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- PDB-4p4l: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p4l
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydrogenase
要素Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
キーワードOXIDOREDUCTASE / AroE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / NADP binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase, AroM-type / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase, AroM-type / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKM / Probable shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase) / Shikimate 5-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Lalgondar, M. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Dehydrogenase
著者: Lalgondar, M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年3月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
B: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
C: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,87011
ポリマ－84,8673
非ポリマー1,0038
水1,838102
1
A: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6554
ポリマ－28,2891
非ポリマー3663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5593
ポリマ－28,2891
非ポリマー2702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6554
ポリマ－28,2891
非ポリマー3663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.703, 132.315, 38.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Shikimate 5-dehydrogenase AroE (5-dehydroshikimate reductase) / Shikimate 5-dehydrogenase


分子量: 28289.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aroE, MT2629, Rv2552c / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P95001, UniProt: I6Y120*PLUS, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.08 M sodium citrate pH 6.2, 1.54 M (NH4)2SO4, 2.7 % 1,6-hexanediol, 0.1 M guanidine HCl.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 44610 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 36.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.065 / Net I/av σ(I): 35.944 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 402870
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.038.90.83921760.78898.8
2.03-2.0790.73321860.8199.6
2.07-2.118.90.62822180.80599.5
2.11-2.1590.50821770.79799.5
2.15-2.290.41221740.82399.5
2.2-2.258.90.3622670.833100
2.25-2.319.10.30821600.84299.4
2.31-2.379.20.26422160.86399.5
2.37-2.449.10.22121910.8799.9
2.44-2.529.20.18122360.91799.9
2.52-2.619.20.15622120.95199.7
2.61-2.719.20.12722410.96599.9
2.71-2.849.30.11522131.06799.9
2.84-2.999.30.09422461.253100
2.99-3.179.30.07622591.40199.9
3.17-3.429.30.06422371.58199.9
3.42-3.7690.04922701.55799.7
3.76-4.318.60.03822541.50498.5
4.31-5.438.70.03122861.3397.9
5.43-508.60.02723911.26196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000200656

解像度: 2.009→46.312 Å / FOM work R set: 0.7987 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1918 4.48 %Random selection
Rwork0.2026 40891 --
obs0.2047 42809 94.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.89 Å2 / Biso mean: 47.91 Å2 / Biso min: 21.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.009→46.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5596 0 61 102 5759
Biso mean--44.39 39.77 -
残基数----784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1447888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9541955
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.009-2.0590.29161120.2432255236775
2.059-2.11470.28531300.24442717284790
2.1147-2.17690.32871320.2382752288491
2.1769-2.24720.27251330.22592851298493
2.2472-2.32750.26481350.2212862299795
2.3275-2.42070.29551310.21982928305995
2.4207-2.53080.29711440.21262946309097
2.5308-2.66430.30161390.21782990312997
2.6643-2.83120.25751410.22453019316098
2.8312-3.04970.28591360.21963064320099
3.0497-3.35650.25661470.21323065321299
3.3565-3.8420.23161440.1933128327299
3.842-4.83970.21541490.16753088323798
4.8397-46.32410.21781450.1963226337197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2994-0.81650.46436.10772.74996.95260.0028-0.14-0.1149-0.15990.2966-0.5842-0.5751.1525-0.23680.2168-0.0647-0.04990.4024-0.04260.303531.8868152.9148-0.9509
27.41040.220.12644.0060.62023.4024-0.00540.20740.2011-0.3356-0.07440.0478-0.5235-0.00460.09410.35750.0143-0.04690.1993-0.02730.177918.4941159.818-3.6506
35.20140.0395-1.16422.9813-1.02995.6124-0.09340.0337-0.0716-0.23270.19341.0092-0.1756-0.8557-0.03970.1835-0.012-0.03790.40690.0510.43576.2706145.77919.146
44.1814-0.0653.0644.644-0.43274.7132-0.1196-1.2389-0.39220.9022-0.00260.94310.489-1.35510.00230.3152-0.0274-0.02511.0020.04640.84111.1514143.017618.8244
54.6636-3.35580.37383.67920.63728.4187-0.1944-0.44290.0270.43580.23910.29570.122-0.0107-0.08840.219-0.04510.01880.2183-0.01240.309316.8349140.349718.8796
62.12091.0941-1.99432.18340.55417.8555-0.1312-0.0655-0.5528-0.0395-0.1552-0.01640.56790.50160.2210.30660.02830.01760.2987-0.03540.36225.7203142.9304-1.4372
74.0855-0.0642-1.70296.2813-1.51533.17730.1833-0.2605-0.5253-0.38060.40530.54341.609-1.4293-0.56160.7881-0.1854-0.10310.54230.15790.50814.0727107.8842-1.9827
86.11650.42211.55875.0446-1.19941.42060.42250.4771-0.315-0.2666-0.0998-0.06960.89830.4845-0.27170.78440.2103-0.01530.4359-0.01610.387828.9784106.1957-3.543
95.7492-2.28662.29124.49451.01053.65290.08620.0260.32250.20150.0548-0.61680.38191.4327-0.06720.34180.07370.06250.5931-0.01690.416235.5973120.92628.6963
103.72290.4883-0.30551.70470.46297.89140.2416-0.6697-0.6440.0690.3923-1.1281.22571.8965-0.28250.51640.24530.06590.9212-0.21451.259343.9062114.70839.9607
113.309-1.4701-0.44997.5207-1.04075.7114-0.0143-0.4351-0.21760.48240.0758-0.52570.12350.4178-0.03230.26180.0161-0.01140.28350.03240.324728.3663123.920219.0305
121.66291.3491.7764.3255-0.19962.70260.05710.02890.2887-0.4357-0.03660.0546-0.0799-0.87010.0540.37440.05690.00960.44020.08570.435718.066121.2859-1.7024
135.1807-0.3859-0.01985.53590.45223.40220.06970.1228-0.1063-0.30210.2527-0.0653-0.33950.1482-0.27250.3321-0.06660.01720.2928-0.00380.198268.0778157.1156-1.3658
142.7541-1.21770.91372.2242-1.30295.36250.0897-0.32990.11330.08210.19130.4661-0.0685-0.8391-0.25690.2729-0.05590.02290.41210.01450.455953.1327144.339416.1415
152.29881.4638-1.04123.6477-0.59628.58330.0722-0.0796-0.4929-0.2195-0.06680.05950.34530.52890.05620.31910.00740.00560.3157-0.03850.422869.0282142.95020.102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 44 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 104 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 163 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 164 through 184 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 235 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 236 through 268 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 64 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 65 through 104 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 150 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 151 through 172 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 173 through 235 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 236 through 268 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 5 through 104 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 105 through 235 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 236 through 268 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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