M. / Johnson, I.E. / Minogue, C.E. / Wrobel, R.L. / Barber, G.E. / Lee, D. / Li, S. / ...

履歴

登録	2014年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月21日	Group: Database references
改定 1.3	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ped.cif.gz	244.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ped.ent.gz	200.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ped.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ped_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ped_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	4ped_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	4ped_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4ped ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/4ped	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hdu-2 2zhr-1 3p24-4 2a3b-1 3sq5-3 4ru0-2 3ch9-1 5v0x-3 1xn3-3 1fkn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MPP-GO.120289

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chaperone activity of bc1 complex-like, mitochondrial

ヘテロ分子

46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.671, 54.557, 45.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Chaperone activity of bc1 complex-like, mitochondrial / Chaperone-ABC1-like / aarF domain-containing protein kinase 3 分子量: 45951.379 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 204-595 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCK3, CABC1, PP265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8NI60, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.92 % / 解説: Monoclinic rhomb-shaped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Seeded microbatch experiment, 5 mg/mL protein 12.5% PEG 3350, 50 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 150 mM Am2SO4, 0.15 mM TCEP, 5 microliter sitting drop in bridge of VDX plate, equilibrated ...詳細: Seeded microbatch experiment, 5 mg/mL protein 12.5% PEG 3350, 50 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 150 mM Am2SO4, 0.15 mM TCEP, 5 microliter sitting drop in bridge of VDX plate, equilibrated against 12.5% PEG 3350, 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Am2SO4

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.92 % / 解説: Monoclinic rhomb-shaped

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Seeded microbatch experiment, 5 mg/mL protein 12.5% PEG 3350, 50 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 150 mM Am2SO4, 0.15 mM TCEP, 5 microliter sitting drop in bridge of VDX plate, equilibrated ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射	モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 69420 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
ARP		モデル構築
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.64→36.634 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.211	3478	5.01 %
R_work	0.1649	-	-
obs	0.1672	69420	80.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3128	0	10	267	3405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.433	4488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.844	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.6611	0.2832	41	0.2564	803	X-RAY DIFFRACTION	25
1.6611-1.6848	0.2754	69	0.251	1104	X-RAY DIFFRACTION	33
1.6848-1.71	0.2448	71	0.2482	1362	X-RAY DIFFRACTION	42
1.71-1.7367	0.2513	89	0.2292	1654	X-RAY DIFFRACTION	50
1.7367-1.7652	0.2073	75	0.2151	1770	X-RAY DIFFRACTION	53
1.7652-1.7956	0.2349	100	0.2016	1868	X-RAY DIFFRACTION	57
1.7956-1.8282	0.2264	101	0.193	2052	X-RAY DIFFRACTION	62
1.8282-1.8634	0.2424	110	0.1874	2299	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8634-1.9014	0.1909	135	0.1884	2459	X-RAY DIFFRACTION	75
1.9014-1.9428	0.236	159	0.1775	2647	X-RAY DIFFRACTION	81
1.9428-1.988	0.2472	166	0.1808	2830	X-RAY DIFFRACTION	87
1.988-2.0377	0.219	194	0.1724	2987	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0377-2.0928	0.227	187	0.1721	3182	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0928-2.1543	0.2329	178	0.1646	3177	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1543-2.2239	0.2009	133	0.1536	3236	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2239-2.3033	0.25	163	0.1582	3210	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3033-2.3956	0.193	164	0.1595	3286	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3956-2.5046	0.2083	173	0.156	3186	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5046-2.6366	0.2248	176	0.1656	3267	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6366-2.8017	0.2223	136	0.1702	3217	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8017-3.0179	0.1941	185	0.1766	3274	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0179-3.3215	0.1997	175	0.1727	3232	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3215-3.8016	0.193	163	0.1491	3280	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8016-4.788	0.2154	138	0.1264	3298	X-RAY DIFFRACTION	99
4.788-36.6427	0.1806	197	0.1606	3262	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0691	0.007	0.1527	1.9647	-0.4492	1.4901	-0.016	-0.1225	0.0259	0.0224	0.022	-0.1554	0.0266	0.0082	-0.0086	0.0665	0.0089	0.0042	0.0931	-0.0201	0.0789	62.3008	12.44	28.9541
2	0.9602	-0.3693	0.1775	0.4995	0.2972	0.7657	0.0891	-0.2136	-0.2223	0.0811	0.0482	-0.0547	0.1385	-0.0679	-0.0197	0.1274	-0.0214	-0.0343	0.0902	0.0362	0.1495	57.0634	-0.6137	27.9839
3	0.605	0.2134	0.2272	0.9905	-0.5464	0.7403	0.1237	0.0339	-0.0876	-0.0356	-0.0613	-0.0215	0.0905	0.0029	-0.0564	0.0717	0.0107	0.0075	0.0737	-0.0124	0.0604	56.1148	3.5794	9.0581
4	1.0643	-0.7203	-0.1238	0.6765	-0.1861	0.5632	0.0097	0.013	0.0393	-0.0267	0.0025	0.026	-0.0238	-0.1187	0.0015	0.0703	0.012	0.0055	0.0859	-0.0125	0.0604	44.6005	21.2859	11.9981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 258 through 306 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 307 through 407 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 408 through 505 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 506 through 644 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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