PDB-4p4x: Dodecamer formed by a macrocyclic peptide derived from beta-2-mic...

登録	2014年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p4x.cif.gz	133.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p4x.ent.gz	117.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p4vC 4p4wC 4p4yC 4p4zC 4wc8C 4x0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qe3-d 4wc8-d 3k9r-2 5gvs-1 4p4w-d 2j86-2 5gvs-2 4lef-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

B: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

C: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

D: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

E: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

F: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

G: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

H: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

I: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

J: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

K: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

L: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK

ヘテロ分子

25.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.343, 61.343, 113.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-101- SO4

#1: タンパク質・ペプチド	CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PH7)YTE(ORN)KVA(MLE)AVK 分子量: 2028.219 Da / 分子数: 12 / 変異: Y86PHI / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5; 0.2 M lithium sulfate; 25% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.897→32.3 Å / Num. obs: 35831 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.02883 / Net I/σ(I): 12.49
反射シェル	解像度: 1.897→1.965 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.3829 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 99.09

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.898→32.296 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	3284	10.02 %
R_work	0.2087	-	-
obs	0.2115	32770	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→32.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1620	0	42	70	1732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.442	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	29.554	756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.898-1.926	0.3547	131	0.3259	1201	X-RAY DIFFRACTION	92
1.926-1.9561	0.3176	143	0.2914	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9561-1.9882	0.3309	137	0.2827	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9882-2.0225	0.287	146	0.2786	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0225-2.0592	0.2824	143	0.2662	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0592-2.0988	0.2948	144	0.2387	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0988-2.1417	0.2718	143	0.2341	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.1882	0.2579	146	0.2587	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1882-2.2391	0.2988	144	0.2436	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2391-2.2951	0.2857	140	0.2291	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2951-2.3571	0.2535	143	0.2372	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3571-2.4265	0.2662	140	0.2225	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4265-2.5048	0.2583	138	0.2244	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5048-2.5942	0.2507	144	0.2242	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5942-2.6981	0.2702	150	0.2437	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6981-2.8208	0.2669	147	0.2127	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8208-2.9694	0.2531	145	0.1976	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9694-3.1553	0.2304	147	0.1981	1279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1553-3.3987	0.2214	146	0.1969	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3987-3.7403	0.2221	140	0.1912	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7403-4.2804	0.1755	141	0.1775	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2804-5.3888	0.1905	140	0.1642	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3888-32.3011	0.2197	146	0.2086	1277	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4118	-5.023	-2.5778	7.131	1.1327	6.8984	-0.167	-0.4671	0.6517	0.6285	-0.0604	-0.3243	-0.1281	0.1177	0.3164	0.305	-0.1413	-0.1045	0.3758	0.0881	0.1454	0.3767	11.8104	5.181
2	3.2976	-1.3296	1.1374	1.1149	-1.6914	3.0917	-0.0883	0.4553	-0.4197	-0.2889	0.1334	0.078	0.5343	-0.2812	-0.8201	0.2742	-0.1229	-0.1652	0.3123	0.1092	0.3465	6.64	13.038	20.8094
3	7.7153	4.9524	2.2344	5.2289	2.6295	2.5068	-0.5538	0.8788	-0.0481	-0.4512	0.4625	-0.7848	-0.3059	0.1258	0.4338	0.2786	-0.0218	-0.1686	0.2583	0.1651	0.3728	8.8975	23.48	13.3956
4	1.0926	-0.8421	0.3846	7.1452	-2.8328	4.1798	0.1551	0.0458	-0.0615	0.0577	-0.3658	-1.5818	-0.0647	0.1694	-0.5577	0.2868	-0.064	-0.2061	0.1782	0.0665	0.2584	16.9263	20.437	23.1693
5	3.1198	-2.6738	-0.2908	4.5086	1.1112	2.6379	-0.0718	0.2383	0.4572	-0.0518	-0.1352	-1.0681	0.1897	0.1198	0.3216	0.3484	-0.1985	-0.0739	0.3673	0.1064	0.1962	1.942	4.221	12.3115
6	6.5021	1.4043	-0.9116	5.3629	-1.3359	1.7356	0.2132	0.1452	1.4895	-0.1442	0.1064	1.0031	-0.0029	-0.4879	0.0291	0.3309	-0.086	-0.1776	0.2282	0.3279	0.0695	13.5026	13.0906	5.134
7	5.635	2.9748	0.8278	2.4019	1.1607	1.0773	0.1595	-0.6665	0.3534	0.9725	-0.2742	-0.0241	0.3613	-0.2814	0.6959	0.3012	-0.0799	-0.2113	0.3026	0.0906	0.2766	17.5105	6.1258	15.4526
8	4.3499	-1.3761	3.2943	3.4655	-2.9462	6.6762	-0.2097	0.1195	0.737	0.5724	0.3531	0.2646	-0.9242	-0.0173	-0.0318	0.1662	-0.1557	-0.272	0.388	0.2109	0.3908	24.0355	16.8335	11.9349
9	5.1657	-2.4333	-5.7018	4.2021	1.1645	6.9734	-0.0676	1.0327	-0.2171	0.314	-0.3066	-0.4091	0.2037	-0.564	-0.0608	0.3624	-0.0759	-0.2289	0.2172	0.0084	0.4246	26.3179	12.2357	26.6916
10	7.6731	0.6759	-4.2168	4.059	-0.6902	6.8667	0.2122	-0.1084	0.1369	0.2264	-0.0074	0.0399	-0.1695	-0.0085	0.7045	0.3412	-0.0637	-0.0864	0.1518	0.0565	0.2281	18.659	5.2511	28.4879
11	5.3594	0.377	-2.2007	6.7252	0.9801	7.3766	-0.3032	-0.068	-0.9425	0.8725	-0.0924	-0.7023	0.3206	0.5733	0.1939	0.2965	-0.0508	-0.032	0.3829	0.3203	0.4345	16.7464	28.2826	4.1292
12	6.7486	1.8932	0.7558	2.0149	2.2464	5.5912	-0.5648	0.5135	1.3594	-0.6652	-0.0686	-0.2851	-1.3295	-0.3239	-0.2275	0.5504	-0.2909	-0.1914	0.4739	0.2878	1.0296	23.2778	30.003	13.2225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ( resid 1 through 16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ( resid 1 through 16 )	B	1 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and ( resid 1 through 16 )	C	1 - 16
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and ( resid 1 through 16 )	D	1 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and ( resid 1 through 16 )	E	1 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and ( resid 1 through 16 )	F	1 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and ( resid 1 through 16 )	G	1 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and ( resid 1 through 16 )	H	1 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and ( resid 1 through 16 )	I	1 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J' and ( resid 1 through 16 )	J	1 - 16
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K' and ( resid 1 through 16 )	K	1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and ( resid 1 through 16 )	L	1 - 16

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)