PDB-4p4w: Dodecamer formed by a macrocyclic peptide derived from beta-2-mic...

要素

CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Dodecamer / amyloid / beta-2-microglobulin / macrocycle

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Spencer, R.K. / Kreutzer, A. / Nowick, J.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Structures of Oligomers of Peptides Derived from beta 2-Microglobulin.
著者: Spencer, R.K. / Kreutzer, A.G. / Salveson, P.J. / Li, H. / Nowick, J.S.

履歴

登録	2014年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_status ...pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p4w.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p4w.ent.gz	123.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p4w_validation.pdf.gz	531.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p4w_full_validation.pdf.gz	544.3 KB	表示
XML形式データ	4p4w_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	4p4w_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p4vC 4p4xC 4p4yC 4p4zC 4wc8C 4x0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gvs-2 5gvs-1 2g9n-1 4p4x-d 2dzu-1 1srf-d 5czw-d 2c8m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

B: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

C: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

D: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

E: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

F: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

G: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

H: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

I: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

J: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

K: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

L: CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK

ヘテロ分子

25.2 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.193, 58.193, 121.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-208- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	CYCLIC HEXADECAPEPTIDE (ORN)YLL(PHI)YTE(ORN)KVA(MVA)AVK 分子量: 2014.193 Da / 分子数: 12 / 変異: Y86PHI / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0; 1.5 M ammonium sulfate / PH範囲: 7.0-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→31.534 Å / Num. obs: 77828 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03501 / Net I/σ(I): 10.74
反射シェル	解像度: 1.498→1.552 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.1619 / Mean I/σ(I) obs: 4.63 / % possible all: 97.94

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.498→31.534 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	3812	5.18 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1763	73600	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→31.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1608	0	47	225	1880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.463	2363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.268	781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.498-1.5174	0.3266	133	0.2881	2382	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5174-1.5374	0.2699	134	0.2595	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5374-1.5584	0.2637	146	0.2341	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5584-1.5807	0.2978	150	0.2323	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5807-1.6043	0.2206	138	0.2225	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6043-1.6293	0.2865	140	0.2159	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6293-1.656	0.2275	142	0.203	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.656-1.6846	0.2516	144	0.2208	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6846-1.7152	0.2353	142	0.2034	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7152-1.7482	0.2385	135	0.2076	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7839	0.204	142	0.1947	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7839-1.8227	0.2252	148	0.1884	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8227-1.8651	0.2464	132	0.1908	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8651-1.9117	0.1904	136	0.174	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9117-1.9634	0.2175	145	0.1766	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9634-2.0212	0.2181	144	0.1724	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0212-2.0864	0.2171	136	0.1814	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0864-2.1609	0.1975	142	0.181	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1609-2.2474	0.1944	140	0.1738	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2474-2.3497	0.2023	146	0.1662	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3497-2.4735	0.1778	144	0.1684	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4735-2.6284	0.2003	142	0.1688	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6284-2.8313	0.1775	152	0.1608	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8313-3.1159	0.1962	144	0.1576	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1159-3.5663	0.1937	140	0.1582	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5663-4.4911	0.1748	142	0.1369	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4911-31.5413	0.2321	133	0.1752	2588	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7965	5.6566	-4.6513	7.6979	-3.9336	4.1334	0.0535	0.0696	0.1332	0.021	-0.0714	0.4039	-0.0875	-0.3057	0.0298	0.105	0.0437	-0.0044	0.1535	-0.0541	0.1591	-20.1415	34.392	-1.6097
2	6.7373	-2.8979	-5.2939	4.6728	1.858	6.756	-0.5292	0.1771	-0.3821	-0.1453	-0.0064	0.5356	0.4029	-0.1299	0.379	0.0825	-0.0399	-0.0041	0.1433	-0.0096	0.1902	-12.0146	24.6391	-4.0051
3	8.7611	-4.3015	2.3971	7.0211	-2.7159	6.0822	0.2858	0.1663	0.1252	-0.5766	-0.1343	0.2115	0.0136	-0.1585	-0.098	0.1221	-0.0021	0.0282	0.0968	-0.0014	0.1159	-11.2727	35.4844	-10.1373
4	6.2842	1.8418	-4.334	4.4719	-2.568	5.4815	0.0538	-0.2033	0.8436	0.0205	0.0972	0.0642	-0.1674	0.1467	-0.0881	0.0966	0.0186	-0.0093	0.1575	0.0188	0.1634	-21.8117	34.2826	-17.5907
5	4.976	-2.7279	-0.9369	6.9091	3.3396	3.6963	-0.2202	-0.2302	0.3398	0.3528	0.2329	-0.2043	0.0704	0.0572	-0.008	0.0855	0.0195	-0.0036	0.1717	0.0163	0.0998	-26.9921	26.6022	-9.3782
6	2.657	-1.6356	-0.5073	8.6195	-5.2155	5.6924	-0.0525	-0.0983	0.0829	0.2351	-0.5814	-0.7494	-0.0241	0.6195	0.4296	0.0686	-0.0023	0.0018	0.1847	0.0293	0.1732	-17.1935	22.2388	-16.2179
7	4.9436	-2.5159	1.22	7.6806	-1.296	8.6721	0.1331	0.8014	0.4657	-0.268	0.0672	-0.5122	-0.1913	0.0162	-0.0808	0.1317	0.0033	0.0109	0.2696	0.0402	0.1907	-7.2077	32.5117	-22.3581
8	2.0727	-1.8501	2.0888	5.9053	-0.803	4.5668	-0.3418	-0.2056	-0.1302	-0.1764	0.2451	0.059	0.1048	0.353	-0.076	0.0978	-0.0192	0.0341	0.2867	0.0252	0.135	-4.4209	23.1595	-17.3757
9	3.535	0.2566	1.8556	3.943	1.0312	8.1856	0.3317	-0.7617	-0.0878	0.7855	0.0326	0.2247	-0.0642	-0.4734	-0.2298	0.2566	0.004	0.0093	0.2638	0.0412	0.1342	-25.5407	20.6244	1.5898
10	5.8882	2.2323	1.1337	7.1478	1.7509	5.4915	-0.1482	-0.4034	-0.2707	-0.5704	0.1382	-0.0848	0.3927	-0.1364	-0.0594	0.1731	-0.043	0.0389	0.1414	0.0417	0.1478	-19.2606	13.4884	-3.6196
11	6.3973	-1.608	1.2521	3.0618	-2.0897	1.4494	0.0164	0.2862	0.5484	-0.2689	-0.224	0.4655	-0.5958	-0.5771	0.1388	0.1827	0.116	-0.0308	0.2924	-0.0623	0.3257	-30.43	41.9622	-5.0645
12	4.0263	2.0015	0.0796	3.965	3.3553	3.7183	0.0744	-0.0972	1.0363	-0.2946	0.1471	0.0443	-0.9065	0.0431	-0.0561	0.3057	0.0397	0.0128	0.229	-0.0553	0.4668	-23.0724	46.0987	-11.6543

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ( resid 1 through 16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ( resid 1 through 16 )	B	1 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and ( resid 1 through 16 )	C	1 - 16
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and ( resid 1 through 16 )	D	1 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and ( resid 1 through 16 )	E	1 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and ( resid 1 through 16 )	F	1 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and ( resid 1 through 16 )	G	1 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and ( resid 1 through 16 )	H	1 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and ( resid 1 through 16 )	I	1 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'J' and ( resid 1 through 16 )	J	1 - 16
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'K' and ( resid 1 through 16 )	K	1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and ( resid 1 through 16 )	L	1 - 16

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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