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万見
- PDB-4p4y: Hexamer formed by a macrocyclic peptide derived from beta-2-micro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p4y
タイトルHexamer formed by a macrocyclic peptide derived from beta-2-microglobulin (63-69) - (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
要素CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
キーワードDE NOVO PROTEIN / Hexamer / amyloid / beta-2-microglobulin / macrocycle
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.509 Å
データ登録者Spencer, R.K. / Li, H. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1112188 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Structures of Oligomers of Peptides Derived from beta 2-Microglobulin.
著者: Spencer, R.K. / Kreutzer, A.G. / Salveson, P.J. / Li, H. / Nowick, J.S.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_status ...pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_symm_contact
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
B: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
C: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
D: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
E: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
F: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
G: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,75314
ポリマ－14,3237
非ポリマー4307
水1,44180
1
A: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
B: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
C: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子

A: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
B: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
C: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,68214
ポリマ－12,2776
非ポリマー4058
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area6500 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area5850 Å2
手法PISA
2
D: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
E: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
F: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子

D: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
E: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
F: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,66110
ポリマ－12,2776
非ポリマー3844
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_566x-y+2/3,-y+4/3,-z+4/31
Buried area6200 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
3
G: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,49012
ポリマ－12,2776
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area5730 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.260, 66.260, 154.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-4-

LEU

21D-4-

LEU

31G-101-

CL

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVT(MAA)TVK


分子量: 2046.192 Da / 分子数: 7 / 変異: Y86PHI / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS buffer, pH 7.5; 0.2 M lithium sulfate; 26% PEG 400
PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月1日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.509→33.13 Å / Num. obs: 20672 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05704 / Net I/σ(I): 18.26
反射 シェル解像度: 1.509→1.563 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4093 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 95.68

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.509→33.13 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 1907 5.01 %
Rwork0.1573 --
obs0.1581 38062 95.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.509→33.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数952 0 19 80 1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5311446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.469507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.509-1.54710.24591360.25432480X-RAY DIFFRACTION93
1.5471-1.58890.2241450.21662708X-RAY DIFFRACTION100
1.5889-1.63560.23291400.20882685X-RAY DIFFRACTION99
1.6356-1.68840.19911420.1912683X-RAY DIFFRACTION99
1.6884-1.74880.17181420.17122644X-RAY DIFFRACTION98
1.7488-1.81880.15921350.15392607X-RAY DIFFRACTION97
1.8188-1.90160.1581380.15142609X-RAY DIFFRACTION96
1.9016-2.00180.1551390.14582616X-RAY DIFFRACTION96
2.0018-2.12720.16281360.15142549X-RAY DIFFRACTION94
2.1272-2.29140.18591310.15152540X-RAY DIFFRACTION94
2.2914-2.52190.18381320.14512527X-RAY DIFFRACTION94
2.5219-2.88670.16341380.15752545X-RAY DIFFRACTION94
2.8867-3.63620.1631290.14152470X-RAY DIFFRACTION92
3.6362-33.1380.18091240.1592492X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3629-4.3514.40795.3305-5.96397.32330.17930.2202-0.3363-0.4635-0.11210.26230.17890.3244-0.13030.1885-0.0362-0.00060.1649-0.00890.181116.376224.843368.4738
23.248-0.6587-0.10179.0933-0.06042.8240.04060.0129-0.0828-0.0325-0.06090.1794-0.0511-0.26910.05230.1671-0.0246-0.01530.20060.03030.20218.550524.904472.447
37.33031.4563-6.03993.0121-1.76055.0390.1535-0.08390.377-0.12640.11490.1228-0.37010.0907-0.26660.2304-0.0159-0.0460.19320.01750.185516.939336.308375.4892
45.6363-1.85824.65753.8927-3.11287.90870.1557-0.0404-0.3229-0.02980.13170.26140.3622-0.4409-0.35020.2443-0.04020.00560.15650.00080.162522.113934.387101.8267
57.73893.8212.83427.6112.44095.64980.02840.55090.125-0.58630.233-0.6934-0.39270.5289-0.20890.2269-0.01010.05050.18670.03760.163932.510937.933894.5649
66.39160.4767-4.19875.0696-0.06232.78960.2372-0.68340.370.53590.1114-1.1156-0.20580.4376-0.16010.2776-0.0138-0.07880.2419-0.04580.290136.102844.4071106.7579
77.1634.8883.20317.52045.10133.464-0.16110.20930.6525-0.3719-0.14560.3133-0.3804-0.03740.27270.16660.0042-0.0020.1670.03410.2163-1.83938.590674.2641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ( resid 1 through 16 )A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ( resid 1 through 16 )B1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and ( resid 1 through 16 )C1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and ( resid 1 through 16 )D1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and ( resid 1 through 16 )E1 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and ( resid 1 through 16 )F1 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and ( resid 1 through 16 )G1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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