PDB-6t73: New antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t73

タイトル

New antiparallel dimer of aureochrome 1a LOV domain mutants from Phaeodactylum tricornutum

要素

Ptaureo1a lov2 domain

キーワード

FLAVOPROTEIN / Photoreceptor / Interface

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.435 Å

データ登録者

Essen, L.O. / Hepp, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: An Optogenetic Tool for Induced Protein Stabilization Based on the Phaeodactylum tricornutum Aureochrome 1a Light-Oxygen-Voltage Domain.
著者: Hepp, S. / Trauth, J. / Hasenjager, S. / Bezold, F. / Essen, L.O. / Taxis, C.

履歴

登録	2019年10月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t73.cif.gz	175.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t73.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t73_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t73_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6t73_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6t73_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t74C 5a8bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wkf-1 1qd5-d 4cfc-d 6m5n-d 3m26-d 3zsc-d 4jqn-d 4ad3-4 2aam-6 4gu8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ptaureo1a lov2 domain

B: Ptaureo1a lov2 domain

C: Ptaureo1a lov2 domain

ヘテロ分子

55.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ptaureo1a lov2 domain

B: Ptaureo1a lov2 domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ptaureo1a lov2 domain

ヘテロ分子

C: Ptaureo1a lov2 domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.374, 168.374, 95.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Ptaureo1a lov2 domain 分子量: 18023.873 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UHJ0
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.8 M NaH2PO4, 0.8 M H2KPO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.435→48.605 Å / Num. obs: 11046 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 107.25 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04636 / R_pim(I) all: 0.04636 / R_rim(I) all: 0.06556 / Net I/σ(I): 8.36
反射シェル	解像度: 3.435→3.56 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.4975 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 1047 / CC_1/2: 0.595 / R_pim(I) all: 0.4975 / R_rim(I) all: 0.7035 / % possible all: 92.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.16_3549	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5a8b

5a8b

解像度: 3.435→48.605 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	578	5.26 %
R_work	0.2491	-	-
obs	0.2505	10998	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.06 Å² / B_iso mean: 115.4566 Å² / B_iso min: 88.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.435→48.605 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3136	0	96	0	3232
B_iso mean	-	-	107.96	-	-
残基数	-	-	-	-	408

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.435-3.7802	0.3312	141	0.3304	2452	96
3.7802-4.3269	0.2874	139	0.2775	2599	100
4.3269-5.4502	0.2784	146	0.2349	2610	100
5.4502-48.605	0.259	152	0.2244	2759	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1283	-0.7068	0.3368	0.4727	-0.1677	0.11	0.3925	-0.85	-0.262	2.4034	-0.8362	-1.0629	1.2312	0.6151	0.0047	1.3559	-0.0507	0.0709	1.7329	0.0335	1.1991	19.0529	58.9346	8.8423
2	0.5363	-0.5887	-0.1761	0.8075	-0.1003	0.5132	0.2299	-0.6412	-2.1022	0.214	-0.517	-1.6577	-0.5719	0.5228	0.0077	1.0386	-0.0141	0.3847	1.5706	-0.1695	1.3105	17.2009	67.1042	1.9583
3	0.6659	-0.6206	-0.4088	1.0145	-0.2038	0.9314	-0.1949	1.3143	-0.3927	-0.0386	0.9084	0.0061	0.0088	0.1617	0.0003	1.034	0.1929	0.2366	1.5074	-0.0009	1.2282	9.3389	69.1607	1.6808
4	1.3537	0.1469	1.796	0.146	0.3406	2.4117	0.2929	1.3549	-0.1759	-0.4001	-0.4694	0.5936	-0.3538	-0.8197	-0.0004	1.2434	-0.0417	0.1309	1.5624	-0.0077	1.3606	11.1717	68.425	-11.1175
5	2.3887	0.3634	0.7754	1.4364	1.9832	2.677	-0.0862	0.1948	0.0278	-1.2094	-0.27	0.425	-0.2254	0.0875	-0.0008	1.3592	-0.009	0.2919	1.329	0.0357	1.298	18.285	63.9495	-12.8933
6	0.7357	-0.0769	-0.005	0.1462	-0.0975	0.049	-0.9435	0.7754	0.3995	-2.242	0.3178	0.5252	-0.3615	-0.5083	0.0041	1.5257	0.0125	0.0785	1.889	-0.0559	0.9517	23.4019	57.4951	-14.3146
7	1.7805	0.7841	0.7055	0.6622	0.8047	1.0322	-0.372	2.5319	-0.2062	-1.2022	0.1636	1.6611	-0.6394	-0.7505	0.0123	1.1428	0.068	0.2281	1.3216	-0.0966	1.1858	29.8485	62.6331	-7.2715
8	0.8849	-0.1717	0.2935	0.6117	0.7816	1.2757	-0.5902	0.7123	-0.5501	-0.0386	0.3089	0.1289	-0.164	-0.2685	-0	0.9951	0.0695	0.2007	1.442	-0.0657	1.2405	37.2824	59.3534	-6.9592
9	1.1829	-0.1514	1.2809	1.0278	-0.0951	1.6231	-0.0716	-0.0903	-0.7351	0.6974	0.109	-0.0301	0.5326	0.3536	0.0001	1.1424	0.1568	0.1249	1.3466	0.0675	1.2182	35.2407	59.59	5.9312
10	1.3769	-0.2296	0.229	1.5606	-2.1733	2.8098	-0.2774	-0.043	-0.1994	0.2188	-0.4021	0.56	-0.0899	-0.513	0	0.8754	0.0721	0.2445	1.1275	-0.067	1.2682	26.7619	60.6038	6.9582
11	1.0011	0.3193	0.444	0.0944	0.1124	0.1921	0.152	0.2086	-0.859	-2.3898	-0.2702	0.3738	1.1903	-0.2284	0.0001	1.5422	-0.0918	0.1233	1.7988	-0.1309	1.0295	2.0523	61.9753	12.4115
12	1.2306	1.1485	0.5252	1.3287	0.9008	1.3472	-0.1097	-0.8209	-0.5478	0.7378	0.7775	-0.2617	-0.5001	0.5565	0.0005	1.0507	-0.1601	0.3826	1.3503	-0.0939	1.5033	14.6821	68.3718	19.4679
13	2.0886	-2.1	-0.7211	1.9999	0.6986	0.2159	0.3495	-1.5699	-0.2517	0.7304	-0.0245	-0.7548	-0.1361	1.0705	0.0009	1.067	-0.0192	0.2228	1.6074	-0.1063	1.3948	12.9015	68.1558	32.2373
14	1.3052	-0.9484	-0.2937	2.1053	-2.033	3.058	0.1684	-0.1868	0.0868	0.1408	-0.4839	-0.1057	-0.5497	-0.5698	-0.0003	1.0124	-0.1188	0.3578	1.2606	-0.089	1.3388	4.7298	66.2303	33.5252
15	1.3935	0.6204	-0.3497	0.3499	0.0015	0.3546	-0.4546	0.5981	-0.1515	-0.0287	0.5567	0.7371	0.4417	0.0753	0.0039	1.2326	-0.0825	0.2303	1.3842	-0.005	1.2988	6.579	69.0241	19.2952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 235 through 246 )	A	235 - 246
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 247 through 256 )	A	247 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 257 through 281)	A	257 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 282 through 335 )	A	282 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 336 through 369 )	A	336 - 369
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 235 through 246 )	B	235 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 247 through 256 )	B	247 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 257 through 281 )	B	257 - 281
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 282 through 335 )	B	282 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 336 through 369 )	B	336 - 369
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 235 through 246 )	C	235 - 246
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 257 through 281 )	C	257 - 281
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 282 through 335 )	C	282 - 335
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 336 through 369 )	C	336 - 369
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 247 through 256 )	C	247 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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