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- PDB-4otj: The complex of murine cyclooxygenase-2 with a conjugate of indome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4otj
タイトルThe complex of murine cyclooxygenase-2 with a conjugate of indomefathin and podophyllotoxin, N-{(succinylpodophyllotoxinyl)but-4-yl}-2-{1-(4-chlorobenzoyl)-5-methoxy-2-methyl-1H-indol-3-yl}acetamide
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / OXIDOREDUCTASE / NSAIDs / GLYCOSYLATION / Membrane / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IXP / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xu, S. / Uddin, M.J. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Antitumor Activity of Cytotoxic Cyclooxygenase-2 Inhibitors.
著者: Uddin, M.J. / Crews, B.C. / Xu, S. / Ghebreselasie, K. / Daniel, C.K. / Kingsley, P.J. / Banerjee, S. / Marnett, L.J.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,54626
ポリマ－269,3314
非ポリマー10,21622
水27,5811531
1
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,77313
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,10811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area41990 Å2
手法PISA
2
C: Prostaglandin G/H synthase 2
D: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,77313
ポリマ－134,6652
非ポリマー5,10811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10480 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area41890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.712, 133.943, 122.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2 / PHS II / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / TIS10 protein


分子量: 67332.711 Da / 分子数: 4 / 断片: PROSTAGLANDIN G/H SYNTHASE 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 14分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1539分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-IXP / (5S,5aS,8aS,9S)-8-oxo-9-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5,5a,6,8,8a,9-hexahydrofuro[3',4':6,7]naphtho[2,3-d][1,3]dioxol-5-yl 4-{[4-({[1-(4-chlorobenzoyl)-5-methoxy-2-methyl-1H-indol-3-yl]acetyl}amino)butyl]amino}-4-oxobutanoate


分子量: 924.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H50ClN3O13
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM ...詳細: mCOX-2 protein reconstituted with a 2-fold molar excess of heme in phosphtate buffer, pH 6.7, 100 mM NaCl, 1.2% (w/v) -OG, and 0.1% NaN3, and 10-fold molar excess of inhibitors from 25 mM DMSO stocks were added to protein samples. Mixing 3 uL of the protein-inhibitor complex with 3 uL crystallization solution containing 50 mM EPPS, pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550 against reservoir solutions comprised of 50 mM EPPS pH 8.0, 120 mM MgCl2, 22-26% PEG MME-550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50.11 Å / Num. obs: 170000 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NT1

3nt1


解像度: 2.11→50.11 Å / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 5131 3.02 %
Rwork0.177 --
obs0.177 169740 99.5 %
all-170113 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→50.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17878 0 700 1531 20109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36326119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6447093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1093-2.13330.28671510.2315396X-RAY DIFFRACTION98
2.1333-2.15840.2711680.22815412X-RAY DIFFRACTION99
2.1584-2.18470.26761790.22025446X-RAY DIFFRACTION100
2.1847-2.21230.26191630.21325391X-RAY DIFFRACTION100
2.2123-2.24140.2411640.22115474X-RAY DIFFRACTION100
2.2414-2.27210.24591620.20935467X-RAY DIFFRACTION99
2.2721-2.30460.23021740.19965426X-RAY DIFFRACTION100
2.3046-2.3390.26911550.20215446X-RAY DIFFRACTION100
2.339-2.37560.23971420.1915485X-RAY DIFFRACTION100
2.3756-2.41450.23151740.18655461X-RAY DIFFRACTION100
2.4145-2.45610.21421770.18735430X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.50080.22691790.18695475X-RAY DIFFRACTION100
2.5008-2.54890.19911730.18275431X-RAY DIFFRACTION99
2.5489-2.60090.22531600.18845477X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.65750.20981730.18255483X-RAY DIFFRACTION100
2.6575-2.71930.22261760.17795457X-RAY DIFFRACTION100
2.7193-2.78730.20471770.18035506X-RAY DIFFRACTION100
2.7873-2.86260.21321540.18285437X-RAY DIFFRACTION100
2.8626-2.94690.22131890.18245495X-RAY DIFFRACTION100
2.9469-3.0420.22661710.1875487X-RAY DIFFRACTION100
3.042-3.15070.21681730.19015486X-RAY DIFFRACTION100
3.1507-3.27680.20171690.18055524X-RAY DIFFRACTION100
3.2768-3.42590.20361940.18585456X-RAY DIFFRACTION99
3.4259-3.60650.18741740.16875496X-RAY DIFFRACTION100
3.6065-3.83230.18581840.1585536X-RAY DIFFRACTION100
3.8323-4.12810.1541830.15055519X-RAY DIFFRACTION100
4.1281-4.54330.14561710.1415572X-RAY DIFFRACTION100
4.5433-5.20010.14981810.14325502X-RAY DIFFRACTION99
5.2001-6.54930.21121700.17955646X-RAY DIFFRACTION100
6.5493-50.12240.17151710.18015790X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2635-0.3842-0.21480.68150.110.0414-0.2266-0.0156-0.69270.36850.02490.36760.2288-0.13060.07330.5054-0.04290.17450.2874-0.03210.690137.18592.5372125.0995
21.02860.1722-0.14980.4403-0.18730.6301-0.1068-0.3468-0.52160.118-0.0333-0.14130.3596-0.1690.04910.55510.01910.07860.44860.15420.52735.207716.6504149.5376
31.52740.309-0.1221.2136-0.360.3457-0.00450.2423-0.2830.0008-0.20970.17790.1693-0.04680.16160.23470.00010.02210.1922-0.07270.256144.595319.5296117.2127
41.4238-0.2707-0.30050.7330.48231.0928-0.05020.006-0.08430.0342-0.04680.1269-0.0135-0.140.08510.22750.00660.01630.2115-0.00890.195333.042334.3258132.117
51.2271-0.2719-0.46110.08180.24491.1041-0.2597-0.7028-0.02560.27650.2281-0.13130.39780.41730.15950.45170.1667-0.0330.8140.0060.275769.697426.5811151.1889
60.7640.1570.24110.5529-0.31530.51540.0397-0.3311-0.33060.16810.0896-0.0770.38940.1993-0.16260.60820.21470.07580.57450.20540.545771.48282.6977136.1286
71.011-0.43-0.0880.454-0.090.35420.0008-0.4180.26140.09770.1067-0.1047-0.07230.2823-0.06420.26140.0035-0.00520.4367-0.10360.290371.859837.4824134.9792
81.2844-0.1176-0.19480.54860.33751.0053-0.0418-0.0107-0.09860.00060.0767-0.10920.06220.2976-0.0270.22890.04260.00430.2935-0.02160.230873.578420.962116.1317
91.28020.21120.18120.36760.10520.4730.0891-0.2856-0.12550.33910.0726-0.26370.17380.5148-0.1050.29720.0812-0.05820.5905-0.06890.313383.604624.7275134.9912
100.9283-0.08680.10530.59460.190.9762-0.0451-0.152-0.16150.18490.0502-0.00060.20390.2338-0.01890.32110.05960.04680.2801-0.00730.325667.345412.6672119.9984
110.9368-0.1950.37110.6217-0.36880.7758-0.1171-0.1130.51820.2827-0.0071-0.2653-0.23760.13010.00280.4307-0.0262-0.06930.2465-0.080.472759.8861.881870.2786
120.39590.07640.41370.2303-0.69092.88080.0154-0.13370.30350.14120.0146-0.027-0.36680.1119-0.05690.31580.00420.01680.2336-0.05550.352853.460750.428572.7751
130.7531-0.15440.1670.41-0.20930.46170.04690.0540.0165-0.0589-0.0563-0.0370.06460.08560.01310.2410.00560.00640.16970.01660.213960.612232.439663.8961
141.58150.053-0.3141.13460.10321.1368-0.0512-0.0057-0.2538-0.10310.0159-0.12790.19180.01970.07030.2770.0119-0.01240.16640.02740.254958.007217.672271.6539
151.0305-0.1366-0.06320.5326-0.27940.5042-0.0274-0.10310.08830.0399-0.0224-0.1119-0.02860.08690.04460.2309-0.0152-0.02170.1982-0.00460.207864.5337.044573.5251
160.9989-0.64390.32770.8663-0.49940.7722-0.1509-0.48070.06650.24650.23050.1105-0.3321-0.1838-0.04870.35340.05630.04240.4327-0.04730.257924.654944.733487.0369
170.2987-0.36290.02922.4467-0.81810.2583-0.0628-0.38070.14890.33750.13350.1725-0.2034-0.0657-0.01950.31790.0062-0.0010.2999-0.06430.316731.089647.401275.705
180.7086-0.26760.16430.16820.06030.3473-0.0042-0.2415-0.36070.0320.02540.08620.1469-0.1246-0.03660.2508-0.0349-0.01570.25680.08630.301920.865527.474373.0129
190.9931-0.09110.01880.305-0.19280.76660.01560.06270.0628-0.05650.00440.02510.0114-0.0716-0.01870.23080.0156-0.00290.1681-0.00040.209827.698647.460352.653
201.00240.12340.04950.5985-0.27190.66650.0085-0.08310.0443-0.00730.04350.0825-0.0145-0.2203-0.03410.19990.0220.00940.2209-0.00010.20616.020945.968862.3625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 33:93 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 94:123 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 124:158 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 159:583 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 33:93 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 94:123 )
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 124:181 )
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 182:485 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 486:535 )
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 536:582 )
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 33:105 )
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 106:138 )
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 139:269 )
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 270:319 )
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 320:582 )
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 33:105 )
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 106:138 )
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 139:181 )
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 182:390 )
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 391:582 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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