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万見
- PDB-4oyd: Crystal structure of a computationally designed inhibitor of an E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyd
タイトルCrystal structure of a computationally designed inhibitor of an Epstein-Barr viral Bcl-2 protein
要素
  • Apoptosis regulator BHRF1
  • Computationally designed Inhibitor
キーワードViral Protein/Inhibitor / Inhibitor / complex / apoptosis / Viral Protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell membrane / host cell mitochondrion / regulation of apoptotic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 ...Ribosome-recycling factor / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator BHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shen, B. / Procko, E. / Baker, D. / Stoddard, B.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: A computationally designed inhibitor of an epstein-barr viral bcl-2 protein induces apoptosis in infected cells.
著者: Procko, E. / Berguig, G.Y. / Shen, B.W. / Song, Y. / Frayo, S. / Convertine, A.J. / Margineantu, D. / Booth, G. / Correia, B.E. / Cheng, Y. / Schief, W.R. / Hockenbery, D.M. / Press, O.W. / ...著者: Procko, E. / Berguig, G.Y. / Shen, B.W. / Song, Y. / Frayo, S. / Convertine, A.J. / Margineantu, D. / Booth, G. / Correia, B.E. / Cheng, Y. / Schief, W.R. / Hockenbery, D.M. / Press, O.W. / Stoddard, B.L. / Stayton, P.S. / Baker, D.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BHRF1
B: Computationally designed Inhibitor
C: Apoptosis regulator BHRF1
D: Computationally designed Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0595
ポリマ－63,9974
非ポリマー621
水2,972165
1
A: Apoptosis regulator BHRF1
B: Computationally designed Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9992
ポリマ－31,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
2
C: Apoptosis regulator BHRF1
D: Computationally designed Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0613
ポリマ－31,9992
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.103, 113.869, 55.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERASPASPAA1 - 1561 - 156
21SERSERASPASPCC1 - 1561 - 156
12ALAALAGLYGLYBB1 - 1171 - 117
22ALAALAGLYGLYDD1 - 1171 - 117

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細gelfiltration

-
要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BHRF1 / Early antigen protein R / EA-R / Nuclear antigen


分子量: 18118.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
株: AG876 / 遺伝子: BHRF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C6Z1
#2: タンパク質 Computationally designed Inhibitor


分子量: 13880.071 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 % / 解説: physically twinned.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG8000, magnesium chloride, TrisHCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月9日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.8 Å / Num. obs: 46840 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.321 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17845 2487 5 %RANDOM
Rwork0.14502 ---
obs0.14676 46840 82.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.77 Å20 Å2-3.76 Å2
2--8.02 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4473 0 4 165 4642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.9686518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34310752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4265599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.26423.548248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.92415931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3351552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6361.5782318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6351.5782317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5022.3452928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5022.3462929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4411.9632497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4381.9632497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9132.8173586
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.60412.9635753
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.60412.9645754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82760.16
12C82760.16
21B73540.09
22D73540.09
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 46 -
Rwork0.207 876 -
obs--20.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3642-0.0065-0.19161.31620.07511.985-0.0216-0.044-0.1114-0.02550.0118-0.10090.12530.13630.00980.0090.00460.00410.0621-0.00790.014810.328323.713-35.5962
22.87871.23960.20983.01090.29571.84810.0496-0.07220.38520.1084-0.02450.073-0.2790.0799-0.0250.06760.02250.02310.08970.01150.0669-4.170537.6208-28.5331
32.50880.1246-0.01821.6504-0.01581.7705-0.0334-0.00040.0616-0.06350.02030.1151-0.0692-0.12990.01310.00660.0088-0.0050.02890.00310.0097-23.050828.8432-7.7564
42.41362.1685-0.7043.42-0.69750.94250.0311-0.0192-0.11720.1028-0.0199-0.07860.09120.0539-0.01120.02830.025-0.0060.0399-0.00150.0102-8.713815.2771-0.5725
50.15660.0096-0.14930.0587-0.04610.3740.0198-0.0187-0.01360.0033-0.00780.01530.0041-0.0097-0.01190.0841-0.00120.00830.11710.00760.0991-10.145423.7188-13.6685
612.609623.6357-3.3933120.592-62.485442.20390.033-0.1344-0.01370.9805-0.6132-0.8066-0.68650.30230.58030.0421-0.002-0.0310.087-0.00930.0775-31.3864-5.8978.4614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 236
6X-RAY DIFFRACTION5B201 - 223
7X-RAY DIFFRACTION5C201 - 250
8X-RAY DIFFRACTION5D301 - 344
9X-RAY DIFFRACTION6D201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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