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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4or8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Marburg virus VP24 | ||||||
要素 | Membrane-associated protein VP24 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Marburg / VP24 / pyramidal fold / protein / Ebola / virus / viral | ||||||
機能・相同性 | Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / host cell endomembrane system / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / virion membrane / Membrane-associated protein VP24 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Marburg virus - Musoke (ウイルス) Kenya 1980 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.654 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, A.P.P. / Bornholdt, Z. / Abelson, D. / Saphire, E.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Marburg Virus VP24. 著者: Zhang, A.P. / Bornholdt, Z.A. / Abelson, D.M. / Saphire, E.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4or8.cif.gz | 102.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4or8.ent.gz | 78.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4or8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4or8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4or8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30387.223 Da / 分子数: 2 / 断片: VP24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス) 株: Musoke-80 / 遺伝子: VP24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35256 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5 詳細: 0.1M ADA (Hampton Research), 0.1M lithium acetate, 20% glycerol, 2% (v/v) PEG 400 and 8% (v/v) PEG 4000 , pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 273K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.654→40 Å / Num. all: 13515 / Num. obs: 13245 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.77 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.654→39.209 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.654→39.209 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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