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- PDB-4pe8: Crystal structure of TatD in complex with trinucleotide DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pe8
タイトルCrystal structure of TatD in complex with trinucleotide DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*T)-3')
  • Tat-linked quality control protein TatD
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA repair / DNA processing / exonuclease / TIM barrel / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nuclease activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / response to hydrogen peroxide / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD / TatD deoxyribonuclease family signature 2. / : / TatD deoxyribonuclease family signature 3. / Deoxyribonuclease, TatD-related, conserved site / 3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD-like / TatD related DNase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel ...3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD / TatD deoxyribonuclease family signature 2. / : / TatD deoxyribonuclease family signature 3. / Deoxyribonuclease, TatD-related, conserved site / 3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD-like / TatD related DNase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / 3'-5' ssDNA/RNA exonuclease TatD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Chen, Y. / Li, C.-L. / Hsiao, Y.-Y. / Duh, Y. / Yuan, H.S.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure and function of TatD exonuclease in DNA repair.
著者: Chen, Y.C. / Li, C.L. / Hsiao, Y.Y. / Duh, Y. / Yuan, H.S.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tat-linked quality control protein TatD
B: DNA (5'-D(*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8842
ポリマ－29,8842
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.450, 52.871, 101.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tat-linked quality control protein TatD / Deoxyribonuclease TatD / DNase TatD


分子量: 29005.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tatD, mttC, yigW, yigX, b4483, JW5931 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P27859, Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*T)-3')


分子量: 877.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4% Tacsimate pH 4 and 12% PEG3350 / PH範囲: 4 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月19日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.894→30 Å / Num. obs: 5539 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.477 / Net I/av σ(I): 17.947 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 30630
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.894-35.50.4285351.24299.6
3-3.125.40.3695451.31599.5
3.12-3.275.70.2765341.442100
3.27-3.445.60.215401.58999.6
3.44-3.655.30.1795381.65298.2
3.65-3.935.50.125531.39899.6
3.93-4.335.70.0915481.38999.6
4.33-4.955.70.0865641.999.6
4.95-6.235.70.0835681.49899.6
6.23-305.30.0396141.32498.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XWY

1xwy


解像度: 2.894→28.419 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 550 9.98 %Random selection
Rwork0.1945 4963 --
obs0.1993 5513 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.35 Å2 / Biso mean: 41.1529 Å2 / Biso min: 23.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.894→28.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 58 0 39 2135
Biso mean---36.69 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7182950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.901789
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.894-3.18480.33061320.24381200133299
3.1848-3.64480.28611360.19981214135099
3.6448-4.5890.18781370.176412411378100
4.589-28.42080.22321450.18731308145399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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