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万見
- PDB-4ow3: Thermolysin structure determined by free-electron laser -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ow3
タイトルThermolysin structure determined by free-electron laser
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / thermolysin / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hattne, J. / Echols, N. / Tran, R. / Kern, J. / Gildea, R.J. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Laksmono, H. ...Hattne, J. / Echols, N. / Tran, R. / Kern, J. / Gildea, R.J. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Lassalle-Kaiser, B. / Lampe, A. / Han, G. / Gul, S. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Miahnahri, A. / White, W.E. / Schafer, D.W. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Sokaras, D. / Weng, T.-C. / Sellberg, J. / Latimer, M.J. / Glatzel, P. / Zwart, P.H. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Messinger, J. / Zouni, A. / Yano, J. / Bergmann, U. / Yachandra, V.K. / Adams, P.D. / Sauter, N.K.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095887 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102520 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM055302 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用
ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2014
タイトル: Accurate macromolecular structures using minimal measurements from X-ray free-electron lasers.
著者: Hattne, J. / Echols, N. / Tran, R. / Kern, J. / Gildea, R.J. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Lassalle-Kaiser, B. / Lampe, A. / ...著者: Hattne, J. / Echols, N. / Tran, R. / Kern, J. / Gildea, R.J. / Brewster, A.S. / Alonso-Mori, R. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Laksmono, H. / Sierra, R.G. / Lassalle-Kaiser, B. / Lampe, A. / Han, G. / Gul, S. / DiFiore, D. / Milathianaki, D. / Fry, A.R. / Miahnahri, A. / White, W.E. / Schafer, D.W. / Seibert, M.M. / Koglin, J.E. / Sokaras, D. / Weng, T.C. / Sellberg, J. / Latimer, M.J. / Glatzel, P. / Zwart, P.H. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Bogan, M.J. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Messinger, J. / Zouni, A. / Yano, J. / Bergmann, U. / Yachandra, V.K. / Adams, P.D. / Sauter, N.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: New Python-based methods for data processing.
著者: Sauter, N.K. / Hattne, J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Nanoflow electrospinning serial femtosecond crystallography.
著者: Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Kern, J. / Tran, R. / Hattne, J. / Alonso-Mori, R. / Lassalle-Kaiser, B. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Schafer, D.W. / Echols, N. / Gildea, R.J. / Grosse- ...著者: Sierra, R.G. / Laksmono, H. / Kern, J. / Tran, R. / Hattne, J. / Alonso-Mori, R. / Lassalle-Kaiser, B. / Glockner, C. / Hellmich, J. / Schafer, D.W. / Echols, N. / Gildea, R.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Sellberg, J. / McQueen, T.A. / Fry, A.R. / Messerschmidt, M.M. / Miahnahri, A. / Seibert, M.M. / Hampton, C.Y. / Starodub, D. / Loh, N.D. / Sokaras, D. / Weng, T.C. / Zwart, P.H. / Glatzel, P. / Milathianaki, D. / White, W.E. / Adams, P.D. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Zouni, A. / Messinger, J. / Sauter, N.K. / Bergmann, U. / Yano, J. / Yachandra, V.K. / Bogan, M.J.
履歴
登録2014年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年9月27日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5866
ポリマ－34,3601
非ポリマー2265
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.8933, 92.8933, 130.438
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 233-548 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13371

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 300 ul of the protein stock was mixed in a 1:1 ratio with 40% PEG 2000, 100 mM MES pH 6.5, 5 mM CaCl2. Crystallization occurred within minutes.

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.269, 1.297
検出器タイプ: CS-PAD detector / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2691
21.2971
反射解像度: 2.1→68.5 Å / Num. obs: 19861 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 209 % / Biso Wilson estimate: 14.3263474589 Å2 / Net I/σ(I): 50.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1549+SVN) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TLI

2tli


解像度: 2.1→68.4723333423 Å / SU ML: 0.283633880013 / σ(F): 1.44173097843 / 位相誤差: 24.4432098669
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263168484633 1042 5.24646291728 %
Rwork0.217242670815 18819 -
obs0.219654161884 19861 99.0326601845 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.2875323051 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→68.4723333423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 5 338 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002898529098192462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6824388498133354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025759577597358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00240657682604442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8953940052840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.21080.3593538396141490.3057509186352468X-RAY DIFFRACTION93.2976827094
2.2108-2.34930.3118595973991570.2567082247482612X-RAY DIFFRACTION99.8557518933
2.3493-2.53070.2893192112581360.2291445493852686X-RAY DIFFRACTION100
2.5307-2.78530.2864987584991690.224525977652653X-RAY DIFFRACTION100
2.7853-3.18840.2597330142161390.2119272416462721X-RAY DIFFRACTION100
3.1884-4.0170.2117767299841440.1815990696012749X-RAY DIFFRACTION100
4.017-68.50870.233078334011480.2017955432582930X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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