PDB-4ooc: Dehydratase domain of the polyketide PpsC from Mycobacterium tube...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ooc

タイトル

Dehydratase domain of the polyketide PpsC from Mycobacterium tuberculosis

要素

Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

キーワード

TRANSFERASE / dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Faille, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into the catalytic mechanism of the DH domain of the Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase PpsC and architecture of the beta-carbon processing domains
著者: Faille, A. / Slama, N. / Quemard, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

履歴

登録	2014年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ooc.cif.gz	64.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ooc.ent.gz	45.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ooc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ooc_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ooc_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	4ooc_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4ooc_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4ooc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/4ooc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4okiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1exf-d 2oz5-2 1agj-2 2yz4-d 2zq9-d 2oz7-d 4mdx-d 4ehk-2 4qu3-1 5o6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.506, 89.506, 159.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I 分子量: 34459.438 Da / 分子数: 1 / 断片: dehydratase domain (UNP residues 921-1222) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: ppsC, Rv2933 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P96202, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4.63	73.43
2	4.63	73.43

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6.3	1.8 M sodium/potassium phosphate pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6	16% PEG8000, 20% glycerol, 0.04 M potassium phosphate monobasic, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29	1	0.97914, 0.97930
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2009年12月9日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2009年3月7日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	MAD	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97914	1
2	0.9793	1
3	0.9795	1

Reflection

数: 286453 / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.56 / D res high: 3 Å / Num. obs: 24832 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
8.86	36.381	952	98.3	1	0.038
6.32	8.86	1691	100	1	0.05
5.18	6.32	2205	100	1	0.069
4.49	5.18	2566	100	1	0.07
4.02	4.49	2923	100	1	0.094
3.67	4.02	3231	100	1	0.18
3.4	3.67	3504	100	1	0.298
3.18	3.4	3762	99.9	1	0.73
3	3.18	3998	99.6	1	1.54

反射

解像度: 2.62→36.381 Å / Num. obs: 19876 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.52

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.62-2.77		0.958	1.29	1,2	88.4
2.77-2.96		0.743	2.39	1,2	100
2.96-3.2		0.36	4.66	1,2	100
3.2-3.5		0.157	9.18	1,2	100
3.5-3.91		0.09	15.9	1,2	100
3.91-4.51		0.054	26.8	1,2	99.9
4.51-5.5		0.041	34.56	1,2	100
5.5-7.71		0.034	40.19	1,2	99.9
	7.71	0.021	52.05	1,2	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→36.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.2488 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25062	935	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20777	-	-	-
obs	0.2099	17486	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.374 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1978	0	5	5	1988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.963	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.62	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.534	23.902	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.741	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.457	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.491	66	-
R_work	0.48	1259	-
obs	-	-	99.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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