PDB-4oqj: Streptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmQ KS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oqj

タイトル

Streptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmQ KS1

要素

PKS

キーワード

HYDROLASE / OzmQ / Natural Products / MCSG / PSI-Biology / NatPro / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mack, J. / Endras, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and evolutionary relationships of "AT-less" type I polyketide synthase ketosynthases.
著者: Lohman, J.R. / Ma, M. / Osipiuk, J. / Nocek, B. / Kim, Y. / Chang, C. / Cuff, M. / Mack, J. / Bigelow, L. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2014年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年11月2日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oqj.cif.gz	384.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oqj.ent.gz	315.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oqj_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oqj_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	4oqj_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	4oqj_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4opeC 4opfC 4qyrC 4tktC 4wkyC 4zdnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7428 3epd-d 3epf-d 4ej7-d 6x68-d 9940 3epc-d 2qlv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC109406 TargetTrack: NATPRO-GO.121006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PKS

ヘテロ分子

89 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PKS

ヘテロ分子

A: PKS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
178 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.512, 129.455, 85.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1038- HOH
2	1	A-1296- HOH
3	1	A-1311- HOH

#1: タンパク質	PKS 分子量: 88729.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 遺伝子: ozmQ / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: B2WW50
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 1.0 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 75965 / Num. obs: 75965 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.904→30.205 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1787	5659	5.04 %	Random
R_work	0.1502	-	-	-
obs	0.1516	112390	72.81 %	-
all	-	118049	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→30.205 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4974	0	12	573	5559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	7007
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.166	1808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9044-1.926	0.2379	34	0.1775	846	X-RAY DIFFRACTION	17
1.926-1.9487	0.2242	60	0.1863	1357	X-RAY DIFFRACTION	28
1.9487-1.9725	0.2222	67	0.1856	1560	X-RAY DIFFRACTION	32
1.9725-1.9974	0.2115	80	0.187	1625	X-RAY DIFFRACTION	33
1.9974-2.0237	0.1919	96	0.19	1864	X-RAY DIFFRACTION	38
2.0237-2.0514	0.2323	95	0.1849	2008	X-RAY DIFFRACTION	41
2.0514-2.0807	0.2497	101	0.1756	2315	X-RAY DIFFRACTION	47
2.0807-2.1118	0.2117	120	0.1741	2491	X-RAY DIFFRACTION	51
2.1118-2.1448	0.1897	132	0.1736	2744	X-RAY DIFFRACTION	56
2.1448-2.1799	0.2003	144	0.173	2964	X-RAY DIFFRACTION	60
2.1799-2.2175	0.2102	136	0.1652	3197	X-RAY DIFFRACTION	65
2.2175-2.2578	0.185	177	0.1683	3386	X-RAY DIFFRACTION	70
2.2578-2.3012	0.2011	203	0.1646	3684	X-RAY DIFFRACTION	75
2.3012-2.3482	0.206	190	0.1731	3892	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3482-2.3992	0.2049	209	0.1731	4007	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3992-2.455	0.1909	235	0.1698	4155	X-RAY DIFFRACTION	85
2.455-2.5164	0.1932	207	0.1558	4301	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5164-2.5844	0.1828	266	0.1554	4490	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5844-2.6604	0.2092	237	0.1575	4485	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6604-2.7462	0.2063	219	0.1676	4613	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7462-2.8442	0.1903	259	0.1694	4604	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8442-2.958	0.1699	221	0.1655	4689	X-RAY DIFFRACTION	96
2.958-3.0925	0.1811	284	0.1578	4639	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0925-3.2554	0.2113	260	0.1574	4675	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2554-3.4591	0.1587	255	0.1502	4709	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4591-3.7257	0.1669	267	0.134	4704	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7257-4.0998	0.1609	276	0.1193	4698	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0998-4.6912	0.1433	258	0.0975	4800	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6912-5.9032	0.136	300	0.1288	4734	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9032-30.2093	0.1944	271	0.1675	4495	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.802	0.0615	-0.2258	0.7109	-0.3233	1.2448	-0.0653	-0.1976	-0.2558	-0.0276	0.0172	0.0049	0.174	0.0353	-0.027	0.1356	0.0216	0.0035	0.0617	0.0263	0.102	44.4978	-6.5508	12.8777
2	1.5714	0.0505	0.0351	0.5806	-0.536	0.875	-0.0085	-0.5364	0.2072	0.1166	0.0003	-0.1764	-0.1738	0.2632	-0.0039	0.1388	-0.013	-0.0415	0.2048	-0.0782	0.0934	56.5552	7.472	18.9847
3	1.4403	-0.8626	-1.401	1.762	1.1271	1.0151	-0.1164	-0.3241	-0.0384	0.1431	0.1353	0.3855	0.0777	0.0492	-0.012	0.167	0.082	0.0294	0.2837	0.0451	0.1837	12.0531	12.8234	28.8701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and ( resid 15 through 238 )	A	15 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and ( resid 239 through 487 )	A	239 - 487
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and ( resid 488 through 705 )	A	488 - 705

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