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- PDB-4pcg: Structure of Human Polyomavirus 6 (HPyV6) VP1 pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pcg
タイトルStructure of Human Polyomavirus 6 (HPyV6) VP1 pentamer
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / major viral capsid protein / jelly-roll topology / attachment to host-cell receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Polyomavirus HPyV6 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Baden-Wuerttemberg-Stiftung ドイツ
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structure analysis of the major capsid proteins of human polyomaviruses 6 and 7 reveals an obstructed sialic Acid binding site.
著者: Stroh, L.J. / Neu, U. / Blaum, B.S. / Buch, M.H. / Garcea, R.L. / Stehle, T.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / refine_hist / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,38825
ポリマ－148,4725
非ポリマー91620
水19,2761070
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23620 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area46530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.900, 89.440, 125.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-411-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPHEPHEAA24 - 469 - 31
21VALVALPHEPHEBB24 - 469 - 31
31VALVALPHEPHECC24 - 469 - 31
41VALVALPHEPHEDD24 - 469 - 31
51VALVALPHEPHEEE24 - 469 - 31
12ARGARGLEULEUAA58 - 7843 - 63
22ARGARGLEULEUBB58 - 7843 - 63
32ARGARGLEULEUCC58 - 7843 - 63
42ARGARGLEULEUDD58 - 7843 - 63
52ARGARGLEULEUEE58 - 7843 - 63
13GLUGLUARGARGAA99 - 12084 - 105
23GLUGLUARGARGBB99 - 12084 - 105
33GLUGLUARGARGCC99 - 12084 - 105
43GLUGLUARGARGDD99 - 12084 - 105
53GLUGLUARGARGEE99 - 12084 - 105
14PROPROILEILEAA125 - 175110 - 160
24PROPROILEILEBB125 - 175110 - 160
34PROPROILEILECC125 - 175110 - 160
44PROPROILEILEDD125 - 175110 - 160
54PROPROILEILEEE125 - 175110 - 160
15GLUGLUGLUGLUAA190 - 200175 - 185
25GLUGLUGLUGLUBB190 - 200175 - 185
35GLUGLUGLUGLUCC190 - 200175 - 185
45GLUGLUGLUGLUDD190 - 200175 - 185
55GLUGLUGLUGLUEE190 - 200175 - 185
16PHEPHELEULEUAA205 - 237190 - 222
26PHEPHELEULEUBB205 - 237190 - 222
36PHEPHELEULEUCC205 - 237190 - 222
46PHEPHELEULEUDD205 - 237190 - 222
56PHEPHELEULEUEE205 - 237190 - 222
17SERSERGLNGLNAA247 - 286232 - 271
27SERSERGLNGLNBB247 - 286232 - 271
37SERSERGLNGLNCC247 - 286232 - 271
47SERSERGLNGLNDD247 - 286232 - 271
57SERSERGLNGLNEE247 - 286232 - 271

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.682603, 0.64505, 0.343458), (-0.645909, 0.312693, 0.696437), (0.34184, -0.697233, 0.630089)1.16661, -1.67599, -1.31439
3given(0.158287, 0.400509, 0.902517), (-0.399093, -0.8101, 0.429492), (0.903144, -0.428172, 0.031612)0.52166, -4.00547, -0.48658
4given(0.161781, -0.393979, 0.904769), (0.399381, -0.812266, -0.425112), (0.902398, 0.430122, 0.025938)-1.24185, -3.55711, 1.32191
5given(0.682478, -0.644383, 0.344956), (0.644838, 0.308642, -0.699231), (0.344105, 0.69965, 0.626164)-1.5269, -1.05961, 1.59904

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要素

#1: タンパク質
VP1


分子量: 29694.391 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Polyomavirus HPyV6 (ウイルス) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D6QWI0
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1070 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaSCN, 13.3% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 140450 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Human Polyomavirus 7 (HPyV7) VP1 pentamer

解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.219 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17438 7049 5 %RANDOM
Rwork0.14794 ---
obs0.14926 133401 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.642 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10042 0 46 1070 11158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0210464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.96114301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.757322369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03851386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.73823.792443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.382151570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1171569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4595.2035386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3545.1735372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9656.7276717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9666.7296718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0676.5715078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9676.555065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2428.1367538
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.71614.72212040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.67613.87211509
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1157medium positional0.060.5
B1157medium positional0.080.5
C1157medium positional0.080.5
D1157medium positional0.060.5
E1157medium positional0.080.5
A1705loose positional0.275
B1705loose positional0.245
C1705loose positional0.355
D1705loose positional0.385
E1705loose positional0.355
A1157medium thermal1.42
B1157medium thermal1.212
C1157medium thermal1.22
D1157medium thermal1.292
E1157medium thermal1.712
A1705loose thermal2.0410
B1705loose thermal1.7510
C1705loose thermal1.7310
D1705loose thermal1.910
E1705loose thermal2.110
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 510 -
Rwork0.245 9490 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25140.25541.20381.25630.263.26420.0218-0.34940.11860.2256-0.0056-0.0464-0.1085-0.1563-0.01630.07260.0123-0.00430.0872-0.01830.05359.73923.557748.6147
20.72440.0125-0.12971.35050.45781.35080.02160.03420.0934-0.07130.0210.0126-0.1402-0.0594-0.04270.02290.0216-0.00490.08750.00010.02958.44956.170935.9022
32.7314-0.42031.53481.5417-0.31432.62510.0895-0.3145-0.25520.210.0393-0.03870.248-0.097-0.12880.0873-0.009-0.00530.10120.01290.040218.3452-28.586438.882
40.8519-0.0663-0.05610.9594-0.28891.5730.00520.02730.00480.01710.01070.0789-0.0169-0.0605-0.01590.0146-0.0074-0.01170.0525-0.00270.021613.677-19.133231.9816
53.1986-0.28231.32751.3295-0.43632.28650.12480.0857-0.3535-0.002-0.047-0.18170.24540.2142-0.07790.08890.0358-0.00070.1417-0.01640.079341.9279-24.716211.9828
61.239-0.18660.02711.3384-0.4941.0475-0.02950.0922-0.0931-0.0328-0.01320.01490.09550.00770.04270.03440.0243-0.0010.1188-0.02880.01431.4507-20.679113.3593
72.9155-0.17931.18641.2272-0.22042.1636-0.05710.11810.1050.0408-0.0085-0.2566-0.12170.32730.06560.0597-0.0197-0.00250.18430.06510.085247.179710.17647.8707
81.2916-0.2089-0.24761.18880.03320.79720.0090.13850.0217-0.0948-0.0224-0.0589-0.01020.03940.01340.0489-0.0055-0.00660.1630.04980.020336.91713.17785.6765
91.96170.3471-0.35390.9808-0.1920.99920.05490.00320.3044-0.0178-0.0065-0.0357-0.26610.0534-0.04850.11260.0009-0.00770.09720.01880.118824.594622.392521.8459
103.86381.24571.35911.54160.62882.09190.02580.10130.25380.0014-0.00370.0103-0.23820.1704-0.02210.1030.00950.02530.0670.02190.084623.353621.0726.2753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3B22 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4B97 - 291
5X-RAY DIFFRACTION5C22 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6C97 - 291
7X-RAY DIFFRACTION7D22 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8D107 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9E22 - 227
10X-RAY DIFFRACTION10E228 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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