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万見
- PDB-5zei: Crystal structure of the bacterial A1408me1A-mutant ribosomal dec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zei
タイトルCrystal structure of the bacterial A1408me1A-mutant ribosomal decoding site in complex with geneticin
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA / ribosome / aminoglycoside / antibiotic-resistance
機能・相同性GENETICIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kanazawa, H. / Baba, F. / Koganei, M. / Kondo, J.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)23790054 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26860025 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K08248 日本
Kurata Grant2013- 20 日本
Ichiro Kanehara Foundation15KI192 日本
Japan Science Society28-325 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K08248 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: A structural basis for the antibiotic resistance conferred by an N1-methylation of A1408 in 16S rRNA.
著者: Kanazawa, H. / Baba, F. / Koganei, M. / Kondo, J.
履歴
登録2018年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2018年3月21日ID: 4WCQ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8134
ポリマ－13,8202
非ポリマー9932
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.430, 89.780, 46.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-269-

HOH

21B-253-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')


分子量: 7063.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*GP*UP*CP*(1MA)P*CP*GP*UP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')


分子量: 6757.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GET / GENETICIN / G418


分子量: 496.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium cacodylate, Spermine, MPD, ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.9 Å / Num. obs: 8419 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.365

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TD1

3td1


解像度: 2.1→44.9 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 901 10.7 %
Rwork0.2007 --
obs0.2061 8418 96.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.69 Å2 / Biso mean: 39.21 Å2 / Biso min: 23.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 920 68 142 1130
Biso mean--32.63 42.94 -
残基数----43
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0211098
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6211706
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.672243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.953500
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0999-2.23150.33011380.26311247138598
2.2315-2.40380.3221570.25271211136896
2.4038-2.64560.33511340.26141235136997
2.6456-3.02840.3481380.27561240137895
3.0284-3.81510.2351590.18751250140997
3.8151-44.90020.18951750.15181334150997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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