登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p7q |
---|
タイトル | Structure of Escherichia coli PgaB C-terminal domain in complex with N-acetylglucosamine |
---|
要素 | Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase |
---|
キーワード | HYDROLASE / beta alpha barrel / carbohydrate binding / glycosyl hydrolase fold / complex |
---|
機能・相同性 | 機能・相同性情報
macromolecule deacylation / cell adhesion involved in biofilm formation / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process類似検索 - 分子機能 Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases / TIM Barrel ...Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase類似検索 - 構成要素 |
---|
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) |
---|
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å |
---|
データ登録者 | Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L. |
---|
資金援助 | カナダ, 1件 組織 | 認可番号 | 国 |
---|
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) | | カナダ |
|
---|
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine. 著者: Little, D.J. / Li, G. / Ing, C. / DiFrancesco, B.R. / Bamford, N.C. / Robinson, H. / Nitz, M. / Pomes, R. / Howell, P.L. |
---|
履歴 | 登録 | 2014年3月27日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
---|
改定 1.0 | 2014年7月2日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
---|
改定 1.1 | 2014年7月23日 | Group: Database references |
---|
改定 1.2 | 2014年10月1日 | Group: Database references |
---|
改定 1.3 | 2017年11月22日 | Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation |
---|
改定 1.4 | 2020年1月8日 | Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization |
---|
改定 1.5 | 2020年7月29日 | Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
---|
改定 1.6 | 2023年9月27日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
---|
|
---|