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万見
- PDB-4osn: Crystal structure of engineered HCMV glycoprotein B Domain II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4osn
タイトルCrystal structure of engineered HCMV glycoprotein B Domain II
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / PH domain / antigenic domain / fusion protein / viral envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily ...Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / PH-domain like / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Diestel, U. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of engineered HCMV glycoprotein B Domain II
著者: Diestel, U. / Muller, Y.A.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5121
ポリマ－14,5121
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.922, 89.922, 75.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB / Glycoprotein GP55


分子量: 14512.166 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 113-132, 344-438 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ARTIFICIAL 4-RESIDUE LINKER AGSG BETWEEN RESIDUES 132 AND 344
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
株: Towne / 遺伝子: gB, UL55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13201
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Lithium Sulfate, 0.1M Na-HEPES salt, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→34.03 Å / Num. obs: 18070 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
mxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→34.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.345 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 906 5 %RANDOM
Rwork0.20206 ---
obs0.20337 17163 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20.53 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数887 0 0 74 961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9211350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0645130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6225.19252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3515186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.82155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0931.414473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8562.628596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6911.654517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.677.7641542
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 65 -
Rwork0.268 1228 -
obs--97.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.06161.2835-3.21875.1136-1.37474.5975-0.2528-0.6001-0.15480.61380.02310.0281-0.14660.38470.22970.3069-0.0081-0.02720.1210.03430.1117-41.66414.1082.688
25.43751.1371-0.50963.7313-1.08732.4269-0.3583-0.30560.03320.61550.18910.2002-0.33530.23080.16920.3308-0.01040.0330.10780.01980.108-43.86916.2111.647
32.1985-2.07393.24197.7629-7.5099.28510.2498-0.16580.06890.9835-0.3959-0.1124-0.52360.41950.14610.3608-0.1543-0.06460.18590.01310.1037-36.78117.1255.579
42.12670.09150.04643.7057-1.66732.5946-0.14810.0318-0.04020.09940.19050.3654-0.13070.0548-0.04240.1787-0.0168-0.00310.06070.00990.1173-46.5547.146-4.266
53.76371.11780.08232.82630.40925.91010.0714-0.129-0.01330.2967-0.0706-0.0422-0.30890.3231-0.00070.2644-0.028-0.00060.10060.03040.0955-40.4710.6310.995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A118 - 344
2X-RAY DIFFRACTION2A345 - 360
3X-RAY DIFFRACTION3A361 - 381
4X-RAY DIFFRACTION4A382 - 417
5X-RAY DIFFRACTION5A418 - 437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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