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- PDB-4our: Crystal structure of Arabidopsis thaliana phytochrome B photosens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4our
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana phytochrome B photosensory module
要素(Phytochrome B) x 2
キーワードGENE REGULATION / N-terminal extension / PAS domain / GAF domain / PHY domain / hairpin / photosensor / signal transduction / Phytochrome interacting factor / phytochromobilin / cytosol/nucleus / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / regulation of defense response / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system ...abscisic acid metabolic process / response to low fluence red light stimulus / red light photoreceptor activity / protein-phytochromobilin linkage / transpiration / regulation of defense response / far-red light photoreceptor activity / red light signaling pathway / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / red or far-red light photoreceptor activity / regulation of photoperiodism, flowering / stomatal complex development / gravitropism / phototropism / jasmonic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to far red light / photomorphogenesis / entrainment of circadian clock / detection of visible light / response to temperature stimulus / phosphorelay sensor kinase activity / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / promoter-specific chromatin binding / chromatin organization / sequence-specific DNA binding / nuclear speck / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Phytochrome A/B/C/D/E-like, histidine-kinase-related domain / Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6E / TRIETHYLENE GLYCOL / Phytochrome B
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sethe Burgie, E. / Bussell, A.N. / Walker, J.M. / Dubiel, K. / Vierstra, R.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the photosensing module from a red/far-red light-absorbing plant phytochrome.
著者: Burgie, E.S. / Bussell, A.N. / Walker, J.M. / Dubiel, K. / Vierstra, R.D.
履歴
登録2014年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 2.02021年10月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytochrome B
B: Phytochrome B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,83418
ポリマ－120,2692
非ポリマー2,56416
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.502, 127.502, 300.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phytochrome B


分子量: 60346.887 Da / 分子数: 1 / 断片: photosensory module, UNP residues 90-624 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g18790, HY3, MSF3.17, PHYB / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P14713
#2: タンパク質 Phytochrome B


分子量: 59922.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHYB, HY3, At2g18790, MSF3.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14713

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非ポリマー , 5種, 21分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-O6E / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THESE RESIDUES ARE PART OF THE MAIN PHYTOCHROME CHAIN. THEY WERE NAMED UNK, BECAUSE THE REGISTRY OF ...THESE RESIDUES ARE PART OF THE MAIN PHYTOCHROME CHAIN. THEY WERE NAMED UNK, BECAUSE THE REGISTRY OF THE SEQUENCE CANNOT BE CLEARLY DEFINED FOR THOSE RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.8 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: magnesium sulfate, polyethylene glycol 3340, glycerol, bistris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97896 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日 / 詳細: beryllium lens
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 35084 / Num. obs: 35082 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.4-3.591100
3.59-3.831100
3.83-4.151100
4.15-4.611100
4.61-5.41100
5.4-501100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VEA

2vea


解像度: 3.4→49.565 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 1750 5.01 %random
Rwork0.2425 ---
all0.2439 36731 --
obs0.2439 34960 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6910 0 163 5 7078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.579759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6212649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0211092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.50.36611410.33562673X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.61290.34941440.32472737X-RAY DIFFRACTION100
3.6129-3.7420.36221420.29032706X-RAY DIFFRACTION100
3.742-3.89180.28631440.2812722X-RAY DIFFRACTION100
3.8918-4.06880.29221440.26062726X-RAY DIFFRACTION100
4.0688-4.28320.2461430.23262735X-RAY DIFFRACTION100
4.2832-4.55140.24451450.21612764X-RAY DIFFRACTION100
4.5514-4.90250.21971450.19522750X-RAY DIFFRACTION100
4.9025-5.39540.23941460.21922766X-RAY DIFFRACTION100
5.3954-6.17480.30571480.24972804X-RAY DIFFRACTION100
6.1748-7.77480.27111490.24042832X-RAY DIFFRACTION100
7.7748-49.57030.24191590.22082995X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2893-0.63012.44225.39240.06845.5669-0.0659-0.6908-0.01340.42010.1502-0.4916-0.02750.4201-0.11310.76340.02870.05320.6951-0.06580.591938.036645.0951321.7675
22.389-0.59220.84332.90820.87883.6495-0.0763-0.19650.3151-0.1563-0.06520.0682-0.6277-0.39580.09410.85340.1422-0.00080.7388-0.05620.60921.463.0843313.878
35.2753-3.1977-2.06461.78661.06861.51961.13311.09470.3305-0.323-0.97380.7502-0.2118-1.9718-0.24731.73060.3116-0.13122.064-0.03471.3016-12.770873.1546300.2426
47.8299-0.1464-1.2395.2689-0.3198.06510.24650.0484-0.7654-0.4075-0.46480.527-0.183-0.48190.14120.91740.1692-0.1160.7895-0.1450.616513.744554.2206296.2786
50.38710.63470.05035.3201-0.61260.1151-0.321-0.9376-0.49090.0409-0.52552.4695-1.1662-3.07830.85171.60340.5806-0.22514.1016-0.56112.1942-14.879969.113310.1654
68.3009-4.0521-4.97232.50722.47553.04390.2440.74510.36930.04760.18050.2126-0.14160.0225-0.37420.9661-0.04740.01280.7902-0.12050.571725.607184.5213352.9667
75.26151.265-0.3856.40110.54465.14590.02380.10230.14580.20930.084-0.64010.19410.5267-0.16640.73190.12040.03590.9901-0.18210.788545.52375.5813343.2387
83.47250.1705-0.91681.26340.64822.56860.21650.28040.0865-0.0637-0.25910.23110.0435-0.59450.01550.86190.0281-0.01510.8641-0.11850.653114.45970.7792345.0718
92.2282-1.70570.68711.1888-0.27474.3919-0.25290.1697-0.1534-0.53380.24760.435-1.2093-1.6545-0.0151.30910.07350.01011.5496-0.21181.049-10.702280.8254354.3475
104.09860.76891.07772.3995-0.25975.093-0.20640.03120.6458-0.1967-0.02060.7296-0.7063-1.73160.23881.24940.19120.05871.5434-0.21180.81430.059577.8793354.7957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 101 through 223 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 224 through 448 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 449 through 569 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 570 through 590 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 591 through 617 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 117 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 118 through 223 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 224 through 508 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 509 through 574 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 575 through 610 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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