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- PDB-4ovy: Crystal structure of Haloacid dehalogenase domain protein hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ovy
タイトルCrystal structure of Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase from Planctomyces limnophilus DSM 3776
要素Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase
キーワードHYDROLASE / putative phosphatase / MCSG / PSI-biology / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / hydrolase activity / metal ion binding / CITRIC ACID / Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase
機能・相同性情報
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chang, C. / Gu, M. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase from Planctomyces limnophilus DSM 3776
著者: Chang, C. / Gu, M. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_site.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,53310
ポリマ－35,7361
非ポリマー7979
水4,252236
1
A: Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase
ヘテロ分子

A: Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,06620
ポリマ－71,4732
非ポリマー1,59318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.950, 75.502, 64.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-535-

HOH

21A-572-

HOH

31A-575-

HOH

41A-579-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase


分子量: 35736.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_1241 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: D5SUM3
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M Tris-Ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 33799 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.907 / Net I/av σ(I): 24.677 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 192032
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.835.10.94716570.83999.9
1.83-1.865.30.88216690.887100
1.86-1.95.50.76716610.893100
1.9-1.945.70.63416580.882100
1.94-1.985.80.54416840.905100
1.98-2.035.80.43516680.885100
2.03-2.085.80.34816650.906100
2.08-2.135.80.28916560.93100
2.13-2.25.80.24616600.946100
2.2-2.275.80.20416900.906100
2.27-2.355.80.17116760.895100
2.35-2.445.80.1416840.865100
2.44-2.555.80.11816770.855100
2.55-2.695.80.10117010.88100
2.69-2.865.80.07816900.907100
2.86-3.085.80.0616920.89799.9
3.08-3.395.70.04717140.918100
3.39-3.885.60.03517120.86299.9
3.88-4.885.70.03117530.81899.9
4.88-505.40.04518321.25599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.18 / SU ML: 0.059 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.102
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1746 1551 5 %RANDOM
Rwork0.1309 29183 --
obs0.1332 30734 90.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.73 Å2 / Biso mean: 27.062 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---1.72 Å2-0 Å2
3---1.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 51 236 2733
Biso mean--47.18 37.37 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0192596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1031.9813518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72335687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2435313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81922.869122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.38115407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1831525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.49735069
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.554586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.65355161
LS精密化 シェル解像度: 1.796→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 66 -
Rwork0.159 1219 -
all-1285 -
obs--51.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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