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- PDB-4p6d: Structure of ribB complexed with PO4 ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p6d
タイトルStructure of ribB complexed with PO4 ion
要素3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
キーワードLYASE / ribB / riboflavin / ligand / complex / crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DHBP synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Islam, Z. / Kumar, A. / Singh, S. / Salmon, L. / Karthikeyan, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIRBSC104, BSC210 インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Competitive Inhibition of 3,4-Dihydroxy-2-butanone-4-phosphate Synthase from Vibrio cholerae.
著者: Islam, Z. / Kumar, A. / Singh, S. / Salmon, L. / Karthikeyan, S.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Structure summary
改定 1.32015年5月13日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
B: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6015
ポリマ－51,3482
非ポリマー2523
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.554, 73.597, 95.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase


分子量: 25674.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: ribB, VC_A1060 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9KKP2, 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % / 解説: rod shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: NaH2PO4, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→20 Å / Num. obs: 52849 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 11.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1615)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G57

1g57


解像度: 1.59→19.436 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2675 5.06 %Random
Rwork0.1688 ---
obs0.1702 52830 96.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3034 0 14 425 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0894260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1271198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.61560.22521040.1692158X-RAY DIFFRACTION80
1.6156-1.64660.19351600.1592676X-RAY DIFFRACTION100
1.6466-1.68020.19681410.15092705X-RAY DIFFRACTION100
1.6802-1.71670.22111570.15342676X-RAY DIFFRACTION100
1.7167-1.75670.18931580.15662690X-RAY DIFFRACTION100
1.7567-1.80060.21481310.16042706X-RAY DIFFRACTION100
1.8006-1.84920.19691320.16562720X-RAY DIFFRACTION100
1.8492-1.90360.24991510.20982383X-RAY DIFFRACTION89
1.9036-1.9650.38871450.2972388X-RAY DIFFRACTION89
1.965-2.03510.19731160.16572734X-RAY DIFFRACTION100
2.0351-2.11650.21370.15822743X-RAY DIFFRACTION100
2.1165-2.21270.18831560.16032684X-RAY DIFFRACTION99
2.2127-2.32920.26221160.2532233X-RAY DIFFRACTION82
2.3292-2.47480.2111370.16972733X-RAY DIFFRACTION100
2.4748-2.66550.17331530.16732750X-RAY DIFFRACTION100
2.6655-2.93290.20661440.16642747X-RAY DIFFRACTION100
2.9329-3.35540.1771610.15892770X-RAY DIFFRACTION100
3.3554-4.22030.13981420.13992734X-RAY DIFFRACTION98
4.2203-19.43760.14441340.13992925X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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