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- PDB-4p7q: Structure of Escherichia coli PgaB C-terminal domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p7q
タイトルStructure of Escherichia coli PgaB C-terminal domain in complex with N-acetylglucosamine
要素Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta alpha barrel / carbohydrate binding (炭水化物) / glycosyl hydrolase fold / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule deacylation / cell adhesion involved in biofilm formation / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / グリコシダーゼ / TIMバレル ...Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / グリコシダーゼ / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
著者: Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B.R. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L.
履歴
登録2014年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4517
ポリマ－42,4421
非ポリマー1,0096
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.380, 77.958, 115.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase / PgaB / Poly-beta-1 / 6-GlcNAc N-deacetylase


分子量: 42441.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 310-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pgaB, ycdR, b1023, JW5142 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P75906, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.5 M N-acetylglucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 46798 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 23.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 64.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1615)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4P7L

4p7l


解像度: 1.651→37.234 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1953 2000 4.3 %Random
Rwork0.1568 44475 --
obs0.1585 46475 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.75 Å2 / Biso mean: 29.9273 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→37.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2925 0 68 300 3293
Biso mean--65.24 40.2 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0254177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5921118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6513-1.69260.25511390.19793108324798
1.6926-1.73840.22691410.187231073248100
1.7384-1.78950.22361390.18023097323699
1.7895-1.84730.21071400.16763127326799
1.8473-1.91330.22811410.164731383279100
1.9133-1.98990.22141410.16353142328399
1.9899-2.08050.20421420.16433120326299
2.0805-2.19010.19581410.163531603301100
2.1901-2.32730.18551440.156931973341100
2.3273-2.5070.18241440.163931903334100
2.507-2.75920.20561430.177331883331100
2.7592-3.15830.20661450.163532263371100
3.1583-3.97840.1861460.145532703416100
3.9784-37.24320.17881540.139734053559100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6808-2.15730.91043.0873-1.61568.67380.08710.0977-0.0148-0.1305-0.0470.0484-0.00760.2066-0.05530.1234-0.01890.0430.16690.02340.2253-1.43688.59095.6216
21.0147-1.0211-0.22722.93710.28251.48780.13370.1550.0428-0.1821-0.14240.0793-0.0248-0.05320.00130.13780.0078-0.00550.15750.02050.15180.59387.8348-1.0951
30.8489-0.45270.07241.66270.15191.0460.0802-0.0019-0.0726-0.113-0.1303-00.11820.02780.04220.147-0.00560.00140.21570.00390.18659.018166.08856.7664
40.97971.809-2.11935.0705-5.63526.53560.1014-0.08020.02070.1677-0.4088-0.4903-0.01130.39820.34070.1387-0.015-0.02030.23510.03860.249116.371170.387712.2131
52.565-1.4413-0.59272.6120.44651.9027-0.1885-0.1449-0.14650.40460.0750.10040.077-0.00430.10680.1823-0.0228-0.01330.15980.0070.13223.030776.141721.8978
63.7242-1.4585-1.51773.6104-0.61992.51720.01780.1202-0.33770.0333-0.00680.29860.069-0.1897-0.0540.1802-0.0320.00880.1453-0.00680.167-5.834183.010420.2285
75.3686-1.77080.85654.5452-1.07563.3863-0.0878-0.08160.40790.15490.09510.074-0.4095-0.0718-0.03490.1691-0.01560.02950.13150.00990.1626-7.026693.272515.5866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 310 through 328 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 329 through 391 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 392 through 502 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 503 through 529 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 530 through 595 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 596 through 637 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 638 through 668 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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