PDB-4p2n: Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p2n

タイトル

Structure of the P domain from a GI.7 Norovirus variant in complex with LeX HBGA

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / P domain / Capsid protein / Norovirus / HBGA / LeY / Lewis HBGA / nonsecretor

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R. / Estes, M. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)		米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)		米国

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of determinants of histo-blood group antigen binding specificity in genogroup I noroviruses.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2014年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 2.0	2019年11月27日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p2n.cif.gz	463.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p2n.ent.gz	378.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4p12C 4p1vC 4p25C 4p26C 4p3iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p1v-1 4p3i-1 4p1v-2 4p3i-2 4p25-1 6n6q-3 4p26-1 4p12-1 4rdk-d 4rdj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.267, 63.031, 90.278
Angle α, β, γ (deg.)	99.02, 98.16, 119.51
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Major capsid protein

分子量: 32617.451 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 226-526 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GI.7/TCH-060/USA/2003 (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G8FL04

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis X antigen / beta anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis X antigen, beta anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Formate 0.1M Bis Tris Propane 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 122585 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 16.84

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.7→45.954 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	6140	5.02 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1561	122288	96.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8731	0	144	1187	10062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.238	12568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.87	3326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7162	0.2041	170	0.1888	3271	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7162-1.7364	0.2118	195	0.1853	3735	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7364-1.7575	0.2118	197	0.1856	3836	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7575-1.7798	0.2159	202	0.1798	3845	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7798-1.8032	0.1905	213	0.1753	3835	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8032-1.8279	0.1955	211	0.17	3825	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8279-1.854	0.2032	190	0.1668	3903	X-RAY DIFFRACTION	96
1.854-1.8817	0.1755	211	0.1576	3833	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8817-1.9111	0.1882	213	0.1542	3837	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9111-1.9424	0.1755	217	0.1564	3832	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9424-1.9759	0.1757	206	0.1556	3911	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9759-2.0118	0.1871	201	0.1599	3825	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0118-2.0505	0.216	194	0.1557	3890	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0505-2.0924	0.1844	201	0.1531	3897	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0924-2.1379	0.1802	205	0.1493	3869	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1379-2.1876	0.1546	221	0.1497	3897	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1876-2.2423	0.1661	233	0.1464	3867	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2423-2.303	0.1701	225	0.153	3929	X-RAY DIFFRACTION	98
2.303-2.3707	0.1711	195	0.1546	3863	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3707-2.4472	0.1908	199	0.1602	3923	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4472-2.5347	0.1981	229	0.1645	3906	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5347-2.6362	0.18	179	0.1646	3953	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6362-2.7561	0.1734	222	0.1701	3926	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7561-2.9014	0.1588	188	0.166	3939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9014-3.0832	0.1694	204	0.1582	3957	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0832-3.3212	0.1605	196	0.1443	3980	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3212-3.6553	0.1309	203	0.1422	3942	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6553-4.1839	0.164	198	0.1363	3994	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1839-5.27	0.1378	199	0.1305	3973	X-RAY DIFFRACTION	99
5.27-45.9704	0.1735	223	0.1779	3955	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4	0.0674	0.2337	0.8296	0.0822	0.6641	-0.0222	-0.0595	-0.0403	-0.0294	0.023	-0.0557	-0.0112	0.0072	0.0049	0.0582	0.0063	0.005	0.0498	-0.002	0.0506	17.0722	0.9675	11.6263
2	3.1986	0.6778	-0.4991	1.9902	-0.1005	3.0786	-0.0285	0.197	-0.2234	-0.1696	0.1061	0.367	0.241	-0.1422	0.0622	0.1063	-0.006	-0.0633	0.0892	-0.0069	0.1462	-4.6446	-2.5509	7.3108
3	1.6805	-0.3028	-0.4322	1.0842	0.3182	1.2651	-0.0023	0.0036	-0.0576	-0.0028	-0.0559	0.1508	-0.0205	-0.1871	0.0273	0.0461	-0.0097	-0.0139	0.0886	-0.0011	0.0726	-2.8341	-0.905	17.1465
4	1.4407	0.1314	-0.2085	0.691	0.3741	0.6617	-0.0274	-0.1827	-0.1987	0.0492	0.0248	-0.0696	0.1643	0.021	0.0366	0.09	0.0134	-0.0113	0.0835	0.03	0.0895	14.0312	-5.9	19.7025
5	2.3394	-0.0624	-0.2478	2.1032	0.1563	3.2747	0.0328	0.093	0.1035	-0.1171	-0.0507	-0.0406	-0.1771	0.1874	0.0392	0.0513	0.0017	-0.0018	0.0664	-0.0089	0.0885	20.5603	4.1964	8.9086
6	2.1136	-0.1203	0.0123	2.1064	0.1443	2.4383	0.0244	0.0282	-0.0426	0.0043	0.0549	-0.2616	0.0112	0.2459	-0.0174	0.077	0.0138	0.0369	0.0963	-0.0085	0.1199	33.9845	1.8757	10.7513
7	1.2929	-0.4552	0.0736	1.69	0.122	1.1824	-0.0044	-0.129	-0.0665	-0.1156	0.025	-0.2585	0.0641	0.2293	-0.0204	0.0598	0.0125	0.0189	0.1016	-0.0021	0.1137	35.8011	0.6709	12.1547
8	0.5717	-0.1686	0.2791	0.5978	-0.4676	1.4508	0.0032	-0.0389	0.0539	-0.016	-0.0004	-0.0113	-0.0129	-0.0291	-0.0006	0.0702	-0.0022	-0.001	0.0548	-0.0116	0.0679	11.783	21.6053	15.8569
9	1.1372	0.6264	-0.4602	2.2392	-0.5285	1.4802	0.0072	-0.0949	-0.0567	0.0986	-0.0365	-0.0608	0.0174	0.028	0.0528	0.0687	0.0014	-0.0083	0.0927	-0.0191	0.0502	8.0967	16.1052	26.7331
10	0.9823	0.3068	-0.0768	0.9072	-0.2853	1.4555	0.0209	-0.1371	0.1075	0.083	-0.0171	0.1241	-0.114	-0.1067	0.0036	0.0675	0.0139	0.0098	0.1089	-0.0212	0.0788	2.0051	20.3553	29.0718
11	0.7348	-0.3578	-0.1465	0.7601	-0.506	1.1836	0.0218	-0.032	0.0844	0.0167	-0.0181	-0.0281	-0.1326	-0.0513	0.0057	0.0965	0.001	-0.0092	0.0754	-0.0088	0.0623	8.8349	27.1861	11.2035
12	1.3512	0.0138	-0.4227	2.1719	-0.2801	1.775	0.0071	0.1022	-0.0163	-0.2456	-0.0916	0.0343	-0.0388	-0.1102	0.0721	0.1138	0.0161	0.0122	0.0766	0.0217	0.0553	12.5264	24.9359	-5.9403
13	2.3492	0.4419	-0.4264	1.8961	-1.1623	1.593	0.0769	0.1438	0.1461	-0.1715	-0.0479	0.0113	-0.0215	-0.0313	-0.0104	0.1608	0.0372	-0.0114	0.0771	0.0014	0.0408	11.1386	26.2668	-7.5996
14	0.7693	0.5098	0.3362	1.2135	0.5579	1.3284	0.0172	0.0543	0.0593	0.0002	0.0137	-0.028	-0.0409	0.0566	-0.0159	0.0692	-0.0137	0.0123	0.0808	0.0076	0.0818	13.471	-1.4288	-39.7287
15	1.1843	-0.2518	-0.0566	1.7265	-0.0123	0.8641	0.0239	0.1122	-0.0533	-0.1147	-0.0037	-0.0877	0.0584	0.0984	-0.018	0.0904	-0.0012	0.0044	0.1067	-0.0121	0.0774	18.8828	-13.1514	-46.1978
16	1.1323	0.3361	-0.1213	2.3051	0.4848	1.3812	-0.0351	0.221	0.1842	-0.2588	0.0639	0.0677	-0.2531	0.0658	0.0248	0.1207	-0.0439	0.009	0.129	0.0173	0.1363	20.2362	5.77	-43.4355
17	2.3975	0.1661	0.5557	1.9382	-0.0517	1.35	0.034	-0.2424	0.1688	0.1191	-0.0284	0.0991	-0.1025	-0.0289	-0.0002	0.1415	-0.0289	0.0065	0.096	-0.0292	0.1117	11.4493	4.574	-32.1138
18	1.0607	0.0501	-0.1058	1.3549	0.1468	1.2567	-0.0535	-0.0518	0.1784	0.0251	0.0014	0.0707	-0.1884	0.0312	0.07	0.1587	-0.0257	0.0173	0.0854	-0.0314	0.1965	16.1673	16.2042	-26.5161
19	3.921	-0.6781	0.2651	2.7559	-0.0029	0.6062	0.0456	0.0843	0.4167	0.0203	-0.0418	-0.0731	-0.1894	0.0299	0.0507	0.1758	-0.0512	0.0259	0.1281	-0.0403	0.172	18.2015	17.9216	-26.2051
20	1.1213	0.7636	0.4345	0.9324	0.0568	1.0375	0.0321	0.1132	0.1463	0.035	-0.1044	0.1021	-0.1438	-0.0266	0.0697	0.1221	-0.0187	0.0026	0.1045	0.0181	0.0999	0.7948	-5.6177	-27.9038
21	1.8066	-0.0237	-0.2354	0.621	0.0068	1.0279	-0.0045	-0.1796	0.0047	0.0896	0.0144	-0.0385	0.039	0.1982	0.0054	0.1246	-0.0072	-0.0121	0.1305	0.0061	0.0662	12.7797	-14.1192	-18.1457
22	1.8671	-0.0579	-0.8519	1.4202	-0.313	2.2069	0.0149	-0.1156	-0.035	0.0315	-0.0099	-0.0791	0.0246	0.2007	-0.0208	0.0969	0.0074	-0.0229	0.1329	0.0081	0.0897	20.516	-18.6564	-24.8676
23	0.6721	0.4145	-0.6954	0.7716	0.0195	1.8837	-0.0492	-0.3932	-0.2245	0.1451	0.0552	-0.2706	0.2223	0.4322	0.0135	0.1345	0.042	-0.0302	0.2309	0.0432	0.1548	24.4894	-24.1915	-19.9909
24	2.0504	-0.4393	-0.623	0.3531	0.0529	0.6601	-0.0636	-0.0437	-0.1721	0.0766	0.0177	0.0499	0.1308	0.0169	0.0566	0.134	-0.0191	-0.0016	0.0893	0.0162	0.1146	5.1689	-20.9873	-22.6647
25	3.5811	0.0573	-0.0522	1.6762	-0.0928	1.1766	0.016	-0.1679	0.3847	0.1721	-0.0129	0.0688	-0.2497	-0.0876	-0.0317	0.1618	0.0029	0.0243	0.0922	-0.0106	0.1319	-3.7257	-0.8486	-20.1343
26	2.8552	0.3161	-0.129	2.1727	0.4871	2.5124	0.0648	0.1265	0.0846	-0.0936	-0.0496	0.1792	0.0022	-0.2574	-0.0514	0.1073	-0.0017	0.023	0.0965	0.0152	0.1286	-12.4496	-8.6948	-24.7864
27	1.9014	0.3744	-1.0475	2.7563	0.6717	3.2796	0.0041	-0.0541	0.0533	0.2048	0.0344	0.2515	-0.0034	-0.2992	-0.0416	0.1001	0.015	-0.0109	0.1241	0.0233	0.1451	-13.6421	-7.4539	-23.1506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 231 through 297 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 298 through 319 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 320 through 377 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 378 through 441 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 442 through 458 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 459 through 500 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 501 through 525 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 232 through 317 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 318 through 348 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 349 through 397 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 398 through 458 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 459 through 500 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 501 through 525 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 232 through 317 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 318 through 397 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 398 through 441 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 442 through 458 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 459 through 500 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 501 through 525 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 230 through 252 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 253 through 317 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 318 through 354 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 355 through 377 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 378 through 448 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 449 through 473 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 474 through 500 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 501 through 526 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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