PDB-4pca: X-ray crystal structure of an O-methyltransferase from Anaplasma ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pca

タイトル

X-ray crystal structure of an O-methyltransferase from Anaplasma phagocytophilum bound to SAH and Manganese

要素

O-methyltransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase SAH / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / :

機能・相同性情報

生物種

Anaplasma phagocytophilum str. HGE1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: An O-Methyltransferase Is Required for Infection of Tick Cells by Anaplasma phagocytophilum.
著者: Oliva Chavez, A.S. / Fairman, J.W. / Felsheim, R.F. / Nelson, C.M. / Herron, M.J. / Higgins, L. / Burkhardt, N.Y. / Oliver, J.D. / Markowski, T.W. / Kurtti, T.J. / Edwards, T.E. / Munderloh, U.G.

履歴

登録	2014年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pca.cif.gz	381.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pca.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pca_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pca_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4pca_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	4pca_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/4pca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oa5SC 4oa8C 4pclC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1z19-d 1a2z-d 4n7t-d 5u4h-d 2x7x-d 1pnv-d 3h8l-d 1s70-d 5z47-1 3o8l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AnphA.01233.a TargetTrack: AnphA.01233.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase family protein

B: O-methyltransferase family protein

C: O-methyltransferase family protein

D: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
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1

A: O-methyltransferase family protein

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

D: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

C: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 4 ポリマー
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2

A: O-methyltransferase family protein

B: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

D: O-methyltransferase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.210, 102.760, 103.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A	-2 - 218	6 - 226
2	chain B	B	B	0 - 218	8 - 226
3	chain C	C	C	0 - 218	8 - 226
4	chain D	D	D	-2 - 218	6 - 226

#1: タンパク質	O-methyltransferase family protein 分子量: 25210.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum str. HGE1 (バクテリア) 遺伝子: HGE1_02637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S6G476
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 400 nl of protein solution plus 400 nl of precipitant. Precipitant was MCSG2 well H5 - 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 145193 / Num. obs: 144437 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.18 % / B_iso Wilson estimate: 12.02 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 0.976 / Net I/σ(I): 16.27 / Num. measured all: 892627

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54		6.18	0.85	0.573	3.14	65058	10619	10523	0.626	99.1
1.54-1.58			0.897	0.45	3.99	63722	10379	10291	0.492	99.2
1.58-1.63			0.933	0.367	4.91	61787	10055	9978	0.401	99.2
1.63-1.68			0.952	0.308	5.78	60481	9818	9757	0.337	99.4
1.68-1.73			0.967	0.245	7.18	58668	9522	9470	0.268	99.5
1.73-1.79			0.974	0.209	8.46	56835	9204	9165	0.228	99.6
1.79-1.86			0.982	0.166	10.37	54960	8901	8871	0.182	99.7
1.86-1.94			0.989	0.128	13.04	52855	8582	8558	0.141	99.7
1.94-2.02			0.992	0.105	15.64	50686	8214	8188	0.115	99.7
2.02-2.12			0.994	0.088	18.26	48470	7862	7852	0.096	99.9
2.12-2.24			0.995	0.073	21.6	46299	7500	7495	0.08	99.9
2.24-2.37			0.996	0.066	23.38	43933	7103	7098	0.072	99.9
2.37-2.54			0.997	0.058	25.73	41304	6671	6667	0.063	99.9
2.54-2.74			0.997	0.054	28.08	38763	6253	6251	0.059	100
2.74-3			0.997	0.048	30.82	35680	5758	5751	0.053	99.9
3-3.35			0.998	0.043	34.48	32239	5220	5211	0.047	99.8
3.35-3.87			0.998	0.04	37.76	28517	4659	4643	0.044	99.7
3.87-4.74			0.998	0.038	39.8	24153	3968	3957	0.041	99.7
4.74-6.71			0.998	0.038	38.75	18444	3098	3047	0.042	98.4
	6.71		0.998	0.038	40.08	9773	1807	1664	0.042	92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9pre_1665)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OA5

4oa5

解像度: 1.5→40.584 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1721	7142	4.95 %	RANDOM
R_work	0.1469	137271	-	-
obs	0.1482	144413	99.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.99 Å² / B_iso mean: 17.7413 Å² / B_iso min: 5.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→40.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6694	0	132	982	7808
B_iso mean	-	-	15.82	30.37	-
残基数	-	-	-	-	878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.586	9916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.24	2744

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3720	X-RAY DIFFRACTION	9.692	TORSIONAL
1	2	B	3720	X-RAY DIFFRACTION	9.692	TORSIONAL
1	3	C	3720	X-RAY DIFFRACTION	9.692	TORSIONAL
1	4	D	3720	X-RAY DIFFRACTION	9.692	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5001-1.5171	0.2425	221	0.2007	4503	4724	99
1.5171-1.5349	0.2153	232	0.1971	4545	4777	99
1.5349-1.5537	0.22	240	0.1845	4474	4714	99
1.5537-1.5733	0.2256	242	0.1754	4502	4744	99
1.5733-1.594	0.2101	234	0.1688	4512	4746	99
1.594-1.6159	0.1978	233	0.1646	4533	4766	99
1.6159-1.639	0.203	247	0.1604	4537	4784	99
1.639-1.6634	0.1832	211	0.164	4536	4747	99
1.6634-1.6894	0.1895	222	0.1564	4562	4784	100
1.6894-1.7171	0.1823	234	0.1562	4529	4763	99
1.7171-1.7467	0.1878	225	0.151	4562	4787	99
1.7467-1.7785	0.1813	244	0.1478	4559	4803	100
1.7785-1.8127	0.1983	251	0.1491	4525	4776	99
1.8127-1.8497	0.178	244	0.1497	4532	4776	100
1.8497-1.8899	0.1703	254	0.1442	4544	4798	100
1.8899-1.9339	0.1802	237	0.1489	4583	4820	100
1.9339-1.9822	0.1846	228	0.1547	4570	4798	100
1.9822-2.0358	0.19	218	0.1483	4596	4814	100
2.0358-2.0957	0.1636	259	0.1447	4567	4826	100
2.0957-2.1634	0.1541	239	0.1406	4582	4821	100
2.1634-2.2407	0.1574	253	0.1388	4589	4842	100
2.2407-2.3304	0.1681	243	0.1436	4558	4801	100
2.3304-2.4364	0.1687	228	0.1446	4649	4877	100
2.4364-2.5649	0.1723	207	0.1423	4639	4846	100
2.5649-2.7255	0.1559	233	0.1425	4645	4878	100
2.7255-2.9359	0.1725	245	0.1474	4615	4860	100
2.9359-3.2313	0.1788	238	0.146	4662	4900	100
3.2313-3.6986	0.1621	251	0.1392	4654	4905	100
3.6986-4.6587	0.1424	274	0.1236	4684	4958	100
4.6587-40.5991	0.1685	255	0.1497	4723	4978	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4874	0.3988	0.8802	0.4569	0.6662	1.0017	-0.0834	0.3386	0.2709	-0.0692	0.0252	0.0828	-0.0893	-0.0119	0.0221	0.1034	-0.0138	0.0005	0.1447	0.0415	0.1428	-12.9039	-47.2872	-9.9394
2	0.4523	0.0925	-0.0467	1.4107	0.1478	0.544	0.0041	-0.0048	0.0318	-0.019	-0.0048	-0.0367	-0.0311	0.0067	0.001	0.0561	-0.0071	-0.002	0.0662	0.0089	0.0672	1.2434	-29.8957	-12.1414
3	1.6097	-2.0287	-1.0214	3.0156	0.8868	1.4418	0.1142	0.144	-0.0782	-0.3085	-0.0995	0.0763	0.0242	-0.0668	-0.0015	0.1681	-0.0018	-0.0247	0.1184	-0.0107	0.0814	1.9619	-50.3177	-29.9906
4	1.3702	-0.1875	0.4204	2.8605	0.5053	1.6371	0.0668	0.0223	-0.0144	-0.1548	-0.0077	-0.03	-0.0172	-0.0131	-0.0468	0.0628	-0.001	0.0092	0.0601	0.0098	0.0593	8.0251	-53.153	-23.499
5	1.5022	0.227	0.9032	1.2481	0.3991	1.6875	0.0519	0.0687	-0.0099	-0.0703	-0.0356	-0.2659	-0.0186	0.1131	-0.0582	0.0562	-0.0003	0.0074	0.0798	-0.0055	0.1311	18.6062	-56.1302	-20.5417
6	2.1703	0.1905	0.0799	3.585	-0.8523	3.7758	0.0591	0.1697	-0.1089	-0.3529	-0.0062	-0.2083	0.1082	0.2053	-0.03	0.0978	0.0361	0.0306	0.1019	-0.0366	0.1378	20.3806	-63.2414	-27.4577
7	1.3068	-0.2761	0.2964	1.0424	-0.0797	0.7585	-0.0008	-0.0785	-0.1006	0.0851	0.0056	-0.0184	0.026	-0.0106	0.002	0.0715	-0.0082	-0.0198	0.0667	0.014	0.0803	7.2563	-58.3964	-8.0821
8	5.2852	0.8694	-0.2662	2.8409	-0.6619	3.9946	-0.076	0.3809	0.0155	-0.3429	0.1448	0.1604	-0.045	-0.2129	-0.0534	0.1113	-0.0083	-0.0283	0.1159	-0.0019	0.0945	22.0111	-6.0709	-51.8386
9	2.1548	2.5331	0.3078	6.9771	2.3527	1.5746	-0.277	0.2461	-0.2443	-0.673	0.2365	-0.2113	-0.0762	0.1237	0.0543	0.1477	-0.0177	0.0179	0.1231	-0.0159	0.1006	28.116	-19.5318	-55.2008
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12	1.6657	-0.0801	0.9026	1.5825	-0.1848	1.2693	0.055	-0.1418	-0.3356	0.2568	-0.0955	-0.056	0.372	0.1929	0.0014	0.2072	0.039	0.03	0.166	0.0648	0.1556	29.9566	-27.8948	-31.3336
13	1.0297	-0.3145	0.3198	1.3153	0.0547	0.678	-0.0924	-0.2048	-0.2144	0.2963	-0.0142	0.0814	0.076	0.0828	0.0282	0.1288	0.0173	0.0314	0.1594	0.0571	0.1012	25.3803	-19.3444	-29.8793
14	4.5626	-0.8261	-1.7005	2.9778	-1.9006	3.8213	-0.0039	-0.2482	-0.3074	0.0436	0.0004	0.7274	0.2033	-0.7465	-0.0823	0.1403	-0.0422	0.0233	0.2917	-0.011	0.2415	7.4476	-13.2103	-28.1112
15	1.4697	-0.018	0.4348	1.5577	0.0336	1.3624	-0.0125	-0.2271	-0.0746	0.2686	-0.0578	0.0082	0.0185	0.1189	0.0425	0.0961	-0.0008	0.0093	0.131	0.03	0.0705	25.2438	-11.6386	-28.9019
16	3.832	-0.2314	0.8929	0.68	-0.0477	0.4141	0.1475	0.044	-0.011	-0.1651	-0.0446	-0.1136	-0.0876	-0.1115	-0.0645	0.1443	0.0083	0.0167	0.1321	0.0254	0.0881	63.8594	-46.6483	-21.5017
17	1.8898	-0.1346	-0.4057	3.4232	-0.4304	1.4313	0.0471	0.1352	0.0752	0.0408	-0.0548	-0.0767	-0.0263	-0.0007	0.0391	0.1211	0.0254	-0.0077	0.1281	0.0047	0.0484	53.0958	-47.3221	-18.7352
18	1.2005	-0.3326	-0.115	1.4328	-0.0323	0.8297	0.0454	0.1696	-0.0226	-0.1282	-0.0768	0.1119	-0.1105	-0.1461	0.0174	0.0986	0.0301	-0.022	0.1436	-0.0172	0.078	41.6803	-42.9681	-14.9638
19	1.8642	-0.7828	-0.1925	2.3978	3.5767	5.9807	-0.0344	-0.4145	0.5203	0.4263	0.3213	-0.4082	-0.1806	0.4197	0.0089	0.2002	0.0191	-0.0386	0.2277	-0.1056	0.274	60.1779	-42.1301	2.6409
20	1.7253	-0.2941	-0.2951	1.772	0.0155	1.1193	-0.0369	-0.0949	0.0929	0.2413	0.0575	0.0648	-0.0728	-0.0685	0.0494	0.0883	0.0237	0.0052	0.1122	-0.0014	0.094	49.43	-51.7593	-1.4642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 16 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 218 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 0 through 30 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 31 through 55 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 56 through 90 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 116 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 117 through 218 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 0 through 16 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 17 through 30 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 31 through 90 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 91 through 116 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 117 through 138 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 139 through 168 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 169 through 182 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 183 through 218 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid -2 through 30 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 31 through 55 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 56 through 165 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 166 through 180 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 181 through 218 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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