PDB-4ot2: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with Naproxen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ot2

タイトル

Crystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with Naproxen

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Helical / Three-domain protein / Serum Albumin Superfamily / Fatty acids / metabolites and drugs / Naproxen / Plasma

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Sekula, B. / Bujacz, A. / Zielinski, K. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural studies of bovine, equine, and leporine serum albumin complexes with naproxen.
著者: Bujacz, A. / Zielinski, K. / Sekula, B.

履歴

登録	2014年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ot2.cif.gz	244.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ot2.ent.gz	201 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ot2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4or0C 4po0C 4f5tS 4f5u 4j2v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4luh-d 4iw1-d 6ocj-d 5ije-d 5ijf-d 4emx-2 4zbr-d 4la0-1 6oci-d 4l9k-2 4l9q-2 4f5s-2 5ij5-d 3v03-1 6mdq-d 2vuf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (10)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.770, 93.770, 142.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 65854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物	ChemComp-NPS / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / NAPROXEN 分子量: 230.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₃ / コメント: 抗炎症剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M acetate buffer pH 4.5, cocrystallization with Naproxen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月22日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 27053 / Num. obs: 26724 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.94 % / B_iso Wilson estimate: 54.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17.57
反射シェル	解像度: 2.42→2.52 Å / 冗長度: 3.95 % / R_merge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 3061 / R_sym value: 0.01094 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	位相決定

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE
開始モデル: PDB ENTRY 4F5T

4f5t

解像度: 2.42→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 23.698 / SU ML: 0.238 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24737	1084	4.1 %	RANDOM
R_work	0.17927	-	-	-
all	0.182	27053	-	-
obs	0.182	25640	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.105 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0.6 Å²	-0 Å²
2-	-	1.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4584	0	78	110	4772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.995	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.676	24.885	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.365	15	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.973	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.524	3.741	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.85	5.604	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.56	4.098	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.225	32.779	7648
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	81	-
R_work	0.324	1902	-
obs	-	1902	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8846	0.1727	0.5021	2.7059	0.6667	2.2964	0.2267	0.0277	0.3117	-0.2533	0.0026	0.1926	-0.3548	-0.1055	-0.2293	0.2934	-0.0944	-0.0346	0.0803	0.053	0.1293	40.7743	41.9502	70.3704
2	7.681	0.0691	-1.9015	2.5322	-0.6263	2.9124	0.2163	0.4517	0.1379	-0.6142	0.0319	-0.1138	-0.091	0.3664	-0.2482	0.4181	-0.1121	-0.0163	0.1545	-0.0226	0.0517	49.5019	28.7856	57.0196
3	2.7721	0.8121	0.1486	2.3727	-0.2404	2.2297	-0.2036	0.2806	-0.4322	-0.5875	0.1285	-0.4133	-0.0791	0.6482	0.0751	0.2901	-0.1487	0.0882	0.3737	-0.0673	0.1909	54.1276	21.1402	62.9868
4	2.2572	1.4041	0.5306	1.9067	1.3446	2.8277	-0.0357	-0.2755	0.2068	0.1626	-0.0453	0.2875	-0.1458	0.1276	0.081	0.1734	-0.0218	-0.0323	0.1529	-0.04	0.1823	40.3587	19.34	84.0716
5	3.2354	1.4107	1.3193	5.7963	0.5582	5.1225	-0.0236	-0.0871	-0.1326	0.0684	0.2008	-0.4574	0.0367	0.7067	-0.1772	0.0405	-0.05	-0.0086	0.2577	-0.059	0.0699	54.8396	20.2961	83.8616
6	6.9355	2.1507	-0.7644	0.9369	-0.2394	1.5062	0.1062	-0.3402	0.1235	0.3405	-0.1525	0.139	0.1099	-0.0264	0.0463	0.4409	0.002	0.0151	0.2571	-0.0515	0.2052	36.6594	4.8832	97.3872
7	3.5997	0.7319	-1.2067	1.1266	-1.252	5.8674	0.0217	-0.1563	-0.2437	0.1113	-0.015	0.2427	0.1991	-0.4417	-0.0067	0.129	-0.0311	0.011	0.0586	-0.0083	0.1268	29.6931	2.2468	89.9179
8	1.9208	-0.1533	-3.378	0.1226	0.6825	9.4137	-0.1569	0.0007	-0.2716	0.0417	-0.0736	0.0133	0.4969	-0.1269	0.2305	0.1163	0.001	0.0094	0.0523	-0.0088	0.0745	35.0876	-5.4765	77.9875
9	5.6218	-1.4565	1.7702	1.7706	-1.8682	5.7001	0.1553	-0.2239	-0.3119	-0.2497	-0.1293	0.2376	0.1396	0.1765	-0.026	0.1916	0.0146	-0.0377	0.0555	-0.0361	0.0962	32.4306	3.0877	56.8226
10	1.5132	-1.745	1.4689	3.0011	-0.5692	3.0757	-0.02	0.0199	0.0745	-0.0432	0.0009	-0.1075	0.1437	0.1918	0.0191	0.1558	0.0389	-0.0304	0.1096	-0.0139	0.1031	37.7724	8.4448	65.254
11	5.5007	1.6476	2.5099	2.5881	0.9683	5.9047	0.1002	-0.1815	0.3518	0.2764	-0.2058	0.3631	0.3462	-0.5069	0.1056	0.0507	-0.0425	0.0294	0.0535	-0.0248	0.0574	23.2458	6.9759	67.1982
12	0.6598	-0.5605	-0.4478	3.4568	-1.6421	4.9122	0.2758	0.1861	-0.0454	-0.3989	-0.2117	0.0516	-0.0808	-0.0646	-0.0641	0.2772	0.0342	-0.0051	0.0714	-0.025	0.0201	32.7283	7.3258	43.9755
13	1.6515	1.5386	-1.2988	2.3395	-1.2396	2.4334	0.0107	0.0429	-0.1052	-0.484	-0.2633	-0.1405	0.2939	0.0535	0.2526	0.5059	0.094	-0.0248	0.2042	-0.0111	0.1596	34.8205	-0.5933	37.7506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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データ収集

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)