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- PDB-4oo7: THE 1.55A CRYSTAL STRUCTURE of NAF1 (MINER1): THE REDOX-ACTIVE 2F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oo7
タイトルTHE 1.55A CRYSTAL STRUCTURE of NAF1 (MINER1): THE REDOX-ACTIVE 2FE-2S PROTEIN
要素CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MEMBRANE BOUND / THIAZOLIDINEDIONE / OXIDATIVE STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum / autophagy of mitochondrion / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding ...perinuclear endoplasmic reticulum / autophagy of mitochondrion / regulation of autophagy / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial outer membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CDGSH iron-sulfur domain, mitoNEET-type / Iron sulphur domain-containing, mitoNEET, N-terminal / Iron-containing outer mitochondrial membrane protein N-terminus / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 1/2 / Iron-binding zinc finger CDGSH type / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Ribosomal Protein L9; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tamir, S. / Eisenberg-Domovich, Y. / Colman, A.R. / Stofleth, J.T. / Lipper, C.H. / Paddock, M.L. / Jenning, P.A. / Livnah, O. / Nechushtai, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A point mutation in the [2Fe-2S] cluster binding region of the NAF-1 protein (H114C) dramatically hinders the cluster donor properties.
著者: Tamir, S. / Eisenberg-Domovich, Y. / Conlan, A.R. / Stofleth, J.T. / Lipper, C.H. / Paddock, M.L. / Mittler, R. / Jennings, P.A. / Livnah, O. / Nechushtai, R.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2
B: CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7354
ポリマ－15,3842
非ポリマー3522
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.009, 48.652, 73.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 69 - 131 / Label seq-ID: 2 - 64

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CDGSH iron-sulfur domain-containing protein 2 / Endoplasmic reticulum intermembrane small protein / MitoNEET-related 1 protein / Miner1 / Nutrient- ...Endoplasmic reticulum intermembrane small protein / MitoNEET-related 1 protein / Miner1 / Nutrient-deprivation autophagy factor-1 / NAF-1


分子量: 7691.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CISD2, CDGSH2, ERIS, ZCD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N5K1
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35% PEG 3350, 0.1M Tris-HCL pH 8.0 and 50mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日
放射モノクロメーター: optical hutch / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 21634 / Num. obs: 21634 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→31.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.434 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15043 870 5.1 %RANDOM
Rwork0.13477 ---
obs0.13553 16326 93.88 %-
all-21634 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.015 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 8 87 1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9691402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8113.0052346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6215129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8325.81443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05315192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.038154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2971.734522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2841.729521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7722.595649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4443.261650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9132.124526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9462.599514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.393.691747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.54118.1111154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.07317.6171126
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.59232070
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.743543
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.9152103
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3110 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 43 -
Rwork0.154 763 -
obs--61.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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