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- PDB-4owi: peptide structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4owi
タイトルpeptide structure
要素p53LZ2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.202 Å
データ登録者Lee, J.-H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Protein grafting of p53TAD onto a leucine zipper scaffold generates a potent HDM dual inhibitor.
著者: Lee, J.H. / Kang, E. / Lee, J. / Kim, J. / Lee, K.H. / Han, J. / Kang, H.Y. / Ahn, S. / Oh, Y. / Shin, D. / Hur, K. / Chae, S.Y. / Song, P.H. / Kim, Y.I. / Park, J.C. / Lee, J.I.
履歴
登録2014年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p53LZ2
B: p53LZ2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8612
ポリマ－7,8612
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area5410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.480, 29.390, 32.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド p53LZ2


分子量: 3930.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.29 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30.165 Å / Num. obs: 17562 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 59.73

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.202→30.165 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1947 879 5.01 %
Rwork0.1616 --
obs0.1632 17557 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.185 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7806 Å20 Å20.115 Å2
2--2.8368 Å20 Å2
3----1.0561 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.202→30.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 0 0 126 674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.157736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.857218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2024-1.27780.20921410.16812679X-RAY DIFFRACTION95
1.2778-1.37640.18971490.15552827X-RAY DIFFRACTION100
1.3764-1.51490.19261500.15422835X-RAY DIFFRACTION100
1.5149-1.73410.21031490.15042830X-RAY DIFFRACTION100
1.7341-2.18470.16121510.15242866X-RAY DIFFRACTION100
2.1847-30.17420.21041390.17612641X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.88571.5611-3.9440.9609-0.14715.3027-0.03150.0851-0.07690.05070.0013-0.0548-0.05150.06970.01890.04970.0066-0.00650.03440.00360.033413.84712.0153-6.929
28.1369-1.7387-0.23075.0735-2.66697.32820.16210.0610.1116-0.0312-0.1370.0492-0.35010.2085-0.05110.0517-0.00690.00270.03810.00270.02496.12630.34981.7057
35.4676-2.76090.67275.0526-2.38173.72040.0720.06820.1987-0.0545-0.00610.002-0.03580.0383-0.06050.0297-0.01170.00110.02220.00930.04170.8706-1.64776.1812
45.7699-1.2393-3.2691.8688-1.4648.5225-0.0634-0.06960.0627-0.003-0.00110.0536-0.0874-0.03830.08220.0377-0.0098-0.00360.02970.00020.0575-4.851-2.609210.3078
54.85862.9032-3.29087.20430.14965.6097-0.32840.1397-0.1724-0.21160.0651-0.2520.2451-0.08170.1340.0287-0.00150.00190.0696-0.00980.0473-11.9809-3.151514.2215
64.5178-2.2425-1.18084.6554-0.22514.05390.02680.07250.046-0.05590.0290.0856-0.1392-0.0493-0.06530.0386-0.01020.00270.0333-0.01060.025710.7791-2.3266-15.3402
78.21480.8223-4.3870.91550.28915.6475-0.02030.4299-0.2204-0.00320.00250.01670.1022-0.2689-0.01740.04710.007-0.00330.0503-0.01420.0524.04020.3671-10.8373
88.0837-0.4608-3.41521.50430.59083.228-0.0814-0.0723-0.26390.05110.00580.02510.05410.00890.04450.05520.00750.00660.03570.00510.0409-1.45562.2659-4.1885
94.1439-2.2307-2.95357.7134-0.56793.59210.0771-0.0573-0.02670.0665-0.13660.0918-0.07090.05210.05140.06190.0058-0.00330.0287-0.00620.0227-6.50894.7092-0.2215
107.5778-1.8790.6935.3564-0.84557.80940.09280.0763-0.0753-0.6282-0.13250.25420.0351-0.3705-0.04420.1267-0.00770.0110.065-0.00010.025-10.70334.75615.225
113.41191.4266-3.91165.0770.49965.50250.1486-0.08110.2007-0.25130.03640.0272-0.45340.3811-0.10540.0723-0.01750.02160.1137-0.01490.0434-13.51075.443512.4777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:10)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:15)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 16:19)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 20:25)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 26:30)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:5)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 6:11)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 12:16)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 17:20)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 21:25)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 26:30)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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