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万見
- PDB-4p3m: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Psychro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3m
タイトルCrystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Psychromonas ingrahamii
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE / PSYCHROPHILIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dworkowski, F. / Angelaccio, S. / Pascarella, S. / Capitani, G.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Conformational transitions driven by pyridoxal-5'-phosphate uptake in the psychrophilic serine hydroxymethyltransferase from Psychromonas ingrahamii.
著者: Angelaccio, S. / Dworkowski, F. / Di Bello, A. / Milano, T. / Capitani, G. / Pascarella, S.
履歴
登録2014年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,83617
ポリマ－92,6052
非ポリマー1,23115
水9,872548
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.820, 64.860, 116.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase / Serine methylase


分子量: 46302.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
株: 37 / 遺伝子: glyA, Ping_1438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1SUU0, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, 150 mM SODIUM CHLORIDE, 100 mM SODIUM CACODYLATE pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.61 Å / Num. obs: 76583 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3gbx

3gbx


解像度: 1.85→47.609 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 1531 2 %
Rwork0.1694 --
obs0.1703 76575 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5811 0 70 548 6429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5148181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8752184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90970.3091390.28736809X-RAY DIFFRACTION100
1.9097-1.9780.30841370.25736744X-RAY DIFFRACTION100
1.978-2.05720.31961390.22966813X-RAY DIFFRACTION100
2.0572-2.15080.27581380.21076757X-RAY DIFFRACTION100
2.1508-2.26420.22731390.17566792X-RAY DIFFRACTION100
2.2642-2.40610.19851390.1626804X-RAY DIFFRACTION100
2.4061-2.59180.22031390.15276837X-RAY DIFFRACTION100
2.5918-2.85260.20341390.14856805X-RAY DIFFRACTION100
2.8526-3.26530.1891400.14596823X-RAY DIFFRACTION100
3.2653-4.11360.18971390.13276858X-RAY DIFFRACTION100
4.1136-47.62480.15891430.15817002X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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