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万見
- PDB-5x2g: Crystal structure of Campylobacter jejuni Cas9 in complex with sg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2g
タイトルCrystal structure of Campylobacter jejuni Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (AGAAACC PAM)
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas9
  • Non-target DNA strand
  • Target DNA strand
  • sgRNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / RNA / DNA / Complex / Nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CRISPR-associated endonuclease CjCas9 wedge domain / CRISPR-associated endonuclease CjCas9 PI-CTD domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. ...: / : / CRISPR-associated endonuclease CjCas9 wedge domain / CRISPR-associated endonuclease CjCas9 PI-CTD domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yamada, M. / Watanabe, Y. / Hirano, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JST 日本
AMED 日本
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Minimal Cas9 from Campylobacter jejuni Reveals the Molecular Diversity in the CRISPR-Cas9 Systems
著者: Yamada, M. / Watanabe, Y. / Gootenberg, J.S. / Hirano, H. / Ran, F.A. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9
B: sgRNA
C: Target DNA strand
D: Non-target DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8235
ポリマ－137,7614
非ポリマー621
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18150 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area48850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.345, 105.094, 136.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 Target DNA strand


分子量: 8492.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Non-target DNA strand


分子量: 2444.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 96800.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-480, 642-984 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CjCas9-dHNH
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: cas9, Cj1523c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P897
#2: RNA鎖 sgRNA


分子量: 30023.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

-
非ポリマー , 2種, 320分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12.0-14.5% PEG 2000, 0.4M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→136.52 Å / Num. obs: 59407 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェルCC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.529

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→52.547 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2833 4.78 %
Rwork0.1895 --
obs0.191 59303 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→52.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5929 2715 4 319 8967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49812834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8845123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44140.3481340.30662797X-RAY DIFFRACTION100
2.4414-2.48580.32311480.27472788X-RAY DIFFRACTION100
2.4858-2.53360.27711410.27172763X-RAY DIFFRACTION100
2.5336-2.58530.30761400.26092783X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.64160.30531510.24592785X-RAY DIFFRACTION100
2.6416-2.7030.28971180.24742815X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.77060.30861520.24032796X-RAY DIFFRACTION100
2.7706-2.84550.28761290.24582801X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-2.92920.31611450.24892791X-RAY DIFFRACTION100
2.9292-3.02380.30021560.22572805X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.13180.25551390.21152801X-RAY DIFFRACTION100
3.1318-3.25720.20581360.19822819X-RAY DIFFRACTION100
3.2572-3.40540.20491430.1892795X-RAY DIFFRACTION100
3.4054-3.58490.23771550.1932823X-RAY DIFFRACTION100
3.5849-3.80950.21671270.17472827X-RAY DIFFRACTION100
3.8095-4.10350.16111630.15862825X-RAY DIFFRACTION100
4.1035-4.51620.17181470.14072845X-RAY DIFFRACTION100
4.5162-5.16930.19091420.1372859X-RAY DIFFRACTION100
5.1693-6.51080.19391000.16922960X-RAY DIFFRACTION100
6.5108-52.55960.17211670.16372992X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84350.4973-0.07331.85830.26511.98930.1439-0.0447-0.22960.34950.0240.1530.48140.0236-0.14150.29580.0731-0.03060.31730.00510.28696.0573-16.532765.302
20.8727-0.4659-0.68071.68610.89881.2929-0.0196-0.23990.00320.43250.10820.4930.1404-0.0809-0.10750.49390.07060.05420.47370.0160.4915-7.56394.753282.151
31.7886-0.09870.1782.2705-0.23572.25750.00760.16930.2257-0.13150.1329-0.1212-0.24540.1846-0.12160.2467-0.05260.03320.31050.01160.239915.901913.674243.4627
40.7916-0.3781-0.21332.46451.26151.9431-0.04120.1341-0.11190.1989-0.04320.39050.2551-0.09610.08750.28310.0903-0.00490.29850.00820.3551-0.8567-8.753967.2151
50.90230.3996-0.14660.2486-0.30411.56360.0678-0.0566-0.16650.20230.0574-0.16160.1910.5104-0.19330.30280.1508-0.10790.4511-0.03920.302218.0931-10.094861.9978
61.6307-0.30390.262.9392-0.60991.22480.2314-0.4638-0.15510.40150.03230.037-0.08490.5543-0.12990.53720.0876-0.14820.6769-0.03950.273320.9999-1.745181.9603
73.78580.3002-2.29865.1337-2.33115.47580.1563-0.15710.734-0.5750.67541.03450.4251-0.5689-0.78120.2999-0.0625-0.01130.56970.11710.3488.91917.252829.9125
80.5610.342-0.77573.5886-3.59524.4365-0.30210.2376-0.2931-0.32180.24190.40280.22040.00220.04260.3548-0.0549-0.01090.31910.05540.33894.8517-6.064846.7432
90.1178-0.06-0.36660.11370.32840.9879-0.11880.23320.13860.131-0.16450.73840.06-0.33550.29390.34990.11770.06650.4574-0.06310.6549-11.4230.517474.8123
100.018-0.2476-0.01913.5530.51151.097-0.2702-0.0606-0.39350.1612-0.19330.53510.1086-0.23840.14750.41270.22750.11150.478-0.03131.3289-23.964619.273589.5516
113.3698-0.084-0.60033.722-0.24416.6726-0.00030.3644-0.0171-0.41480.26340.46620.755-0.4373-0.190.3136-0.06170.03080.38210.0520.262510.49361.889537.032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 179 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 180 through 715 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 716 through 984 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 31 through 80 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 81 through 93 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -7 through -3 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -2 through 2 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 18 through 20 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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