[日本語] English
万見
- PDB-3h8l: The first X-ray structure of a sulfide:quinone oxidoreductase: in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h8l
タイトルThe first X-ray structure of a sulfide:quinone oxidoreductase: insights into sulfide oxidation mechanism
要素NADH oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Membrane protein / complete form / rossman-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / trisulfane / Sulfide-quinone reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidianus ambivalens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Brito, J.A. / Sousa, F.L. / Stelter, M. / Bandeiras, T.M. / Vonrhein, C. / Teixeira, M. / Pereira, M.M. / Archer, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural and functional insights into sulfide:quinone oxidoreductase.
著者: Brito, J.A. / Sousa, F.L. / Stelter, M. / Bandeiras, T.M. / Vonrhein, C. / Teixeira, M. / Pereira, M.M. / Archer, M.
履歴
登録2009年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADH oxidase
B: NADH oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,97115
ポリマ－90,3492
非ポリマー2,62213
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area29020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.657, 179.657, 163.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 NADH oxidase


分子量: 45174.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acidianus ambivalens (古細菌) / 参照: UniProt: Q7ZAG8, NADH dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-S3H / trisulfane / 三硫化水素


分子量: 98.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE UNP DATABASE SEQUENCE IS IN ERROR AT THIS POSITION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.2170.8
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.52.2 M NH4H2PO4, 100 mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.52.2 M NH4H2PO4/K2HPO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.943 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→51.44 Å / Num. obs: 49511 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 67.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6870 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
SHARP位相決定
BUSTER-TNT2.7.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.57→29.68 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 2509 5.08 %RANDOM
Rwork0.1938 ---
obs0.1952 49437 99.17 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6536 Å20 Å20 Å2
2---0.6536 Å20 Å2
3---1.3072 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5590 0 157 267 6014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00658902
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.89279802
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.08911962
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0051582
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0128805
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.898589020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0935
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 158 4.84 %
Rwork0.2351 3106 -
all0.2363 3264 -
obs--99.17 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る