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万見
- PDB-4p0f: Cleaved Serpin 42Da (C 2 2 21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p0f
タイトルCleaved Serpin 42Da (C 2 2 21)
要素Serine protease inhibitor 4, isoform B
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serpin 42Da / Serpin 4 / Serine protease inhibitor / neuroserpin / Drosophila
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide hormone processing / : / : / Glucocorticoid biosynthesis / Peptide ligand-binding receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Prednisone ADME / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo concentration in the ER / Post-translational protein phosphorylation ...negative regulation of peptide hormone processing / : / : / Glucocorticoid biosynthesis / Peptide ligand-binding receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Prednisone ADME / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo concentration in the ER / Post-translational protein phosphorylation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / COPII-mediated vesicle transport / Platelet degranulation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Neutrophil degranulation / negative regulation of protein processing / regulation of immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / :
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ellisdon, A.M. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: High resolution structure of cleaved Serpin 42 Da from Drosophila melanogaster.
著者: Ellisdon, A.M. / Zhang, Q. / Henstridge, M.A. / Johnson, T.K. / Warr, C.G. / Law, R.H. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Data collection
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease inhibitor 4, isoform B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3091
ポリマ－44,3091
非ポリマー00
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.740, 125.950, 119.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

21A-479-

HOH

31A-487-

HOH

41A-507-

HOH

51A-510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine protease inhibitor 4, isoform B / Serpin 4


分子量: 44309.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Spn42Da, sp4, Spn4, CG9453, Dmel_CG9453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7K8Y5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, 20 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→27.88 Å / Num. obs: 50081 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.672 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1593) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F02

3f02


解像度: 1.7→27.88 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 2542 5.08 %
Rwork0.1656 --
obs0.1667 50043 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 0 344 3271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0334035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5781100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039458
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73270.28031400.2582595X-RAY DIFFRACTION100
1.7327-1.76810.24891590.22562589X-RAY DIFFRACTION100
1.7681-1.80650.25291520.20862606X-RAY DIFFRACTION100
1.8065-1.84850.2271410.19482601X-RAY DIFFRACTION100
1.8485-1.89470.21851330.18522605X-RAY DIFFRACTION100
1.8947-1.94590.21231370.1742627X-RAY DIFFRACTION100
1.9459-2.00320.21591400.17382622X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.06780.19071320.16792634X-RAY DIFFRACTION100
2.0678-2.14170.20831360.15432623X-RAY DIFFRACTION100
2.1417-2.22740.15761470.15432624X-RAY DIFFRACTION100
2.2274-2.32870.17981490.15942612X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.45150.19371470.16042627X-RAY DIFFRACTION100
2.4515-2.60490.20481570.16952619X-RAY DIFFRACTION100
2.6049-2.80590.17481190.16482672X-RAY DIFFRACTION100
2.8059-3.08790.1751170.16642673X-RAY DIFFRACTION100
3.0879-3.5340.16621390.15532699X-RAY DIFFRACTION100
3.534-4.44960.15981320.13782696X-RAY DIFFRACTION100
4.4496-27.88210.18851650.17422777X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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