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- PDB-4opf: Streptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmH KS8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4opf
タイトルStreptomcyes albus JA3453 oxazolomycin ketosynthase domain OzmH KS8
要素NRPS/PKS
キーワードLIGASE / TRANSFERASE / structural genomics / PKS / OzmH / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain ...: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces albus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. ...Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Yennamalli, R. / Lohman, J.R. / Ma, M. / Shen, B. / Phillips Jr., G.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural and evolutionary relationships of "AT-less" type I polyketide synthase ketosynthases.
著者: Lohman, J.R. / Ma, M. / Osipiuk, J. / Nocek, B. / Kim, Y. / Chang, C. / Cuff, M. / Mack, J. / Bigelow, L. / Li, H. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Phillips, G.N. / Shen, B.
履歴
登録2014年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年4月2日Group: Structure summary
改定 1.32016年11月2日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRPS/PKS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0431
ポリマ－46,0431
非ポリマー00
水2,684149
1
A: NRPS/PKS

A: NRPS/PKS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0872
ポリマ－92,0872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_545y+1/4,x-1/4,-z+3/41
Buried area3020 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.922, 145.922, 145.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6660-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NRPS/PKS


分子量: 46043.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6118-6552 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 株: JA3453 / 遺伝子: ozmH / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2WW42
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: o.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes buffer, 25% PEG-3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→46.2 Å / Num. all: 30731 / Num. obs: 30731 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.12-2.1617.20.9573.91100
2.16-2.218.50.8321100
2.2-2.2420.50.7131100
2.24-2.2820.70.6681100
2.28-2.3320.90.5451100
2.33-2.3920.90.4731100
2.39-2.45210.4251100
2.45-2.5121.10.3611100
2.51-2.5921.10.3171100
2.59-2.67210.2681100
2.67-2.7721.10.2221100
2.77-2.88210.1861100
2.88-3.0121.20.1451100
3.01-3.1721.10.1181100
3.17-3.3721.10.0971100
3.37-3.62210.0771100
3.62-3.9920.60.0711100
3.99-4.5719.70.0661100
4.57-5.7519.30.0641100
5.75-5017.90.048199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.12→46.145 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.291 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17905 1549 5 %RANDOM
Rwork0.15582 ---
obs0.15701 29134 99.95 %-
all-30683 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→46.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2699 0 0 149 2848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.9743773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81436117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5615368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67722.393117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59415392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2621528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9012.7551469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9012.7541468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6214.1031829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7113.3891303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 111 -
Rwork0.19 2112 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.4018 Å / Origin y: 13.073 Å / Origin z: 56.4885 Å
111213212223313233
T0.0533 Å20.0213 Å2-0.0558 Å2-0.0218 Å2-0.0258 Å2--0.0739 Å2
L1.0502 °2-0.0954 °20.4894 °2-0.7163 °2-0.0578 °2--2.0283 °2
S-0.1068 Å °-0.006 Å °0.0949 Å °0.0316 Å °-0.0729 Å °0.0016 Å °-0.2603 Å °-0.1195 Å °0.1797 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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