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- PDB-4p0k: Crystal Structure of Double Loop-Swapped Interleukin-36Ra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p0k
タイトルCrystal Structure of Double Loop-Swapped Interleukin-36Ra
要素Interleukin-36 receptor antagonist/Interleukin-36 gamma chimera protein
キーワードCYTOKINE / chimeric protein / Interleukin
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1 receptor antagonist activity / Interleukin-36 pathway / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / antifungal humoral response / interleukin-1 receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / cytokine activity ...interleukin-1 receptor antagonist activity / Interleukin-36 pathway / negative regulation of cytokine-mediated signaling pathway / antifungal humoral response / interleukin-1 receptor binding / negative regulation of interleukin-17 production / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / innate immune response / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-36 gamma / Interleukin-36 receptor antagonist protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Guenther, S. / Sundberg, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Asthma Foundation13-0066 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2014
タイトル: Molecular Determinants of Agonist and Antagonist Signaling through the IL-36 Receptor.
著者: Gunther, S. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月4日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / symmetry
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-36 receptor antagonist/Interleukin-36 gamma chimera protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9151
ポリマ－16,9151
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.115, 43.115, 119.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-36 receptor antagonist/Interleukin-36 gamma chimera protein


分子量: 16915.205 Da / 分子数: 1 / 変異: V2S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBH0, UniProt: Q9NZH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 25% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M NaAcetate, pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.34 Å / Num. obs: 14865 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 18.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 117020
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 5540 / Num. unique all: 782 / Rpim(I) all: 0.331 / Rejects: 0 / % possible all: 99.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1md6

1md6


解像度: 1.7→37.339 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 735 4.96 %Random selection
Rwork0.195 14083 --
obs0.1968 14818 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.48 Å2 / Biso mean: 25.8822 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 0 0 123 1247
Biso mean---30.76 -
残基数----144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0761554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.568423
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.83070.30111470.248927492896
1.8307-2.01490.22771450.206627672912
2.0149-2.30650.23291460.187427842930
2.3065-2.90570.22881440.209728132957
2.9057-37.34770.22371530.179529703123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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