PDB-2fm1: Crystal structure of L-ALLO-threonine aldolase (tm1744) from Ther...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fm1

タイトル

Crystal structure of L-ALLO-threonine aldolase (tm1744) from Thermotoga maritima at 2.25 A resolution

要素

L-allo-threonine aldolase

キーワード

LYASE / tm1744 / L-ALLO-threonine aldolase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine biosynthetic process / L-allo-threonine aldolase activity / L-threonine catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of L-ALLO-threonine aldolase (tm1744) from Thermotoga maritima at 2.25 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fm1.cif.gz	296.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fm1.ent.gz	235.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fm1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/2fm1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jg8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lnj-1 1m6s-d 4lnl-1 3wgc-d 1lw4-d 4lnm-1 1jg8-d 1lw5-d 4rjy-d 2a5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283599

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-allo-threonine aldolase

B: L-allo-threonine aldolase

C: L-allo-threonine aldolase

D: L-allo-threonine aldolase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.614, 100.405, 149.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 343 / Label seq-ID: 13 - 355

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	B
2	A	A
3	C	C
4	D	D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-allo-threonine aldolase 分子量: 39316.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm1744 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 4982322, UniProt: Q9X266*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1073分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 0.19M CaCl2, 5.0% Glycerol, 26.6% PEG-400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM

検出器

タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月22日
詳細: sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: Water cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.25→150 Å / Num. obs: 67017 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.011

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²	Diffraction-ID
2.25-2.3	71.4	2.6	0.554	3239	1.148	1
2.3-2.36	90.2	4.2	0.537	4090	1.171	1
2.36-2.42	95.3	5	0.493	4334	1.14	1
2.42-2.5	98.5	5.8	0.473	4478	1.081	1
2.5-2.58	99.3	6	0.392	4567	1.09	1
2.58-2.67	99.8	6.2	0.345	4528	1.055	1
2.67-2.77	99.9	6.4	0.293	4578	0.998	1
2.77-2.9	99.9	6.6	0.218	4549	0.948	1
2.9-3.05	100	6.7	0.177	4590	0.931	1
3.05-3.25	100	7	0.135	4580	0.976	1
3.25-3.5	100	7.1	0.093	4593	0.908	1
3.5-3.85	100	7.2	0.073	4669	0.906	1
3.85-4.4	100	7.7	0.061	4620	0.954	1
4.4-5.55	99.9	13.5	0.088	4709	1.071	1
5.55-150	99.8	14.9	0.064	4893	1.009	1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1jg8

1jg8

解像度: 2.25→83.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.076 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. LYSINE 199 FORMS A SCHIFF BASE WITH PYRIDOXAL-5P-PHOSPHATE. 3. NA, CA, CL, AND GLYCEROL MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND GEOMETRY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	3400	5.1 %	RANDOM
R_work	0.142	-	-	-
all	0.146	-	-	-
obs	0.146	63488	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→83.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10508	0	19	1059	11586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.966	14476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	3	23053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.404	5	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.43	23.945	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.516	15	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.767	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	10482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	5191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.148	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.211	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.085	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.539	3	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.642	3	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.53	5	10979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.676	8	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.976	11	3494

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5004 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	A	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
1	B	MEDIUM POSITIONAL	0.68	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.46	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
2	A	MEDIUM THERMAL	0.98	2
1	B	MEDIUM THERMAL	0.96	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.96	2
4	D	MEDIUM THERMAL	1.02	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	197	-
R_work	0.189	3475	-
obs	-	-	72.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6197	0.2212	-0.0116	0.2937	0.0605	0.3926	-0.0043	0.042	0.0193	0.0103	0.0376	0.0113	-0.0035	0.0014	-0.0333	-0.0353	0.0277	0.017	0.0382	0.0156	-0.0349	35.303	58.632	23.664
2	0.4906	0.2145	-0.5593	1.8454	-1.5163	2.0562	0.0123	0.1046	0.0907	-0.0353	0.0563	0.0134	0.0471	-0.1275	-0.0685	-0.0883	0.0174	0.029	0.0463	0.012	-0.0438	16.787	49.319	36.8
3	0.285	-0.0709	-0.1452	0.2565	-0.0801	0.2948	-0.0224	-0.0146	-0.0109	0.0211	0.0343	-0.0019	-0.0004	0.0077	-0.0119	-0.0395	0.011	0.0079	0.0329	0.0108	-0.0321	73.369	63.529	31.013
4	0.7909	-0.4383	-0.5262	1.1143	0.5821	2.133	0.0364	-0.0165	0.1059	-0.0197	0.0977	-0.1392	-0.1077	0.0736	-0.1342	-0.0681	0.0002	0.0059	0.044	0.01	-0.0307	93.175	57.551	21.273
5	0.723	0.0314	-0.114	0.3045	0.009	0.5958	-0.0126	0.0239	-0.002	0.0031	0.0225	-0.0043	0.037	0.0039	-0.0099	-0.0309	0.0215	0.0083	0.0309	0.0261	-0.0395	65.768	53.809	40.752
6	0.9882	-0.4973	-1.2632	1.3636	0.7786	1.7028	0.0437	-0.0979	-0.0329	0.0425	-0.0499	-0.0241	0.0728	0.0507	0.0062	-0.0175	0.0145	-0.0007	0.0319	0.0415	-0.061	65.44	59.126	61.37
7	0.2613	-0.0212	-0.0048	0.2595	-0.0259	0.6833	-0.0008	-0.0229	-0.0194	0.0041	0.0188	0.0046	-0.016	-0.0235	-0.018	-0.0443	0.0065	0.0099	0.0362	0.0087	-0.0265	40.719	51.524	13.674
8	1.2619	-0.7377	-0.6973	2.0551	0.1989	1.0009	-0.0457	0.0992	-0.0911	-0.0239	-0.0351	0.0618	0.0645	-0.0585	0.0808	-0.0711	0.0077	0.0077	0.0451	-0.0104	-0.0673	38.955	58.426	-11.041

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 245	13 - 257
2	2	A	A	246 - 343	258 - 355
3	3	B	B	1 - 245	13 - 257
4	4	B	B	246 - 343	258 - 355
5	5	C	C	1 - 245	13 - 257
6	6	C	C	246 - 343	258 - 355
7	7	D	D	-1 - 251	11 - 263
8	8	D	D	252 - 343	264 - 355

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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