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- PDB-4ozu: Crystal Structure of WD40 domain from Toxoplasma gondii coronin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozu
タイトルCrystal Structure of WD40 domain from Toxoplasma gondii coronin
要素Coronin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WD40 repeat / Actin binding protein / Apicomplexan parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament organization / actin filament binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat ...Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Coronin
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kallio, J.P. / Kursula, I.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2014
タイトル: Structure of Toxoplasma gondii coronin, an actin-binding protein that relocalizes to the posterior pole of invasive parasites and contributes to invasion and egress.
著者: Salamun, J. / Kallio, J.P. / Daher, W. / Soldati-Favre, D. / Kursula, I.
履歴
登録2014年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42018年3月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_site / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coronin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6353
ポリマ－43,4541
非ポリマー1812
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.130, 82.510, 156.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Coronin


分子量: 43454.297 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 domain (UNP residues 2-392) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CRN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q5Y1E7
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PMME 2000, ammonium acetate, TRIS-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 43134 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 12.2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQ5

2aq5


解像度: 1.65→45.839 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 1999 4.63 %
Rwork0.1629 --
obs0.1647 43130 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3035 0 12 363 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9674331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.661171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69130.41491390.36042852X-RAY DIFFRACTION99
1.6913-1.7370.34831420.31652936X-RAY DIFFRACTION100
1.737-1.78810.31481420.262918X-RAY DIFFRACTION99
1.7881-1.84580.2741420.23472907X-RAY DIFFRACTION99
1.8458-1.91180.29811410.2212916X-RAY DIFFRACTION99
1.9118-1.98830.25891410.19622885X-RAY DIFFRACTION99
1.9883-2.07880.21971400.17382899X-RAY DIFFRACTION99
2.0788-2.18840.21221430.1662916X-RAY DIFFRACTION99
2.1884-2.32550.23421410.16192917X-RAY DIFFRACTION99
2.3255-2.50510.20721450.16152975X-RAY DIFFRACTION100
2.5051-2.75710.21321440.16652961X-RAY DIFFRACTION99
2.7571-3.1560.20341430.1592938X-RAY DIFFRACTION100
3.156-3.97590.14491450.13282992X-RAY DIFFRACTION99
3.9759-45.8570.16081510.12923119X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7840.12480.56472.98830.45861.16980.064-0.24890.31250.136-0.0670.2324-0.08640.0533-0.03730.2603-0.08090.06050.2619-0.03130.23940.6293-13.4169-15.6309
21.91710.87071.91461.70420.42282.7486-0.1269-0.06370.78680.03730.0440.5607-0.426-0.07650.07740.2554-0.01460.03030.20030.02480.5134-11.3959-7.1326-25.0799
31.69470.2420.13643.76350.67091.91350.00180.22960.5012-0.16660.02220.3877-0.2308-0.1315-0.04510.1759-0.0087-0.0220.22120.05930.3178-15.3085-18.1579-29.6545
43.4059-0.3710.86412.02340.01693.2472-0.02080.02540.0420.04590.03340.28860.0704-0.2085-0.01050.1809-0.04540.02210.1702-0.00670.2257-16.3574-33.804-21.3235
52.25860.5701-0.81282.2833-0.34972.64430.1063-0.23510.11610.4906-0.03410.1562-0.10690.0551-0.05070.2411-0.0060.02990.2083-0.02640.1505-4.6444-30.1865-8.0329
61.7037-0.1238-0.31313.586-0.1041.52190.1461-0.21320.2530.4357-0.04660.0979-0.21690.2145-0.10290.2375-0.08790.03140.2421-0.05340.21132.3939-15.8381-12.9386
76.67962.87853.53652.82911.84513.1558-0.17620.4450.2208-0.01990.2103-0.0518-0.05330.50740.0420.1824-0.02370.02560.3258-0.01290.15156.9345-26.5182-28.5846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3:36)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 37:79)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 80:142)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 143:209)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 210:288)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 289:348)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 349:392)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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