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万見
- PDB-4pcw: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Human Profilaggrin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pcw
タイトルCrystal Structure of the N-terminal Domain of Human Profilaggrin at 2.2 A Resolution
要素Filaggrin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100 protein / EF-Hand Calcium Binding Protein / Epidermal Skin Protein / Signaling Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


keratohyalin granule / structural constituent of skin epidermis / cornification / multicellular organism development / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / intermediate filament / transition metal ion binding / establishment of skin barrier ...keratohyalin granule / structural constituent of skin epidermis / cornification / multicellular organism development / Formation of the cornified envelope / peptide cross-linking / cornified envelope / intermediate filament / transition metal ion binding / establishment of skin barrier / keratinocyte differentiation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / structural molecule activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Filaggrin / Filaggrin / S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 ...Filaggrin / Filaggrin / S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bunick, C.G. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Dermatology FoundationCareer Development Award 米国
引用ジャーナル: J. Invest. Dermatol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Human Profilaggrin S100 Domain and Identification of Target Proteins Annexin II, Stratifin, and HSP27.
著者: Bunick, C.G. / Presland, R.B. / Lawrence, O.T. / Pearton, D.J. / Milstone, L.M. / Steitz, T.A.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filaggrin
B: Filaggrin
C: Filaggrin
D: Filaggrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,99314
ポリマ－44,8444
非ポリマー1,15010
水2,162120
1
A: Filaggrin
B: Filaggrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9977
ポリマ－22,4222
非ポリマー5755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
2
C: Filaggrin
D: Filaggrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9977
ポリマ－22,4222
非ポリマー5755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.492, 85.285, 96.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Filaggrin


分子量: 11210.898 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-92) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLG / プラスミド: pGS-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20930
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.21 % / 解説: small rods
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, calcium chloride / PH範囲: 7.8 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryoprotectant PEG 400
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.943→64.03 Å / Num. all: 23548 / Num. obs: 16452 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 40.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 8.79
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.37 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000705データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E8A

1e8a


解像度: 2.2→42.642 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 844 5.13 %
Rwork0.1961 --
obs0.1984 16442 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.292 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 64 120 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7194115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.611223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.33780.32231440.25262596X-RAY DIFFRACTION95
2.3378-2.51830.34271540.26222577X-RAY DIFFRACTION94
2.5183-2.77170.27781410.23282614X-RAY DIFFRACTION94
2.7717-3.17270.30491210.22472605X-RAY DIFFRACTION93
3.1727-3.99680.22471520.16762559X-RAY DIFFRACTION92
3.9968-42.65050.18261320.16832647X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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