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万見
- PDB-4ool: Crystal structure of PBP3 in complex with compound 14 ((2E)-2-({[... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ool
タイトルCrystal structure of PBP3 in complex with compound 14 ((2E)-2-({[(2S)-2-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(1,5-dihydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridin-2-yl)methoxy]imino}acetyl]amino}-3-oxopropyl]oxy}imino)pentanedioic acid)
要素Cell division protein FtsI [Peptidoglycan synthetase]
キーワードtransferase/transferase inhibitor / PBP3 / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性Beta-Lactamase - #330 / Beta-Lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-2U2 / :
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PA1R (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Han, S. / Caspers, N. / Knafels, J.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Siderophore receptor-mediated uptake of lactivicin analogues in gram-negative bacteria.
著者: Starr, J. / Brown, M.F. / Aschenbrenner, L. / Caspers, N. / Che, Y. / Gerstenberger, B.S. / Huband, M. / Knafels, J.D. / Lemmon, M.M. / Li, C. / McCurdy, S.P. / McElroy, E. / Rauckhorst, M.R. ...著者: Starr, J. / Brown, M.F. / Aschenbrenner, L. / Caspers, N. / Che, Y. / Gerstenberger, B.S. / Huband, M. / Knafels, J.D. / Lemmon, M.M. / Li, C. / McCurdy, S.P. / McElroy, E. / Rauckhorst, M.R. / Tomaras, A.P. / Young, J.A. / Zaniewski, R.P. / Shanmugasundaram, V. / Han, S.
履歴
登録2014年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsI [Peptidoglycan synthetase]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8702
ポリマ－58,3291
非ポリマー5401
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.280, 83.540, 89.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsI [Peptidoglycan synthetase]


分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 断片: penicillin binding protein, unp residues 50-579 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA1R (緑膿菌)
遺伝子: PA1R_gp2318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U6AVY0, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-2U2 / (2E)-2-({[(2S)-2-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(1,5-dihydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridin-2-yl)methoxy]imino}acetyl]amino}-3-oxopropyl]oxy}imino)pentanedioic acid


分子量: 540.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N6O11S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4K, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月18日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 142397 / Num. obs: 23399 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 60.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 2.287→2.294 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
autoPROCデータ収集
BUSTER精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3PBN

3pbn


解像度: 2.3→27.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9441 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9198 / SU R Cruickshank DPI: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2406 1198 5.15 %RANDOM
Rwork0.1861 ---
obs0.189 23258 98.64 %-
all-26575 --
原子変位パラメータBiso mean: 70.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.2197 Å20 Å20 Å2
2---2.2409 Å20 Å2
3---13.4606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.351 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 37 107 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013937HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.165345HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1368SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes591HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3937HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion509SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4577SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.39 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 121 4.8 %
Rwork0.2242 2401 -
all0.2274 2522 -
obs--98.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.9717 Å / Origin y: 20.8355 Å / Origin z: -1.1898 Å
111213212223313233
T-0.2269 Å2-0.018 Å20.006 Å2--0.0691 Å2-0.0214 Å2---0.1984 Å2
L0.2539 °2-0.7482 °21.0141 °2-1.0937 °2-1.4703 °2--3.6323 °2
S0.047 Å °0.1796 Å °-0.0448 Å °-0.1712 Å °0.0526 Å °-0.0581 Å °0.2995 Å °-0.1035 Å °-0.0997 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|53 - A|561 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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