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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4otx | |||||||||
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タイトル | Structure of the anti-Francisella tularensis O-antigen antibody N203 Fab fragment | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / lipopolysaccharide / internal epitope | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / AZIDE ION![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.-Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Roche, M.I. / Seaton, B.A. / Sharon, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional and Structural Characterization of Francisella tularensis O-Antigen Antibodies at the Low End of Antigen Reactivity. 著者: Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Roche, M.I. / Seaton, B.A. / Sharon, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24223.732 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 22886.566 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-AZI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: Crystals were grown by streak seeding into an overnight equilibrated drop containing 0.5 ul of Fab (38mg/ml) and 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M sodium citrate (pH 4.0), 1 M lithium ...詳細: Crystals were grown by streak seeding into an overnight equilibrated drop containing 0.5 ul of Fab (38mg/ml) and 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M sodium citrate (pH 4.0), 1 M lithium chloride, 13-16% PEG 6000], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 58890 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 27.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.455 / Net I/σ(I): 14.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: the light chain of PDB code 1MCP and the heavy (H) chain of PDB code 3CLE 解像度: 2.1→14.857 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.74 Å2 / Biso mean: 28.0236 Å2 / Biso min: 7.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.857 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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