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- PDB-4or8: Crystal structure of Marburg virus VP24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4or8
タイトルCrystal structure of Marburg virus VP24
要素Membrane-associated protein VP24
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Marburg / VP24 / pyramidal fold / protein (タンパク質) / Ebola (エボラ出血熱) / virus (ウイルス) / viral (ウイルス性)
機能・相同性Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24 / host cell endomembrane system / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / virion membrane / Membrane-associated protein VP24
機能・相同性情報
生物種Marburg virus - Musoke (ウイルス)
Kenya
1980
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.654 Å
データ登録者Zhang, A.P.P. / Bornholdt, Z. / Abelson, D. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Marburg Virus VP24.
著者: Zhang, A.P. / Bornholdt, Z.A. / Abelson, D.M. / Saphire, E.O.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated protein VP24
B: Membrane-associated protein VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7742
ポリマ－60,7742
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.221, 48.078, 64.051
Angle α, β, γ (deg.)88.44, 78.68, 71.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated protein VP24


分子量: 30387.223 Da / 分子数: 2 / 断片: VP24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 (ウイルス)
株: Musoke-80 / 遺伝子: VP24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35256
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.07 %
結晶化温度: 273 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.1M ADA (Hampton Research), 0.1M lithium acetate, 20% glycerol, 2% (v/v) PEG 400 and 8% (v/v) PEG 4000 , pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.654→40 Å / Num. all: 13515 / Num. obs: 13245 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.654→39.209 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 650 4.91 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1834 13245 98.07 %-
all-13245 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.654→39.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3597 0 0 47 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6165061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7691363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003631
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6542-2.85910.30341350.21972439X-RAY DIFFRACTION96
2.8591-3.14670.3151330.20862522X-RAY DIFFRACTION98
3.1467-3.60180.24111200.19082539X-RAY DIFFRACTION99
3.6018-4.53680.25091310.16072558X-RAY DIFFRACTION99
4.5368-39.21320.23161310.17112537X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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