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- PDB-4p3s: Crystal structure of the bacterial A1408C-mutant ribosomal decodi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3s
タイトルCrystal structure of the bacterial A1408C-mutant ribosomal decoding site in complex with geneticin
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA/ANTIBIOTIC / ribosome / antibiotic-resistance / aminoglycoside / decoding / RNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性GENETICIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kondo, J. / Koganei, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXT23790054 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bacterial A1408C-mutant ribosomal decoding site in complex with geneticin
著者: Kondo, J. / Koganei, M.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3105
ポリマ－14,8212
非ポリマー1,4903
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area8150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.090, 88.830, 46.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-226-

HOH

21A-266-

HOH

31B-124-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*CP*CP*GP*(5BU)P*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7410.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-GET / GENETICIN / G418 / G-418


分子量: 496.552 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Cacodylate (pH7), Spermine tetrahydrochloride, MPD, Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.91938, 0.92004, 0.90659, 1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919381
20.920041
30.906591
411
反射解像度: 2.3→44.42 Å / Num. obs: 6694 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.72 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 45316 / Scaling rejects: 340
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
2.3-2.387.040.3474.446636591.1821100
2.38-2.486.880.3244.444926511.110100
2.48-2.596.990.2276.246466601.0531100
2.59-2.736.760.1927.444526491.1863100
2.73-2.96.920.12310.345586570.9614100
2.9-3.126.890.07615.646696740.8623100
3.12-3.446.770.04623.745246630.853799.7
3.44-3.936.510.04226.844386700.777799.6
3.93-4.956.450.03830.344386870.7110100
4.95-44.426.050.02349.244367240.745497.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SOLVE位相決定
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→100 Å / FOM work R set: 0.7962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 726 10.8 %
Rwork0.2194 5968 -
obs-6694 99.6 %
溶媒の処理Bsol: 65.1243 Å2
原子変位パラメータBiso max: 99.24 Å2 / Biso mean: 39.1932 Å2 / Biso min: 19.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.478 Å20 Å20 Å2
2--7.452 Å20 Å2
3----7.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 916 102 138 1156
Biso mean--45.54 46.94 -
残基数----43
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7172
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4422.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.380.4083670.3967589656100
2.38-2.480.5019840.4463566650100
2.48-2.590.4026660.3508597663100
2.59-2.730.3122670.3121580647100
2.73-2.90.3791600.3008600660100
2.9-3.120.3026860.2213583669100
3.12-3.440.2478700.209959866899.7
3.44-3.930.2233770.182159367099.6
3.93-4.960.2207750.1545612687100
4.96-1000.2057740.190465072497.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_free.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4bru.param
X-RAY DIFFRACTION5get_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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