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- PDB-3ue7: X-ray crystal structure of a novel topological analogue of crambin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ue7
タイトルX-ray crystal structure of a novel topological analogue of crambin
要素
  • Crambin
  • D-Crambin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / crambin topological analogue / quasi-racemic crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Crambin
類似検索 - 構成要素
生物種Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Bang, D. / Gates, Z.P. / Torbeev, V.Y. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Design, total chemical synthesis, and x-ray structure of a protein having a novel linear-loop polypeptide chain topology.
著者: Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Bang, D. / Gates, Z.P. / Torbeev, V.Y. / Kent, S.B.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Crambin
B: Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3932
ポリマ－9,3932
非ポリマー00
水1,62190
1
B: Crambin

A: D-Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3932
ポリマ－9,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area830 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5110 Å2
手法PISA
2
B: Crambin

A: D-Crambin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3932
ポリマ－9,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.447, 43.901, 28.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: Polypeptide(D) D-Crambin


分子量: 4710.394 Da / 分子数: 1 / 断片: D-crambin / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis
#2: タンパク質・ペプチド Crambin


分子量: 4682.380 Da / 分子数: 1 / 断片: L-crambin topological analogue / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis
由来: (合成) Crambe hispanica subsp. abyssinica (植物)
参照: UniProt: P01542
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 100 mM imidazole, 200 mM Zinc chloride, 7.5% Ethanol, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→50 Å / Num. all: 26080 / Num. obs: 26080 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.08→1.12 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2062 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CRN

1crn


解像度: 1.08→27.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 0.83 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17617 1297 5 %RANDOM
Rwork0.14396 ---
obs0.1456 24705 96.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20.02 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→27.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数647 0 0 90 737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9172.064929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.46590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.7232410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1271545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.134151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2240.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.691.5465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5062752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2883232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.144.5177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.683694
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.202390
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.543654
LS精密化 シェル解像度: 1.078→1.106 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 60 -
Rwork0.183 1375 -
obs--71.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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