PDB-4oos: Crystal structure of P domain from norovirus strain NSW0514

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oos

タイトル

Crystal structure of P domain from norovirus strain NSW0514

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL CAPSID PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Human noroviruses' fondness for histo-blood group antigens.
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oos.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oos.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4oos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oovC 4ooxC 4op7C 4opoC 4opsC 4wzeC 4wzkC 4wzlC 4wztC 4x05C 4x06C 4x07C 4x0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4if6-d 3sld-5 2gbt-1 5ytu-5 4ig9-4 4mx3-3 2wyt-d 3r6j-d 3q3c-d 4kxq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.480, 55.070, 63.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-990- HOH
2	1	A-1009- HOH

#1: タンパク質	VP1 分子量: 34219.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス) 遺伝子: JX459908 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K4LM89
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3350, Sodium formate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.978174 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月9日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978174 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 38171 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 10.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 20.84

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.6-1.64		0.247	5.04	8797	2706	94
1.64-1.69		0.21	6.25	9695	2705	97.1
1.69-1.74		0.176	7.38	9430	2625	97.4
1.74-1.79		0.146	8.92	9266	2595	97.8
1.79-1.85		0.119	10.85	8940	2494	97.5
1.85-1.91		0.095	12.99	8642	2418	97.9
1.91-1.98		0.078	15.74	8356	2346	98
1.98-2.07		0.07	18.46	7839	2253	97.4
2.07-2.16		0.056	20.97	7774	2185	98.2
2.16-2.26		0.048	23.95	7341	2080	98.6
2.26-2.39		0.043	25.6	7099	1994	98.9
2.39-2.53		0.04	27.25	6672	1885	99
2.53-2.7		0.036	29.77	6244	1769	98.9
2.7-2.92		0.032	33.04	5905	1675	99.2
2.92-3.2		0.028	37.88	5355	1532	99.3
3.2-3.58		0.025	42.37	4764	1375	99
3.58-4.13		0.023	45.03	4093	1217	98.5
4.13-5.06		0.02	47.68	3690	1057	99.3
5.06-7.16		0.019	45.62	2866	819	99
	7.16	0.017	46.76	1480	441	93.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.35 Å	41.77 Å
Translation	1.35 Å	41.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→42.599 Å / FOM work R set: 0.9244 / SU ML: 0.11 / σ(F): 2 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1615	1779	5 %
R_work	0.1377	-	-
obs	0.1389	35573	98.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.94 Å² / B_iso mean: 14.18 Å² / B_iso min: 4.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→42.599 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2406	0	24	313	2743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.09	3400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.145	893

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.64-1.6844	0.188	134	0.1441	2550	2684	97
1.6844-1.7339	0.1715	134	0.1447	2545	2679	97
1.7339-1.7899	0.1769	136	0.1396	2581	2717	98
1.7899-1.8539	0.1753	134	0.1346	2559	2693	98
1.8539-1.9281	0.1687	136	0.13	2584	2720	98
1.9281-2.0159	0.1449	136	0.1282	2575	2711	98
2.0159-2.1221	0.1335	136	0.1252	2594	2730	98
2.1221-2.2551	0.1518	137	0.1264	2604	2741	99
2.2551-2.4292	0.168	137	0.1343	2605	2742	99
2.4292-2.6736	0.1836	139	0.14	2637	2776	99
2.6736-3.0604	0.1438	139	0.1404	2631	2770	100
3.0604-3.8554	0.1707	139	0.1402	2637	2776	99
3.8554-42.6131	0.1565	142	0.1478	2692	2834	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4244	-0.1171	-0.0531	0.173	-0.0278	0.2883	-0.0227	-0.0305	-0.0307	-0.0153	-0.0017	-0.0013	0.0315	-0.0014	-0	0.0644	-0.0005	0.0013	0.0638	0.0041	0.061	102.3286	-26.7782	10.6578
2	0.3516	-0.0274	0.0159	0.0155	-0.067	0.2816	-0.0187	-0.0399	0.0739	0.0085	0.0418	0.1016	-0.0858	-0.0923	-0	0.0897	0.007	0.0166	0.085	-0.0044	0.1173	84.0336	-10.633	10.1617
3	0.219	0.0509	-0.1556	0.1411	0.0669	0.1867	0.0005	0.0315	0.1036	0.0125	-0.0235	-0.005	-0.0909	0.0324	0.0346	0.079	0.0039	-0.0018	0.0697	0.0055	0.0805	91.0792	-4.9206	3.8697
4	0.1236	-0.0429	0.0176	0.0376	0.0456	0.1207	-0.05	-0.0062	0.1094	0.0429	0.0397	0.0373	-0.2063	-0.1146	-0.0169	0.1126	0.0265	0.0023	0.0907	-0.003	0.1195	86.8097	-3.3497	10.311
5	0.0914	-0.0603	-0.0636	0.2229	-0.0671	0.0993	0.0041	-0.1635	0.0913	0.2234	-0.0055	-0.0261	-0.2478	0.0339	0.0401	0.1691	-0.0255	-0.0291	0.1169	-0.0243	0.0898	103.4172	-4.4662	11.7041
6	0.4897	-0.0628	-0.0122	0.3257	-0.0382	0.3195	-0.0268	-0.1022	-0.0315	0.0465	0.0222	-0.0159	0.0039	0.0223	0.0004	0.067	0.0005	0.0009	0.0784	0.0089	0.0493	104.6266	-25.0671	14.6217
7	0.0775	0.0174	0.0087	0.1973	0.1028	0.0595	0.0224	-0.0249	-0.0151	0.065	0.0253	-0.0317	0.0347	0.0694	0.0435	0.0828	0.0071	-0.0067	0.1038	0.0149	0.0976	114.7642	-31.1923	14.0578
8	0.0599	0.0182	-0.0278	0.079	-0.0613	0.0589	-0.0245	-0.0744	-0.0886	0.0558	0.0385	-0.1294	0.153	0.014	0.0137	0.1143	0.0212	0.0013	0.1079	0.0263	0.1191	112.5616	-40.5717	15.607

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 285 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 323 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 324 through 352 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 353 through 380 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 381 through 398 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 399 through 484 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 485 through 513 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 514 through 530 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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